Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE512,6430AG45.6% 47.3 / 230.4 185intergenic (+711/‑6052)recR/speA_2Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (54/46);  new base G (50/34);  total (104/81)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.60e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

Only 100 of 189 total aligned reads displayed.

ATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTT‑AATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTT  >  USA300TCH1516_ALE/512496‑512787
                                                                                                                                                   |                                                                                                                                                 
 tGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaat                                                                                                                                                 >  1:733246/1‑149 (MQ=255)
   aCAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaataa                                                                                                                                               >  2:854591/1‑149 (MQ=255)
    gaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGATGATaaa                                                                                                                                              <  1:416533‑M1/29‑1 (MQ=255)
      acaccgaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaactcacgtaccgctagagtagaaagttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAAt                                                                                                                                            >  2:674666‑M1/119‑149 (MQ=255)
         cagaagttaagctccttagcgtcggtggtggtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGta                                                                                                                                         <  1:476809‑M1/34‑1 (MQ=255)
           gtAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGtata                                                                                                                                       <  1:206413/149‑1 (MQ=255)
           gaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGtata                                                                                                                                       <  2:174395‑M1/36‑1 (MQ=255)
             agttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaat                                                                                                                                     >  1:800605‑M1/112‑149 (MQ=255)
             aaTTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaat                                                                                                                                     <  1:244613/149‑1 (MQ=255)
               ttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggccgttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaatta                                                                                                                                   >  1:151548‑M1/110‑149 (MQ=255)
               tattaaCTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACGACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaatta                                                                                                                                   <  2:875523/144‑1 (MQ=255)
                  agctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATaattaatt                                                                                                                                <  1:252481‑M1/43‑1 (MQ=255)
                   gctccttagcgtggatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaaagttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTAtaattaattt                                                                                                                               <  1:632585‑M1/44‑2 (MQ=255)
                       gttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGt                                                                                                                           >  1:351090/1‑149 (MQ=255)
                           gcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                                                                       <  1:549971‑M1/52‑1 (MQ=255)
                            cgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgacaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTa                                                                                                                      <  2:4981‑M1/53‑1 (MQ=255)
                            cgtcgatggtagtcgaacttacgttcccctagaatagaacgttgccaggcagatttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGGATAATTAATTCTTGTCGGTa                                                                                                                      <  1:509797‑M1/53‑1 (MQ=255)
                              tcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                                                    <  1:696807‑M1/55‑1 (MQ=255)
                              aGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAg                                                                                                                    >  2:208320/1‑149 (MQ=255)
                                    ttGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTACTGCTTGTCGGTAATaaaaaa                                                                                                              >  2:867780/1‑148 (MQ=255)
                                    gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCAGTAAGAAAAAt                                                                                                              >  1:769234‑M1/89‑149 (MQ=255)
                                     tagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATg                                                                                                             >  1:715876‑M1/88‑149 (MQ=255)
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                                                   gTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg                                                                                               >  2:488888/1‑149 (MQ=255)
                                                     atttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGaa                                                                                             >  2:648528/1‑149 (MQ=255)
                                                       ttatttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATg                                                                                           >  1:787292/1‑149 (MQ=255)
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                                                                                     ctTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAAAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTT‑AATCCCaaaaaaac                                                            >  2:55874/1‑147 (MQ=255)
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                                                                                           aattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTT‑AATTCCAAAAAACGTAACta                                                      <  2:406536‑M1/116‑1 (MQ=255)
                                                                                           aaaTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTT‑AATTCCAAAAAACGTAACta                                                      >  2:197206/1‑149 (MQ=255)
                                                                                             aTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTT‑AATTCCAAAAAACGTAACtata                                                    <  1:1270/149‑1 (MQ=255)
                                                                                             aTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAAATTGAAAACTGAATGACAATATTTCAACGTT‑AATTCCAAAAAACGTAACtata                                                    >  2:149474/1‑149 (MQ=255)
                                                                                                 tgttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACATTATGTCAACGTT‑AATTCCAAAAAACTTAACTATAAGtt                                                >  2:567365‑M1/28‑149 (MQ=255)
                                                                                                 ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTT‑AATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt                                                >  1:817258‑M1/28‑149 (MQ=255)
                                                                                                 cTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTT‑AATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt                                                >  1:376286/1‑149 (MQ=255)
                                                                                                  ttGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTT‑AATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTa                                               <  2:729692/149‑1 (MQ=255)
                                                                                                  gttaaaaaataaaatggacaagaaaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGAT‑AATACAAAAAAACGTAACTATAAGTTa                                               >  2:778998‑M1/27‑149 (MQ=255)
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                                                                                                     aaTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTT‑AATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACaa                                            >  2:861779/1‑149 (MQ=255)
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                                                                                                         aataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTT‑AATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACat                                        >  1:438667‑M1/20‑149 (MQ=255)
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                                                                                                               atggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTT‑AATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTa                                  <  2:159041‑M1/136‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                           tAAAAAGTTATTGACTTGAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGTATGACAATATGTTAACGTT‑AATTAAAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGc                      <  2:338648/149‑1 (MQ=25)
                                                                                                                           tAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTT‑AATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGc                      <  1:270498/149‑1 (MQ=255)
                                                                                                                            aaaaaGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTT‑AATTCCAAAAAACGTAACTATAGGTTACAACCATTATTTCGTATTTATgcgcc                     >  1:87880/1‑148 (MQ=21)
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                                                                                                                                      tGACTTAACTGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAAATA‑AAAAACAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcat           <  2:490534/149‑1 (MQ=18)
                                                                                                                                      tGACTTAAATGTTGAAAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTT‑AATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcat           <  2:52047/149‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                      tGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTT‑AATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcat           <  1:393997/149‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                      tGACTAAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTT‑AATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcat           <  2:894652/149‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                                         cTTAAATGTTAATTAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTT‑AATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAcatcat        <  2:670012/149‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                                              aTGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGACGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACCATATGTCAACGTT‑AATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAAttt   <  2:305278/149‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                               tGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTT‑AATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAAtttt  <  1:92548/149‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                                   |                                                                                                                                                 
ATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTT‑AATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACATCATAATTTT  >  USA300TCH1516_ALE/512496‑512787

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑