| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,133,417 | T→A | 5.7% | V146V (GTT→GTA) | rsmD → | Ribosomal RNA small subunit methyltransferase D |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,133,417 | 0 | T | A | 5.7% | 200.0 / 3.6 | 73 | V146V (GTT→GTA) | rsmD | Ribosomal RNA small subunit methyltransferase D |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/37); new base A (2/2); total (34/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.72e-01 | |||||||||||
AGCTTTAAAAGCATTGTCAAAACGTGATATTCAATTTGATGTCATTTTCTTAGATCCACCTTATAATAAAGGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTGACAGA‑CACATTGTTATTAGAAAAGGGAGAATAGCATGGAACATACAATAGCGGTCATTCCGGGT > USA300TCH1516_ALE/1133279‑1133553 | aggtttAAAAGCATTGTCAAAACGTGATATGCAATTTGATGTCATTTTCTTAGATCCACCTTATAATAAAGGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTtg < 1:415208/138‑1 (MQ=255) aGCATTGTCAAAACGTGATATTCAATTTGATGTCATTTTCTTAGATCCGCCTTATAGTAAAGGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTGTAATTTATTGAAAGAAAATGGTAACATCGTTTGTGAATTTAg > 2:87005/1‑141 (MQ=255) cATTGTCAAAACGTGATATTCAATTTGATGTCATTTTCTTAGATCCACCTTATAATAAAGGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCa > 2:734861/1‑141 (MQ=255) cATTGTCAAAACGTGATATTCAATTTGATGTCATTTTCTTAGATCCACCTTATAATAAAGGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTATGTGAATTTAGCa > 1:558682/1‑141 (MQ=255) cATTGTCAAAACGTGATATTCAATTTGATGTCATTTTCTTAGATCCACCTTATAATAAAGGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTATGTGAATTTAGCa > 1:764536/1‑141 (MQ=255) ttGTCAAAACGTGATATTCAATTTGATGTCATTTTCTTAGATCCACCTTATAATAAAGGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAAt < 1:12241/141‑1 (MQ=255) aaaCGTGATATTCAATTTGATGTCATTTTCTTAGATCCACCTTATAATAAAGGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATgaa < 1:378082/141‑1 (MQ=255) aCGTGATATTCAATTTGATGTCATTTTCTTAGATCCACCTTATAATAAAGGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATgaaga > 1:274596/1‑141 (MQ=255) tGATATTCAATTTGATGTCATTTTCTTAGATCCACCTTATAATAAAGGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAAt < 1:778264/141‑1 (MQ=255) atatTCAATTTGATGTCATTTTCTTAGATCCACCTTATAATAAAGGTCTCATTGATAAAGCTTGAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAg < 2:322714/141‑1 (MQ=255) aTTTGATGTCATTTTCTTAGATCCACCTTATAATAAAGGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCa < 1:816090/141‑1 (MQ=255) tttGTTGTCATTTTCTTAGATCCACCATATAATAAATGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGACTATAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGACTATCaa < 2:681920/141‑1 (MQ=255) aTGTCATTTTCTTAGATCCACCTTATAATAAAGGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCTTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGt > 2:315491/1‑141 (MQ=255) aTGTCATTTTCTTAGATCCACCTTATAATAAAGGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGt > 2:117301/1‑141 (MQ=255) aTGTCATTTTCTTAGATCCACCTTATAATAAAGGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGt > 1:454984/1‑141 (MQ=255) aTGTCATTTTCTTAGATCCACCTTATAATAAAGGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGt > 2:821165/1‑141 (MQ=255) aTGTCATTTTCTTAGATCCACCTTATAATAAAGGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTGTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGt > 2:896878/1‑141 (MQ=255) tGTCATTTTCTTAGATCCACCTTATAATAAAGGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGtt > 1:435178/1‑141 (MQ=255) tAGATCCACCTTATAATAAAGGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTa < 1:199208/141‑1 (MQ=255) tAGATCCACCTTATAATAAAGGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTa < 2:735086/141‑1 (MQ=255) gATCCACCTTATAATAAAGGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCATCCGTTTAATATGATTaaa > 2:386932/1‑141 (MQ=255) gATCCACCTTATAATAAAGGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCACAGTGTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTaaa > 1:527318/1‑141 (MQ=255) aTCCACCTTATAATAAAGGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTCATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATggtaaacc > 2:410082/1‑134 (MQ=255) cACCTTATAATAAAGGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGtt < 1:507633/141‑1 (MQ=255) cACCTTATAATAAAGGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGtt < 1:570272/141‑1 (MQ=255) cACCTTATAATAAAGGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCAGCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGtt < 1:507659/141‑1 (MQ=255) aCCTTATGATAAAGGTCTCAGTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTATTATGATTAAACGTTa > 1:568656/1‑141 (MQ=255) ttATAATAAAGGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCa < 1:724224/141‑1 (MQ=255) taataaAGGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTa > 1:373591/1‑141 (MQ=255) aaaGGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATggg < 1:841536/141‑1 (MQ=255) aaGGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTCATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGt < 1:249347/141‑1 (MQ=255) aGGTCTTATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGtt < 2:563904/141‑1 (MQ=255) aGGCCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGtt < 1:283124/141‑1 (MQ=255) gTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTga > 2:284166/1‑141 (MQ=255) ctcATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTgaca > 2:248642/1‑141 (MQ=255) tcATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATgggcttcttt < 2:790317/141‑8 (MQ=255) aTTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGGAAGAAAAGGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTgacaga‑c > 2:598487/1‑141 (MQ=255) aTTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTgacaga‑c > 2:830971/1‑141 (MQ=255) ttGATAAAGCTTTAAATCAAACTGCATAGTTTAATTGATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTgacaga‑ca < 2:226886/141‑1 (MQ=255) aaGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTGACAGA‑CACATTGt > 2:477710/1‑141 (MQ=255) aaaCTAATTTCAGTGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATTATCGTTTGTTTATTTAGCAATCATAAAGAAATAGATACTAGACCGTTTAATATGATTAAACGGTACCATTTTTGGTTGACAGA‑CACAGTGTTATTAGaa < 2:369956/141‑1 (MQ=255) aaaCTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTGACAGA‑CACATTGTTATTAGaa < 1:819322/141‑1 (MQ=255) aaCTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGAATTGACAGA‑CAAATTGTTATTTGaaa > 2:464917/1‑141 (MQ=255) aCTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTGACAGA‑CACGTTGTTATTAGaaaa > 2:827825/1‑141 (MQ=255) tAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTGACAGA‑CACATTGTTATTAGAAAAgg > 1:864194/1‑141 (MQ=255) ttCCGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTGACAGA‑CACATTGTTATTAGAAAAGGaaga < 1:724856/141‑1 (MQ=255) ttCAGAGTTTAATTTATTTAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCCTTATGGGTTGACACA‑CACATTGTTATTAGTAAAGGgaga < 2:81974/141‑1 (MQ=255) ttCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTGACAGA‑CACATTGTTATTAGAAAAGGgaga < 1:734861/141‑1 (MQ=255) ttCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTGACAGA‑CACATTGTTATTAGAAAAGGaaga < 1:564141/141‑1 (MQ=255) ttCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAAAAATAGATATTCAACCGTTAAATATGATAAAACGTTACCATCATGGG‑TCACTTACCACATTGTTATTAGAAAAGGgaga > 2:145241/1‑141 (MQ=255) cAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTGACAGA‑CACATTGTTATTAGAAAAGGGAGAAt < 2:435178/141‑1 (MQ=255) aagagTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTGACAGA‑CACATTGTTATTAGAAAAGGGAGAAt < 1:228794/140‑1 (MQ=255) agaagttAATTTATGAAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTGGACAGA‑CACATTGTTATTAGAAAAGGGAGAATa < 2:172551/136‑1 (MQ=255) gagTTTAATTTATTGAAAGAAACTGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAAGAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACAATTATGGGATGACAGA‑CACATTGTTATTAGAAAAGGGAGAACAg > 2:145798/1‑141 (MQ=255) gagTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTGACAGA‑CACATTGTTATTAGAAAAGGGAGAATAg > 1:494508/1‑141 (MQ=255) gagTTTAATTAATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTCAACGTTACCATTATGGGTTGACAGA‑CACATTGTTATTTGAAAAGGgaggagaa > 2:819716/1‑136 (MQ=255) gTTTAATTTATTTAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTGACAGA‑CACATTGTTATTAGAAAAGGGAGAATAGCa < 1:87005/141‑1 (MQ=255) gTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTGACAGA‑CACATTGTTATTAGAAAAGGGAGAATAGCa < 2:276342/141‑1 (MQ=255) ttAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATTATTAAACGTTACCATTATGGGTTGACAGA‑CACATTGTTATTAGAAAAGGGAGAAGAGCATg > 1:415269/1‑141 (MQ=255) ttAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTGACAGA‑CACATTGTTATTAGAAAAGGGAGAATAGCATg > 1:313221/1‑141 (MQ=255) ttAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTGACAGA‑CACATTGTTATTAGAAAAGGGAGAATAGCATg > 1:269379/1‑141 (MQ=255) tAATTTATTGACAGAAAATGGTATCATCGTCTGTGAATTTAGCAAACATGAAGAAATAGATTATCAAACGTTTTATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTTACAGA‑CACATTGTTCTTAGAAAAGGGAGCATAGCATgg > 2:365892/1‑141 (MQ=255) tAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTGACAGA‑CACATTGTTATTAGACAAGGGAGAATAGCGTgg > 2:184790/1‑141 (MQ=255) aaTTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTGACAGA‑CACATTGTTATTAGAAAAGGGAGAATAGCATGGa > 1:884039/1‑141 (MQ=255) aTTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTGACAGA‑CACATTGTTATTAGAAAAGGGAGAATAGCATGGaa < 1:363849/141‑1 (MQ=255) tttATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGGTGACAGA‑CACATTGTTATTAGAAAAGGGAGAATAGCATGGAAc < 1:829869/141‑1 (MQ=255) agaaaATTGTGTTATGGTTTATTAATTTAGCAATAATGAAGAAATACATTATCAACCTTTGAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTGACAGA‑CACATTGTTATTAGAAAAGGGAGAATAGCATGGAACATACAATAg < 2:499855/141‑1 (MQ=255) aagtGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTGACAGA‑CACATTGTTATTAGAATAGGGAGAATAGCATGGAACATACAATAGCgg < 2:842041/138‑1 (MQ=255) aaaTGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTGACAGA‑CACATTGTTATTAGAAAAGGGAGAATAGCATGGAACATACAATAGCgg < 1:503456/141‑1 (MQ=255) tATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTGACAGA‑CACATTGTTATTAGAAAAGGGAGAATAGCATGGAACATACAATAGCGGTCATTc < 2:454750/141‑1 (MQ=255) tcGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGGTTATCAACCGTTTAATATGATTAAGCGTTACCATTATGGGTTGACAGA‑CACATTGTTATTAGAAAAGGGAGAACAGCATGGAACATACAATAGCGGTCATTCCGGGt < 2:600964/141‑1 (MQ=255) tcGTATGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTGACAGA‑CACATTGTTATTAGAAAAGGGAGAATAGCATGGAACATACAATAGCGGTCATTCCGGGt < 2:764536/141‑1 (MQ=255) tcGTATGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTGACAGA‑CACATTGTTATTAGAAAAGGGAGAATAGCATGGAACATACAATAGCGGTCATTCCGGGt < 2:558682/141‑1 (MQ=255) | AGCTTTAAAAGCATTGTCAAAACGTGATATTCAATTTGATGTCATTTTCTTAGATCCACCTTATAATAAAGGTCTCATTGATAAAGCTTTAAAACTAATTTCAGAGTTTAATTTATTGAAAGAAAATGGTATCATCGTTTGTGAATTTAGCAATCATGAAGAAATAGATTATCAACCGTTTAATATGATTAAACGTTACCATTATGGGTTGACAGA‑CACATTGTTATTAGAAAAGGGAGAATAGCATGGAACATACAATAGCGGTCATTCCGGGT > USA300TCH1516_ALE/1133279‑1133553 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |