| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,539,250 | C→G | 100% | intergenic (‑349/+37) | aroC ← / ← USA300HOU_RS07505 | Chorismate synthase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,539,250 | 0 | C | G | 100.0% | 217.4 / ‑6.5 | 64 | intergenic (‑349/+37) | aroC/USA300HOU_RS07505 | Chorismate synthase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (32/31); minor base T (0/1); total (32/32) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTT > USA300TCH1516_ALE/1539118‑1539383 | catcatATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaa < 2:467409/141‑1 (MQ=255) acatATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATAACAAAGAACGAACTTTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaaa < 2:597668/140‑1 (MQ=255) ttaattaaAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGatat < 1:164509/141‑1 (MQ=255) taattaaAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATGGCAACTTTAGCAAATAATATAATGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAACTTATGATAtt > 1:377615/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) ttAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACatat > 2:815421/1‑141 (MQ=255) atcccGTTTTATAATAATCGTACCGAAACTTAAGCAAAT‑ATATACTGACTATATTTCTTAATACAAAATAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGGGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGt < 2:91149/138‑1 (MQ=255) aGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGt > 1:129162/1‑141 (MQ=255) aGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGt < 2:908854/141‑1 (MQ=255) atatAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATCCAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCttt > 2:37403/1‑141 (MQ=255) ataATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTg < 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(MQ=255) atatACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATc > 2:109040/1‑141 (MQ=255) tataCTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCa < 1:160793/141‑1 (MQ=255) tataCTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGGTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCa > 1:903253/1‑141 (MQ=255) taCTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAAGTGTTAATTATTAATAAAGTGAGTCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATACGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAAt < 2:499019/141‑1 (MQ=255) taCTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAGTAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAAt > 1:176969/1‑141 (MQ=255) taCTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAAt > 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(MQ=255) aCATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTAc > 1:720074/1‑141 (MQ=255) ttAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACa < 2:789716/141‑1 (MQ=255) cAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATaaaaa < 1:415778/141‑1 (MQ=255) agagaagTGGTAATTACGAATAAAGTTAATCAGCTCGTTTCAAAAATCTAGGATATTTAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATCCTTTGACTTCAAACATACAATCAATTCTTTTATTAGTGCATAAAAAAtatat < 2:623256/138‑2 (MQ=255) cgaacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAAt > 2:308775/1‑141 (MQ=255) cgaacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAAt > 2:72466/1‑141 (MQ=255) aacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATga > 2:567185/1‑141 (MQ=255) aacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAAAga > 2:700331/1‑141 (MQ=255) acTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATgag < 1:855201/141‑1 (MQ=255) attttAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATgaga < 2:903253/138‑1 (MQ=255) ttttAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGagag < 1:422690/139‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAATCAGTATAAAAATAAtt > 2:429138/1‑141 (MQ=255) ttAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAAttt > 2:273382/1‑141 (MQ=255) aaTCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAAttttt > 1:748465/1‑141 (MQ=255) | CATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTT > USA300TCH1516_ALE/1539118‑1539383 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |