| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,468,887 | A→T | 5.6% | intergenic (‑76/‑132) | lipY ← / → USA300HOU_RS12715 | Triacylglycerol lipase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,468,887 | 0 | A | T | 5.6% | 203.0 / 2.5 | 66 | intergenic (‑76/‑132) | lipY/USA300HOU_RS12715 | Triacylglycerol lipase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/27); new base T (2/2); total (37/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.38e-01 | |||||||||||
ATAATCGAGCGATTGTGAAGCAAATATTTATTGACAACGCTATTCATAACACGGTTTCTAATCAATGTCTTAACCTACCTTTATATATTTTATGTATCCAATGATTGTCTATCCCCTACATTCTTTGCCAAAAAAAGTATATAATGTAGAAGATATTTTCTTTTTCACTTTCAAATTTAAGACTACAATTGAACAGTGATTTTTCATCATTATAACAGACAACTAGACATATTGATAAGTAAAGAAAAGAACTTTATACGGAGGTACCTTGCATGAC > USA300TCH1516_ALE/2468747‑2469023 | aTAATCGAGCGATTGTGAAGCAAATATTTATTGACAACGCTATTCATAACACGGTTTCTAATCAATGTCTTAACCTACCTTTATATATTTTATGTATCCAATGATTGTCTATCCCCTACATTCTTTGCCAAAAAAAGtata > 1:443045/1‑141 (MQ=255) ttGTGAAGCAAATATTTATTGACAACGCTATTCATAACACGGTTTCTAATCAATGTCTTAACCTACCTTTATATATTTTATGTATCCAATGATTGTCTATCCCCTACATTCTTTGCCAAAAAAAGTATATAATTTagaaga > 1:240331/1‑141 (MQ=255) ttGTGAAGCAAATATTTATTGACAACGCTATTCATAACACGGTTTCTAATCAATGTCTTAACCTACCTTTATATATTTTATGTATCCAATGATTGTCTATCCCCTACATTCTTTGCCAAAAAAAGTATATAATGTagaaga < 1:373706/141‑1 (MQ=255) gtgAAGGAAATATTTATTGACAACGCTATTAATAACACGGGTTCTAATAAATGGCTTAACCTACCTTTATATATTTTATGTATCCAATGATTGTCTAGCCCCTACATTCTTTGCCAAACAAAGTATATAATGTTGGAGatt > 2:194398/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) cGCTATTCATAACACGGTTTCTAATCAATGTCTTAACCTACCTTTATATATTTTATGTATCCAATGATTGTCTATCCCCTCCATTCTTTGCCAAAAAAAGTATATAATGTAGAAGATATTTTCTTTTTAACTTTCAAAttt > 2:420761/1‑141 (MQ=255) cactCATACCACGGTGTCTAATCCATGTCTAAACCAACCTTAATAAATGTTATTTATCCAATGATTGTCTATCCCCTACATTCTTTGCCAAAAAAAGTATATAATGTAGAAGATATTTTCTTTTTCACTTTCAAATTTAAg < 1:119890/138‑1 (MQ=255) ttCATAACACGGTTTCTAATCAATGTCTTAACCTACCTTTATATATTTTATGTATCCAATGATTGTCTATCCCCTACATTCTTTGCCAAAAAAAGTATATAATGTAGAAGATATTTTCTTTTTCACTTTCAAATTTAAGAc > 1:748195/1‑141 (MQ=255) tAACACGGTTTCTAATCAATGACTTAACCTACCTTTATATATTTTATGTATCCAATGATTGTCTATCCCCTACATTCTTTGCCAAAAAAAGTATATAATGTAGAAGATATTTTCTTTTTCACTTTCAAATTTAAGACTACa > 1:473536/1‑141 (MQ=255) acacGGTTTCTAATCAATGTCTTAACCTACCTTTATATATTTTATGTATCCAATGATTGTCTATCCCCTACATTCTTTGCCAAAAAAAGTATATAATGTAGAAGATATTTTCTTTTTCACTTTCAAATTTAAGACTACAAt > 2:247504/1‑141 (MQ=255) acacGGTTTCTAATCAATGTCTTAACCTACCTTTATATATTTTATGTATCCAATGATTGTCTATCCCCTACATTCTTTGCCAAAAAAAGTATATAATGTAGAAGATATTTTCTTTTTCACTTTCAAATTTAAGACTACAAt > 1:281087/1‑141 (MQ=255) acGGTTTCTAATCTATTTCATAACCTACCTTTATATATTTGATGTATACAATGGTTGTCTCTACCCTACATTCTTGGCCAAAAAAATTATATAATGTAGAAGATATTTTCTTTTTCACCTTCATATTTAAGACTACAATTg < 2:36943/141‑1 (MQ=255) tttCTAATCAATGTCTCAACCTACCTTTATATATTTTATGTATCCAATGATTGTCTATCCCCTACATTCTTTGCCAAAAAAAGTATATAATGTAGAAGATATTTTCTTTTTCACTTTCAAATTTAAGACTACAATTGAACa < 1:11009/141‑1 (MQ=255) tCTAATCAATGTCTTAACCTACCTTTATATATTTTATGTATCCAATGATTGTCTATCCCCTAAATTCTTTGCCAAAAAAAGTATATAATGTAGAAGATATTTTCTTTTTCACTTTCAAATTTAAGACTACAATTGAACAGt > 2:97911/1‑141 (MQ=255) cTAATCAATGTCTTAACCTACCTTTATATATTTTATGTATCCAATGATTGTCTATCCCCTACATTCTTTGCCAAAAAAAGTATATAATGTAGAAGATATTTTCTTTTTCACTTTCAAATTTAAGACTACAATTGAACAGTg < 1:505691/141‑1 (MQ=255) tAATCAATGTCTTAACCTACCTTTATATATTTTATGTATCCAATGATTGTCTATCCCCTACATTCTTTGCCAAAAAAAGTATATAATGTAGAAGATATTTTCTTTTTCACTTTCAAATTTAAGACTACAATTGAACAGTGa < 2:620047/141‑1 (MQ=255) 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1:219065/1‑141 (MQ=255) tacctTTATATATTTTATGTATCCAATGATTGTCTATCCCCTACATTCTTTGCCAAAAAAAGTATATAATGTAGAAGATATTTTCTTTTTCACTTTCAAATTTAAGACTACAATTGAACAGTGATTTTTCATCATTATaaa > 1:748411/1‑140 (MQ=255) ctatatTTTATGTATCCAATGATTGTCTATCACCTACATTCTTTGCCAAAAAAAGTATATAACGTAGAAGATATTTTCTTTTTCACTTTCAAATTTAAGACTACAATTGAACAGTGATTGTTCATCATTATAACAGACAAc > 2:367628/2‑141 (MQ=255) atatTTTATGTATCCAATGATTGTCTATCCCCTACATTCTTTGCCAAAAAAAGTAAAAAAATTAGAGGATATTTTCTTTTTCACTTTCAAATTTAAGACTACAATTGAACAGTGATTTTTCATCATTATAACAGACAACTa < 1:897931/141‑1 (MQ=255) gttttATGTACACAATGTTTGCCTATCCCCTACATTCTTTGCCAAAAAAAGTATATAATGTAGAAGATATTTTCTTTTTCACTTTCAAATTTAAGACTACAATTGAACAGTGATTTTTCATCATTATAACAGACAACTAGa < 2:428489/140‑1 (MQ=255) ttttATGTATCCAATGATTGTCTATCCCCTACATTCTTTGCCAAAAAAAGTATATAATGTAGAAGATATTTTCTTTTTCACTTTCAAATTTAAGACTACAATTGAACAGTGATTTTTCATCATTATAACAGACAACTAGAc > 2:688575/1‑141 (MQ=255) 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1:750301/1‑141 (MQ=255) gTCTATCCCCTACATTCTTTGCCAAAAAAAGTATATAATGTAGAAGATATTTTCTTTTTCACTTTCAAATTTAAGACTACAATTGAACAGTGATTTTTCATCATTATAACAGCCAACTAGACATATTGATAAGTaaagaaa > 2:375512/1‑141 (MQ=255) gTCTATCCCCTACATTCTTTGCCAAAAAAAGTATATAATGTAGAAGATATTTTCTTTTTCACTTTCAAATTTAAGACTACAATTGAACAGTGATTTTTCATCATTATAACAGACAACTAGACATATTGATAAGTaaagaaa > 1:331315/1‑141 (MQ=255) ccccTACATTCTTTGCCAAAAAAAGTATATAATGTAGAAGATATTTTCTTTTTCACTTTCAAATTTAAGACTACAATTGAACAGTGATTTTTCATCATTATAACAGACAACTAGACATATTGATAAGTAAAGAAAAGAACt > 2:850705/1‑141 (MQ=255) cccTACATTCTTTGCCAAAAAAAGTATATAATGTAGAAGATATTTTCTTTTTCACTTTCAAATTTAAGACTACAATTGAACAGTGATTTTTCATCATTATAACAGACAACTAGACATATTGATAAGTAAAGAAAAGAACtt > 2:425670/1‑141 (MQ=255) cccTACATTCTTTGCCAAAAAAAGTATATAATGTAGAAGATATTTTCTTTTTCACTTTCAAATTTAAGACTACAATTGAACAGTGATTTTTCATCATTATAACAGACAACTAGACATATTGATAAGTAAAGAAAAGAACtt < 1:361236/141‑1 (MQ=255) 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1:231979/141‑1 (MQ=255) | ATAATCGAGCGATTGTGAAGCAAATATTTATTGACAACGCTATTCATAACACGGTTTCTAATCAATGTCTTAACCTACCTTTATATATTTTATGTATCCAATGATTGTCTATCCCCTACATTCTTTGCCAAAAAAAGTATATAATGTAGAAGATATTTTCTTTTTCACTTTCAAATTTAAGACTACAATTGAACAGTGATTTTTCATCATTATAACAGACAACTAGACATATTGATAAGTAAAGAAAAGAACTTTATACGGAGGTACCTTGCATGAC > USA300TCH1516_ALE/2468747‑2469023 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |