| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000731 | 25,189 | C→A | 5.3% | intergenic (+87/‑159) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030 → / → USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000731 | 25,189 | 0 | C | A | 5.3% | 815.2 / 7.9 | 264 | intergenic (+87/‑159) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0030/USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | Sin recombinase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (120/123); new base A (4/15); total (124/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.81e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
ATATCACAAGACAAACAGTTTATAGAATTAAACATGATAAGGGATTATCTTGATAAATTGATTGTCAATGCAAATGAGCGTCTCTCACAGTGTCTCAAATTCCATAACATATTATTGAATTGAGATTTTAATAATTATACAAGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTA > CP000731/25050‑25329 | acaAGACAAACAGTTTATAGAATTAAACATGATAAGGGATTATCTTGATAAATTGATTGTCAATGCAAATGAGCGTCTCTCACAGTGTCTCAAATTCCATAACATATTATTGAATTGAGATTTTAATAATTATACAAGaaa > 1:369808/1‑141 (MQ=255) acaAGACAAACAGTTTATAGAATTAAACATGATAAGGGATTATCTTGATAAATTGATTGTCAATGCAAATGAGCGTCTCTCACAGTGTCTCAAATTCCATAACATATTATTGAATTGAGATTTTAATAATTATACAAGaaa > 1:296224/1‑141 (MQ=255) aaaCAGTTTATAGAATTAAACATGATAAGGGATTATCTTGATAAATTGATTGTCAATGCAAATGAGCGTCTCTCACAGTGTCTCAAATTCCATAACATATTATTGAATTGAGATTTTAATAATTATACAAGAAAAAAGAGt > 2:722347/1‑141 (MQ=255) aaaCAGTTTATAGAATTAAACATGATAAGGGATTATCTTGATAAATTGATTGTCAATGCAAATGAGCGTCTCTCACAGTGTCTCAAATTCCATAACATATTATTGAATTGAGATTTTAATAATTATACAAGAAAAAAGAGt > 1:288109/1‑141 (MQ=255) 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tgaGATTTTAATAATTATACAAGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCAt > 1:32545/1‑141 (MQ=255) tgaGATTTTAATAATTATACAAGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTAAACTCAt > 2:302135/1‑141 (MQ=255) gaTTTTAATAATTATACAAGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATaaa > 1:841365/1‑141 (MQ=255) tttAATAATTATACAAGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCTTAAATGt > 2:736744/1‑141 (MQ=255) taataaTTATACAAGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCa < 1:246512/141‑1 (MQ=255) ataatTATACAAGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAACATATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAAtagccaa > 2:398829/1‑135 (MQ=255) tttATACAAGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCTGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATAAAAAAAAAAAAAAACAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATAc < 2:670765/140‑1 (MQ=255) atTATACAAGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAACATATTATAATGTAAAAAGTATTTGAGATTTGTATTTCTATGGGCTACACTCATAAATGTCCAATAc < 1:670468/141‑1 (MQ=255) actataCACGAAAAAAGAGAAAAAGTTACCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATAc < 1:118686/139‑1 (MQ=255) aaCAAGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACtttt < 2:685663/140‑1 (MQ=255) aCAAGAAAAAAGAGTACGGGTTCGCAGCTGTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACttttt < 2:285069/141‑1 (MQ=255) | ATATCACAAGACAAACAGTTTATAGAATTAAACATGATAAGGGATTATCTTGATAAATTGATTGTCAATGCAAATGAGCGTCTCTCACAGTGTCTCAAATTCCATAACATATTATTGAATTGAGATTTTAATAATTATACAAGAAAAAAGAGTACGAGTTCGCAGCTTTCTATATAGTAATTGTTTTACTAATAAGGTGTTTTAAAATATATTATAATGTAAAAAGTATTTGACATTTGTATCAAAAATATTTACACTCATAAATGTCAAATACTTTTTA > CP000731/25050‑25329 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |