| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,274,436 | A→G | 5.0% | T454T (ACA→ACG) | mtlA → | PTS system mannitol‑specific EIICB component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,274,436 | 0 | A | G | 5.0% | 226.7 / 3.5 | 80 | T454T (ACA→ACG) | mtlA | PTS system mannitol‑specific EIICB component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/32); new base G (2/2); total (46/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.57e-01 | |||||||||||
GAAGATGTTGATGCACACAATTACAATAATATAAATCATGTTATTTTTGCCTGCGATGCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAAACAAACACCAAATGCCATCCATATTTCAGTGGATAATTTCCTTAATTCACCAAGATATGAA > USA300TCH1516_ALE/2274296‑2274574 | gAAGATGTTGATGCACACAATTACAATAATATAAATCATGTTCTTTTTGCCTGCGATGCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACa < 2:833410/141‑1 (MQ=255) tGTTGATGCACACAATTACAATAATATAAATCATGTTATTTTTGCCTGCGATGCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATaa > 2:79529/1‑140 (MQ=255) tGTTGATGCACACAATTACAATAATATAAATCATGTTATTTTTGCCTGCGATGCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATAc > 1:771171/1‑141 (MQ=255) tGCACACAATTACAATAATATAAATCATGTTATTTTTGCCTGCGATGCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGAt < 1:696784/141‑1 (MQ=255) gCACACAATTACAATAATATAAATCATGTTATTTTTGCCTGCGATGCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGAtt < 2:207326/141‑1 (MQ=255) acaAATACAATCATATAAATCATGTTATTTTTGCCTGCGATGCGGGTATGGGTGCTAGTGCAAGGAGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGTGCATGAATGATATGACAGTGACAA‑CTGCAGCGAGTAAta > 2:555988/1‑140 (MQ=255) caATTACAATAATATAAATCATGTTATTTTTGCCTGCGATGCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCa > 1:288198/1‑141 (MQ=255) caATTACAATAATATAAATCATGTTATTTTTGCCTGCGATGAGGGTATGGGTTAAAAAGCAATGGGTGCACGAATCTCCAACGCGAGGGTTAGAAAAACAGACATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCa > 2:877515/1‑141 (MQ=255) gaTTATAATCATATAAATCATGTTATTATTAACTTCGATGTGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTGCAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCaa > 1:669605/2‑141 (MQ=255) tACAATAATATAAATCATGTTATTTTTGCCTGCGATGCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGAAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATAATGCGATTAATCAATTg > 2:97843/1‑141 (MQ=255) aCAATAATATAAATCATGTTATTTTTTTTTTTTTTTCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGTGCATTAATGATATTACACACACAA‑ATACTACGATTAATATATTGc > 2:711106/1‑141 (MQ=255) aCAATAATATAAATCATGTTATTTTTGCCTGCGATGCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTTCAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGc > 1:67643/1‑141 (MQ=255) aCAATAATATAAATCATGTTATTTTTGCCTGCGATGCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGc < 2:65673/141‑1 (MQ=255) aaataacAAAAATCATGTTACTTTGGCGTGCGATGCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAACGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGcc < 1:93351/140‑1 (MQ=255) aataatATAAATCATGTTATTTTTGCCTGCGATGCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCa < 1:212644/141‑1 (MQ=255) taataTAAATCATGTTATTTTTGCCTGCGATGCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCGTGTTACGTACTAAATTTAAAAAGGCGGACATTAAGGATATTACATTTACAA‑ATGCTGCGATTCATTAATTGCCaaa > 2:284929/1‑141 (MQ=255) tataAATCATGTTATTTTTGCCTGCGATGCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGa > 1:490337/1‑141 (MQ=255) ataATTCATGTTATTTTTGCCTGCGATGCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGAt < 1:419207/141‑1 (MQ=255) aaTCATGTTATTTTTGCCTGCGATGCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGAGGCt > 1:414152/1‑141 (MQ=255) tCATGTTATTTTTGCCTGCGATGCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCGAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCa < 2:72923/141‑1 (MQ=255) tCATGTTATTTTTGCCTGCGATGCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑GTACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCa > 2:215946/1‑141 (MQ=255) cATGTTATTTTTGCCTGCGATGCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCaa < 1:306422/141‑1 (MQ=255) aTGTTATTTTTGCCTGCGATGCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTCCAA‑ATAATGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAAt > 2:804868/1‑141 (MQ=255) tATTTTTGCCTGCGATGCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGt > 1:908536/1‑141 (MQ=255) tATTTTTGCCTGCGATGCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGt > 1:109692/1‑141 (MQ=255) tATTTTTGCCTGCGATGCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGt > 1:702298/1‑141 (MQ=255) tATTTTTGCCTGCGATGCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGt > 1:653721/1‑141 (MQ=255) tttttGCCTGCGATGCGGGTATGGGTACTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATGTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCACAATTAGTTa > 2:545147/1‑141 (MQ=255) tGCCTGCGATGCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCAc > 2:44931/1‑141 (MQ=255) tGCCTGCGATGCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCAc > 1:31474/1‑141 (MQ=255) gCCTGCGATGCGGGTATGGGTTATAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGACTAATCAATTGCCAAAAGATGCCCACTTAGTCATCAcc > 2:128342/1‑140 (MQ=255) ccTGCGATGCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAACAGATGCTCAACTAGCTAACACta > 2:680775/1‑140 (MQ=255) tGCGAGGCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGAATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAg < 2:314657/141‑1 (MQ=255) gATGCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGaaa > 1:763257/1‑141 (MQ=255) gggTTTGGTTTCTAGTGCAATGGGTGCACGAATGTTACGTAATAAATTGAAAAAAGCGGGCATTAATGATAATCCAGTTATAA‑ATACTGCGATTAATCAATTTCCAAAAGATGCTAAATTAGTTAACAAACAGAAAAaact < 2:85662/141‑1 (MQ=255) gggTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAaact > 1:18732/1‑141 (MQ=255) ggTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACGA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAaacta > 1:790236/1‑141 (MQ=255) ggTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACGA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAaacta > 1:772644/1‑141 (MQ=255) gTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGGTATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCGATTAGTTATGACTCAGATAAacctaa > 2:91355/1‑141 (MQ=255) aTGGGTTCTAGTGCGATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAaactaact < 2:868035/141‑1 (MQ=255) ggTTCTAGTGCAATGGATGCAAACATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATACTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGAAAAAAAAAAAAAAAAACTAACTGAt < 2:788997/141‑1 (MQ=255) ttAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTg < 2:713050/140‑1 (MQ=255) cTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTg > 2:795538/1‑141 (MQ=255) tAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGc < 1:911679/141‑1 (MQ=255) gcgCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAACAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTa < 1:274977/139‑1 (MQ=255) ggTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACGA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTaaacaa < 2:772644/141‑1 (MQ=255) ggTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACGA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTAGTaaacaa < 2:790236/141‑1 (MQ=255) gtacAATCATGTTACGTAATAAACTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTaaacaaa < 2:503007/138‑1 (MQ=255) gggaaaGTATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATTATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAATTAGCTTATCGTGCTATTaaacaaa < 2:195784/137‑1 (MQ=255) gCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAGTTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAaaaaaaca > 2:679045/1‑141 (MQ=255) cAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGGATTAAGGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAAACAAacac < 2:705679/141‑1 (MQ=255) aaGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAAACAAACAcc < 1:724286/141‑1 (MQ=255) acATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGTCTGGCATTAATGATATCACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAACCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACGAACTGACCCTGCTACTAAACAAACACCaa < 2:8099/140‑1 (MQ=255) cATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAAACAAACACCaaa < 2:18732/141‑1 (MQ=255) cATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAAACAAACACCaaa > 1:801687/1‑141 (MQ=255) aTGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAAACAAACACCAAAt < 1:847985/141‑1 (MQ=255) cGTAATAAAATTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAAACAAACACCAAATGccatc > 1:667757/1‑141 (MQ=255) gTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAAACAAACACCAAATGccatcc < 2:771171/141‑1 (MQ=255) aataaATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAAACAAACACCAAATGccatccat < 2:442934/141‑1 (MQ=255) ataaATTTAAAAAGGCGGTCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAAACAAACACCAAATGCCATCCata < 2:141618/141‑1 (MQ=255) aaaaaGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTCCCACTTACATC‑ATGAACCAATAGACAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCGATTAAACAAACGCCAAATGCCATCCATCTTTCAGTg > 1:436396/1‑141 (MQ=255) aaaaaGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTCTTAAACAAACACCAAATGCCATCCATATTTCAGTg > 1:73870/1‑141 (MQ=255) aaaaGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAAACAAACACCAAATGCCATCCATATTTCAGTgg > 1:278529/1‑141 (MQ=255) aaaaGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAAACAAACACCAAATGCCATCCATATTTCAGTgg > 1:882769/1‑141 (MQ=255) aaaaGGCGGGCAGTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAAACAAACACCAAATGCCATCCATATTTCAGTgg < 2:156582/141‑1 (MQ=255) cGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAAACAAACACCAAATGCCATCCATATTTCAGTGGATAAtt > 2:629434/1‑141 (MQ=255) cGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAAACAAACACCAAATGCCATCCATATTTCAGTGGATAAtt < 1:369607/141‑1 (MQ=255) cGGACACTAATGATAGTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGATATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAAACAAACACCAAATGCCATCCATATTTCAGTGGATAAtt < 2:218149/141‑1 (MQ=255) ggCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAAACAAACACCAAATGCCATCCATATTTCAGTGGATAATTTc > 2:455964/1‑141 (MQ=255) gCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAAACAAACACCAAATGCCATCCATATTTCAGTGGATAATTTcc > 1:499325/1‑141 (MQ=255) cATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAAACAAACACCAAATGCCATCCATATTTCAGTGGATAATTTCCt < 1:514323/141‑1 (MQ=255) aTTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAAACAAACACCAAATACCACCCATATTTCAGTGGATAATTTCCtt > 2:426657/1‑141 (MQ=255) tAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAAACAAACACCAAATGCCATCCATATTTCAGTGGATAATTTCCTTaa > 2:699334/1‑141 (MQ=255) aaTGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAAACAACCACCAAATGCCATCCATATTTCAGTGGATAATTTCCTTAAt < 1:480184/141‑1 (MQ=255) aaTGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAAACAAACACCAAATGCCATCCATATTTCAGTGGATAATTTCCTTAAt > 1:53101/1‑141 (MQ=255) aaTGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAAACAAACACCAAATGCCATCCATATTTCAGTGGATAATTTCCTTAAt < 1:877515/141‑1 (MQ=255) aTGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAAACAAACACCAAATGCCATCCATATTTCAGTGGATAATTTCCTTAAtt > 1:635546/1‑141 (MQ=255) atatTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAAACAAACACCAAATGCCATCCATATTTCAGTGGATAATTTCCTTAAttaca > 1:377640/1‑138 (MQ=255) atatTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAAACAAACACCAAATGCCATCCATATTTCAGTGGATAATTTCCTTAATTCAc > 1:491049/1‑141 (MQ=255) aGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAAACAAACACCAAATGCCATCCATATTTCAGTGGATAATTTCCTTAATTCACCAAGata > 1:760856/1‑141 (MQ=255) aCAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAAACAAACACCAAATGCCATCCATATTTCAGTGGATAATTTCCTTAATTCACCAAGATATgaa < 1:490460/141‑1 (MQ=255) | GAAGATGTTGATGCACACAATTACAATAATATAAATCATGTTATTTTTGCCTGCGATGCGGGTATGGGTTCTAGTGCAATGGGTGCAAGCATGTTACGTAATAAATTTAAAAAGGCGGGCATTAATGATATTACAGTTACAA‑ATACTGCGATTAATCAATTGCCAAAAGATGCTCAATTAGTTATCACTCAGAAAAAACTAACTGATCGTGCTATTAAACAAACACCAAATGCCATCCATATTTCAGTGGATAATTTCCTTAATTCACCAAGATATGAA > USA300TCH1516_ALE/2274296‑2274574 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |