| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000731 | 6,310 | 0 | A | T | 6.6% | 819.6 / 12.1 | 315 | intergenic (+827/‑661) | cadX/USA300HOU_pUSA300HOUMR0010 | cadmium efflux regulator/MarR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (151/134); new base T (23/2); total (178/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.56e-05 | |||||||||||
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Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
CTTGATAATTTAGACGTTTTAAACCGTATAATGTTACATTACTCCCCACTGTATCTAAGAAATAATCAAAAATACCTTTTTTAAGCGGTTTATTATCATCTTCAATTATTATTACTTGTTTTGCACCTAAT‑TTTTTTGCGATTTCTATTTGCTTTTCTTTTCTTACGATAGCAGTGATATTTTCATATCCAATTTTATGTAAAATTTGTATAGCAACACTGCCCACACCACCTGTAGCCCCAGACACTAAAATTTCAGGTTGTGATTTGATATTCATTCCA > CP000731/6170‑6450 | cTTGATAATTTAGACGTTTTAAACCGTATAATGTTACATTCATAAACCCAGAATCTAAGAAATAATCAAAAATACATAAAATAATTGGGGAATTGTTGGGGTCAAGTATTATTACTTGTTTTGCACCTAAT‑TTTTTTTCGa > 2:877351/1‑141 (MQ=255) gATAATTTAGACGTTTTAAACCGTATGATGTTACATTACTCCCCACTGTATCTAAGAAATAATCAAAAATACCTTTTTTAAGCGGTTTATTATCACCTTCAAGTATTATTACTTGTTTTGAACCTTAC‑TTTTTTGCGAttt > 2:544140/1‑141 (MQ=255) gATAATTTAGACGTTTTAAACCGTATAATGTTACATTACTCCCCACTGTATCTAAGAAATAATCAAAAATACCTTTTTTAAGCGGTTTATTATCATCTTCAATTATTATTACTTGTTTTGCACCTAAT‑TTTTTTGCGAttt > 1:387362/1‑141 (MQ=255) aTTTAGACGTTTTAAACCGTATAATGTTACATTACTCCCCACTGTATCTAAGAAATAATCAAAAATACCTTTTTTAAGCGGTTTATTATCATCTTCAATTATTATTACTTGTTTTGCACCTAAT‑TTTTTTGCGATTTCTAt > 1:571515/1‑141 (MQ=255) 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1:453470/141‑1 (MQ=255) cGATTTCTATTTGCTTTTCTTTTCTTACGATAGCAGTGATATTTTCATATCCAATTTTATGTAAAATTTGTATAGCAACACTGCCCACACCACCTGTAGCCCCAGACACTAAAATTTCAGGTTGTGATTTGATattcattc > 1:413104/1‑141 (MQ=255) gATTTCGATGTGCTGTTCTTTTATTTCTATAGCAGTGTTATTTTCATATCCAATTTTATGTAAAATTTGTATAGCAACACTGCCCACACCACCTGTAGCCCCAGACACTAAAATTTCAGGTTGTGATTTGATATTCATTcc < 1:892778/141‑1 (MQ=255) | CTTGATAATTTAGACGTTTTAAACCGTATAATGTTACATTACTCCCCACTGTATCTAAGAAATAATCAAAAATACCTTTTTTAAGCGGTTTATTATCATCTTCAATTATTATTACTTGTTTTGCACCTAAT‑TTTTTTGCGATTTCTATTTGCTTTTCTTTTCTTACGATAGCAGTGATATTTTCATATCCAATTTTATGTAAAATTTGTATAGCAACACTGCCCACACCACCTGTAGCCCCAGACACTAAAATTTCAGGTTGTGATTTGATATTCATTCCA > CP000731/6170‑6450 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |