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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | USA300TCH1516_ALE | 622,479 | 0 | T | C | 10.0% | 261.0 / 2.3 | 118 | D1014D (GAT→GAC) | sdrE | Serine‑aspartate repeat‑containing protein E |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (57/42); new base C (4/10); total (63/55) | |||||||||||
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Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
GATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTC‑AGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGAT > USA300TCH1516_ALE/622339‑622611 | gattccgaTAGCCTCTCAGATTCCCATAGAGAACCTGATTCGAACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGCTTTCGATAGCGGTTCTATATTCA‑TCTGCGACAAAGTTTCAGATAGAGATTCGGACTCAGACAGCGAt < 2:328026/141‑1 (MQ=9)gattcagaCAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTC‑AGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGAt < 1:462581/141‑1 (MQ=255) ttcagaCAGCGACTCAGCTTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCCGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTC‑AGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTc < 2:535125/141‑1 (MQ=255) ttcagaCAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTC‑AGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTc < 1:53323/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTg > 1:278841/1‑141 (MQ=255) cGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTg < 1:882917/141‑1 (MQ=255) gACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACGGCGACTCAGAGTGTGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGCATCAGATTCGGACAGCGATTCGGATTCTGGTAGCGGGTGAGACGTAGAGAGTggt > 2:148582/1‑139 (MQ=14) gACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTgat > 1:105261/1‑141 (MQ=255) aCTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTgatt > 1:913874/1‑141 (MQ=255) aCTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACACAGACAGTgatt > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |