| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,617,132 | C→T | 5.6% | L212L (CTC→CTT) | yhdN_2 → | General stress protein 69 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,617,132 | 0 | C | T | 5.6% | 230.7 / 3.0 | 78 | L212L (CTC→CTT) | yhdN_2 | General stress protein 69 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/27); new base T (2/2); total (49/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.10e-01 | |||||||||||
AACGATAATGTCTCAATTCAATTTGATTGATAATCGTCCAGAATCATTATTAGATGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTAAAGAAATTGAAAGTAATTTATCTGCATTGACATTTAGTTATTTAACATCACATGACGTGCTTGGTT > USA300TCH1516_ALE/1616994‑1617268 | aaCGATAATGTCTCAATTCAATTTGATTGATAATCGTCCAGAATCCTTATTAGATGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCgc > 1:464606/1‑140 (MQ=255)aaCGATAATGTCTCAATTCAATTTGATTGATAATCGTCCAGAATCATTATTGGATGCACTTCAGAACAATGTTGTTAACGTGTTGGCAAGAGGACCTGTGTGTAAAGGATTATTAACTTCAGACAGTGTTGATGTGCTCgg > 2:7078/1‑140 (MQ=255)aaCGATAATGTCTCAATTCAATTTGATTGATAATCGTCCAGAATCATTATTAGATGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGa > 2:226920/1‑141 (MQ=255) aTAATGTCTCAATTCAATTTGATTGATAATCGTCCAGAATCATTATTAGATGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAAt > 1:571536/1‑141 (MQ=255) tAATGTCTCAATTCAATTTGATTGATAATCGTCCAGAATCATTATTAGATGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATa < 1:18731/141‑1 (MQ=255) ttctcAATTCAATTTGATTGATAATCGTCCAGTATCATTATTAGATGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAAtt < 1:772291/140‑1 (MQ=255) gTCTCAATTCAATTTGATTGATAATCCTCCAGAATCATTATTAGATGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTGGACAATAAAtt > 2:564956/1‑141 (MQ=255) tctcAATTCAATTTGATTGATAATCGTCCAGAATCATTATTAGATGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAAttt > 1:121753/1‑141 (MQ=255) ctcAATTCAATTTGATTGATAATCGTCCAGAATCATTATTAGATGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTTGACAATAAATTTa > 1:103863/1‑141 (MQ=255) ctcAATTCAATTTGATTGATAATCGTCCAGAATCATTATTAGATGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTTGACAATAAATTTa > 1:342209/1‑141 (MQ=255) caattTGATTGATAATCGTCCCGAATCATTATTAAATGCAATTCACAATAAGTATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGAttg < 1:243165/141‑3 (MQ=255) aattTGATTGATAATCGTCCAGAATCATTATTAGATGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGt > 1:287663/1‑141 (MQ=255) ttgatAATCGTCCAGAATCATTATTAGATGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTg < 1:715191/141‑1 (MQ=255) ttgatAATCGTCCAGAATCATTATTAGATGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTg < 1:494421/141‑1 (MQ=255) tatAATCGTCCAGAATCATTATTAGATGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGat < 2:433789/140‑1 (MQ=255) atAATCGTCCAGAATCATTATTAGATGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTGAAACAGTGTTAATGTGCTGGACAATAAATTTAAAGATGGTCTTTTTGagt > 1:70998/1‑139 (MQ=255) atAATCGTCCAGAATCATTATTAGATGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGatt > 1:41461/1‑141 (MQ=255) tAATCGTCCAGAATCATTATTAGATGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGatta > 1:122687/1‑141 (MQ=255) tCGTCCAGAATCATTATTAGATGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGCGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATtc > 1:34104/1‑141 (MQ=255) cGTCCAGAATCATTATTAGATGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATtct > 2:113578/1‑141 (MQ=255) cGTCCAGAATCATTATTAGATGCAAATCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATtct < 2:384663/141‑1 (MQ=255) ggccAGAATCATTATTAGATGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATtctc < 1:819346/139‑1 (MQ=255) gTCCAGAATCATTATTAGATGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGATATTTTTGATTATtctc > 1:323554/1‑141 (MQ=255) tCCAGAATCATTATTAGATGCAATTCACAACAATGATGTTCAAGTATGGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCa > 1:257887/1‑141 (MQ=255) cAGAATCATTATTAGATGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGGTCGACAATAAATTTACAGATGGTATTTTTGATTATTCTCatg > 1:527900/1‑141 (MQ=255) cAGAATCATTATTAGATGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTTTTCTCatt > 2:474542/1‑140 (MQ=255) aaTCATTATTAGATGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCatgatg > 1:832201/1‑141 (MQ=255) aattattAGATGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAAt < 2:748391/140‑1 (MQ=255) ttaGATGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGGCCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAGTTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGt > 2:753025/1‑141 (MQ=255) ttaGATGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGt > 1:190841/1‑141 (MQ=255) taGATGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTg > 2:805996/1‑141 (MQ=255) taGATGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTg > 2:52294/1‑141 (MQ=255) tGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAAc < 1:324322/141‑1 (MQ=255) gCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACa < 1:226920/141‑1 (MQ=255) gCAAGTCAAAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGTACGACAAGAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACa < 1:304231/141‑1 (MQ=255) aaTTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAAt < 2:503797/141‑1 (MQ=255) aTTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATa < 1:548583/141‑1 (MQ=255) ttCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGAAAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAg < 1:533263/141‑1 (MQ=255) tCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGc < 1:43586/141‑1 (MQ=255) cacaACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTGACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACATTAGcc > 1:610591/1‑141 (MQ=255) acaacaATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCct > 2:616283/1‑141 (MQ=255) caacaaTGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCctc > 1:16344/1‑141 (MQ=255) caacaaTGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCctc > 1:426962/1‑141 (MQ=255) caacaaTGATGTTAAAGAATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCGAACAGTGTTAATGCGCTCGCCAAGAAATTTAAAGAGGGTATTGTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGAGAAACAATAGCctc > 2:3484/1‑141 (MQ=255) aaTGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTAtt < 1:330330/141‑1 (MQ=255) tgatgTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCGGGTTCCAAAGGATTATTAACTTCAATCAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTaa < 2:212608/141‑1 (MQ=255) gatgTTAAAGTATTGGCAATAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCGAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGACGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTaaa > 2:670042/1‑141 (MQ=255) atgTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTAAAg > 1:834866/1‑141 (MQ=255) aaGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTAAAGAAATTg > 1:87812/1‑141 (MQ=255) ttGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTAAAGAAATTGAAAGt < 2:361925/141‑1 (MQ=255) cAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTAAAGAAATTGAAAGTAAtt > 1:258691/1‑141 (MQ=255) agGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTAAAGAAATTGAAAGTAATTTATc < 2:571536/141‑1 (MQ=255) agGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTAAAGAAATTGAAAGTAATTTATc < 1:473062/141‑1 (MQ=255) aCCTGAGTCTAAAGGATTATTAACTTACAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTAAAGAAATTGAAAGTAATTTATCTga > 2:302718/1‑140 (MQ=255) ccTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTAAAGCAATTGAAAGTAATTTATCTGCa > 1:117229/1‑141 (MQ=255) tgtCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTAAAGAAATTGAAAGTAATTTATCTGCATTGa > 1:433213/1‑141 (MQ=255) tgtCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGCGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTAAAGAAATTGAAAGTAATTTACCTACAGTGa > 2:813817/1‑141 (MQ=255) gtCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTTATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTAAAGAAATTGAAAGTAATTTATCTGCATTGAc > 2:230641/1‑141 (MQ=255) gtCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTAAAGAAATTGAAAGTAATTTATCTGCATTGAc > 2:337255/1‑141 (MQ=255) gtCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTAAAGAAATTGAAAGTAATTTATCTGCATTGAc < 2:121753/141‑1 (MQ=255) attattAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTAAAGAAATTGAAAGTAATTTATCTGCATTGACATTTAGTTa < 1:259228/141‑1 (MQ=255) taACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTAAAGAAATTGAAAGTAATTTATCTGCATTTACATTTAGGTATTTaa > 1:39651/1‑141 (MQ=255) aaCTTCAAGCAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTAAAGAAGTTGAAAGTAATTTATCTGCATTGACATTTAGTTATTTAAc > 2:108091/1‑141 (MQ=255) aaCTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTAAAGAAATTGAAAGTAATTTATCTGCATTGACATTTAGTTATTTAAc > 1:55687/1‑141 (MQ=255) aCTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTTTTTTTTTTTATGATGAATTGGGGGAAACAATAGCATCTATTAAAGAAATTGAAAGTAATTTATCTGCATTGACATATAGTTATTAAACa > 2:459464/1‑141 (MQ=255) aCTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTAAAGAAATTGAAAGTAATTTATCTGCATTAAAATTTAGTTATTTAACa > 2:167582/1‑141 (MQ=255) aCTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATGAAAGTAAATTAAATTAATTTATCTGCATTGACATTTAGTTATTTAACa > 2:189392/1‑141 (MQ=255) cAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTAAAGAAATTGAAAGTAATTTATCTGCATTGACATTTAGTTATTTAACATcac > 1:824175/1‑141 (MQ=255) cAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTAAAGAAATTGAAAGTAATTTATCTGCATTGACATTTAGTTATTTAACATcac > 1:753251/1‑141 (MQ=255) aaCAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTAAAGAAATTGAAAGTAATTTATCTGCATTGACATTTAGTTATTTAACATCACAt > 1:745641/1‑141 (MQ=255) aaCAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTAAAGAAATTGAAAGTAATTTATCTGCATTGACATTTAGTTATTTAACATCACAt > 1:837114/1‑141 (MQ=255) aaTGTTCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTAAAGAAATTGAAAGTAATTTATCTGCATTGACATTTAGTTATTTAACATCACATGACGTGCtt < 1:385816/141‑1 (MQ=255) aaTGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTAAAGAAATTGAAAGTAATTTATCTGCATTGACATTTAGTTATTTAACATCACATGACGTGCtt < 1:846529/141‑1 (MQ=255) aaTGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTAAAGAAATTGAAAGTAATTTATCTGCATTGACATTTAGTTATTTAACATCACATGACGTGCtt > 1:193635/1‑141 (MQ=255) atttgCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGTTTATTCTGATGATTAATCGGGTGAAACAATAGCCTCTATGAAAGAAATTTAAAGTAATTTATCTGCATTGACATTTAGTTATTTAACATCACATGACGTGCTTg < 2:80357/138‑1 (MQ=255) tgtgTTCGACAAGAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTTGGTGAAACAATAGCCTCTATTAAAGAAATTGAAAGTAATTTATCTGCATTGACATTTAGTTATTTAACATCACATGACGTGCTTgg < 2:515035/141‑1 (MQ=255) tgCTTGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTAAAGAAGTTGAAAGTAATTTATCTGCATTGACATTTAGTTATTTAACATCACATGACGTGCTTGGtt < 2:103863/141‑1 (MQ=255) tgCTTGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTAAAGAAGTTGAAAGTAATTTATCTGCATTGACATTTAGTTATTTAACATCACATGACGTGCTTGGtt < 2:342209/141‑1 (MQ=255) | AACGATAATGTCTCAATTCAATTTGATTGATAATCGTCCAGAATCATTATTAGATGCAATTCACAACAATGATGTTAAAGTATTGGCAAGAGGACCTGTGTCTAAAGGATTATTAACTTCAAACAGTGTTAATGTGCTCGACAATAAATTTAAAGATGGTATTTTTGATTATTCTCATGATGAATTGGGTGAAACAATAGCCTCTATTAAAGAAATTGAAAGTAATTTATCTGCATTGACATTTAGTTATTTAACATCACATGACGTGCTTGGTT > USA300TCH1516_ALE/1616994‑1617268 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |