| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2660581 | 123 (1.420) | 3 (0.040) | 3/272 | 7.5 | 2.6% | intergenic (+23/+226) | ldhD_1/ybiV | D‑lactate dehydrogenase/Sugar phosphatase YbiV |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2660590 | 109 (1.370) | intergenic (+32/+217) | ldhD_1/ybiV | D‑lactate dehydrogenase/Sugar phosphatase YbiV | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
GAATTTTAGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGATATATTAATA > USA300TCH1516_ALE/2660434‑2660729 | gAATTTTAGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAACAAAGgcg > 2:799847/1‑149 (MQ=255) ttttAGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGgcgcgc < 2:237341/149‑1 (MQ=255) ttAGTAACACCATATATTGCTTACTTCTCGGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCa < 1:866840/149‑1 (MQ=255) tAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCAtgtg > 1:359709/1‑149 (MQ=255) aaCACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGc > 2:898177/1‑149 (MQ=255) acacCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGcc > 1:514843/1‑149 (MQ=255) accacATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGAAAAGGAGCGCCATGGGcagt > 1:431994/1‑146 (MQ=255) cacaTATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTAGAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTg > 1:597049/1‑149 (MQ=255) cacaTATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTg < 1:150289/149‑1 (MQ=255) tatTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCttt < 1:573807/149‑1 (MQ=255) tatTGCTTTCCTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCttt < 1:197662/149‑1 (MQ=255) tttGGTTTCCTCTCTGATGACGCAGTACGAACCCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCtttt < 2:116751/148‑1 (MQ=255) tGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGTCGCGCCATGTGCATTTGCtttttt > 2:667711/1‑148 (MQ=255) tGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTa > 2:92153/1‑149 (MQ=255) cTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCACAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAtt > 1:626516/1‑149 (MQ=255) cTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAtt > 1:488125/1‑149 (MQ=255) cTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAtt > 1:837195/1‑149 (MQ=255) cTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAtt > 1:306207/1‑149 (MQ=255) cTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAtt > 1:10626/1‑149 (MQ=255) cTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTCTCATTAACACTGGGACAGATAAAACACGTTTAAATTAATAGATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCGTTTTAtt > 2:47329/1‑149 (MQ=255) tttCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAAGACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAAGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAttt < 1:603900/149‑1 (MQ=255) tttCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAttt > 2:353740/1‑149 (MQ=255) tttCTTCTCTGATGAAGCAGGACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAttt < 1:923306/149‑1 (MQ=255) ttcttcTCTGATGAAGCAGTACTAACCCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAtttt < 2:88486/149‑1 (MQ=255) ttctgcTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTAtttt < 2:273983/149‑1 (MQ=255) tcttctCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTg < 2:727905/149‑1 (MQ=255) tcttccCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTg < 1:260902/149‑1 (MQ=255) tctcTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAATGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGtat > 1:595610/1‑149 (MQ=255) tctcTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGtat > 1:5893/1‑149 (MQ=255) ctGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATc < 2:842920/149‑1 (MQ=255) ctGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATc < 2:669961/149‑1 (MQ=255) ttgAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTaaa > 1:747095/1‑149 (MQ=255) tggtTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCt < 1:705345/149‑1 (MQ=255) 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tAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCtttatt > 1:283393/1‑149 (MQ=255) aaCGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACAGGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCtttatttt > 1:723513/1‑149 (MQ=255) cGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCtttattttat < 1:898177/149‑1 (MQ=255) agcaTTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATTTAGTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTCCCTTTTCTTTTTCATTTGTAGATCTGTATCAAGATCGATTTGATTAAATTCCGCTTTATTTTatcat < 2:105005/149‑1 (MQ=255) agcaTTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTatcat < 1:514220/149‑1 (MQ=255) agcaTTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTatcat < 1:432300/149‑1 (MQ=255) agcaTTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTatcat < 1:119325/149‑1 (MQ=255) tgtCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTAtt < 2:932425/147‑1 (MQ=255) aTCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTc > 1:803074/1‑149 (MQ=255) aTCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTc > 2:916540/1‑149 (MQ=255) 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cgcgcCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGATATATTAata > 1:859856/1‑149 (MQ=255) cgcgcCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGATATATTAata > 1:891121/1‑149 (MQ=255) | GAATTTTAGTAACACCACATATTGCTTTCTTCTCTGATGAAGCAGTACAAAACCTTGTTGAAGGTGGTTTAAACGCAGCATTATCTGTCATTAACACTGGTACATGTGAAACACGTTTAAATTAATATATATATTTAAAAGCAAAGGCGCGCCATGTGCCTTTGCTTTTTATTTTGTATATCTGTATCAAAATCGATTTGATTAAAATCCGCTTTATTTTATCATCTATTCAAATGATTTTAGTGCGCTTATTTTACTATGGCATTATTGCCTAACCTGTTTGAGATATATTAATA > USA300TCH1516_ALE/2660434‑2660729 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |