| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,279,705 | G→A | A943V (GCA→GTA) | ebh_3 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,279,705 | 0 | G | A | 98.2% | 320.9 / NA | 116 | A943V (GCA→GTA) | ebh_3 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base A (59/52); minor base C (0/2); total (61/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
TATCAGTTGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTGCTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGCATCAT > USA300TCH1516_ALE/2279562‑2279849 | tATCAGTTGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACtgtt < 1:64726/149‑1 (MQ=255) aGTTGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGttt > 1:782615/1‑149 (MQ=255) ttGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTACTGTTGTTTCa > 1:72766/1‑149 (MQ=255) 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ttGTTACTGTTGTTTCTCCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGcatca < 2:736942/148‑1 (MQ=255) tGTTACTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGACGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGcatcat < 1:824335/149‑1 (MQ=255) | TATCAGTTGTGCCGTTATTAGTTGATTCTACTTCTGGTTTACTAGTTACATCGTTATCCATTGTCGGACTGTTTGTTGATGCATCTACACTAGAATTGTTATTAGCTTGCGGTTTATCATTTGCATCATCAGTTGCTGATGTTGCTGTTGTTTCACCTGTTGCCGCATCACTATTATTTGGTGT‑TGTCGGAGAAGCGTCT‑GCTTTGCCATTAGCTGTCGTCTCAGATACGTTAGGTTGTCCAGTATTTTCTGGTGTTGCATTAGCATTTGAATTTGCTGTTGCATCAT > USA300TCH1516_ALE/2279562‑2279849 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |