New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	USA300TCH1516_ALE	512620 =	25 (0.850)	25 (1.240) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA	19/180	NT	59.2%	intergenic (+688/‑6075)	recR/speA_2	Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
	?	USA300TCH1516_ALE	1998278 =	NA (NA)					intergenic (‑6/+3329)	USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883	tRNA‑Val/tRNA‑Ala

AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATT  >  USA300TCH1516_ALE/512480‑512760                                                                                                                                             |                                                                                                                                             gtcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaa                                                                                                                                              <  2:313337‑M1/1‑1 (MQ=255) gtcacacctgttcccatgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaa                                                                                                                                              <  2:39520‑M1/1‑1 (MQ=255)  gggCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTGATTTTTACTGTTGTTAAGCGGTTTGAAGGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAGAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTGCTAACGAAGATTAATTTTaa                                                                                                                                             >  2:268523/1‑141 (MQ=255)  gggCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaa                                                                                                                                             >  2:144637/1‑141 (MQ=255)  gggCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaa                                                                                                                                             >  2:68632/1‑141 (MQ=255)  gggCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTAGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaa                                                                                                                                             <  1:248723/141‑1 (MQ=255)  gggCGTTAAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTCGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTAGTTGAGGTAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGATAATTAATTTTaa                                                                                                                                             <  1:253525/141‑1 (MQ=255)     tgTTCAGTATAGTTGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaaa                                                                                                                                          <  2:287231/140‑1 (MQ=255)     cGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTaaaaa                                                                                                                                          >  2:250964/1‑141 (MQ=255)           gTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACACATTGACTTGAGAACTAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAtt                                                                                                                                    >  1:169082/1‑141 (MQ=255)             cccatgccgaacacagaagttaagctcctgagcgtcgattgtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGa                                                                                                                                  >  2:160273‑M1/129‑141 (MQ=255)                 tgccgaacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagctaaAAAAAGTTATTGACTTa                                                                                                                              <  2:186894‑M1/17‑1 (MQ=255)                      aacacagaagttaagctccttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGt                                                                                                                         >  1:77006‑M1/120‑141 (MQ=255)                         ggTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGACTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtaa                                                                                                                      <  2:172235/141‑1 (MQ=255)                            gaagttaagctacttagcgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTtgataa                                                                                                                   >  2:8087‑M1/114‑141 (MQ=255)                                tttttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATg                                                                                                               >  1:215683/1‑141 (MQ=255)                                  aagctacctagcgtagacggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgcccggcaggtttttaatcaaattttggataaactataaaatggacaagataaAGAAAGTTATTGACTTAAATGGTGAGAAAATGta                                                                                                             <  2:115188‑M1/34‑1 (MQ=255)                                         ttgttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAtaattaa                                                                                                      >  1:62915/1‑141 (MQ=255)                                           gttAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATaattaatt                                                                                                    <  1:32220/141‑1 (MQ=255)                                             cgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaccgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                                  <  1:131149‑M1/45‑1 (MQ=255)                                             cgtcgatggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCt                                                                                                  <  1:131128‑M1/45‑1 (MQ=255)                                                  aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCg                                                                                             >  2:289278/1‑141 (MQ=255)                                                    ggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                                           <  2:280698‑M1/52‑1 (MQ=255)                                                    ggtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGt                                                                                           <  1:37706‑M1/52‑1 (MQ=255)                                                     gtagtcgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattctggttcaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCCGTa                                                                                          <  2:240242‑M1/53‑1 (MQ=255)                                                          cgaacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttgggtaaaaaataaaatgggcaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTaaaaaa                                                                                     <  2:302521‑M1/58‑1 (MQ=255)                                                            aacttacgttccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaaa                                                                                   <  1:261347‑M1/60‑1 (MQ=255)                                                                     tccggtagattagaaagttgccaggcagttttttaatcaaattttgtgtagagaataaaactgaaatgataaCAATAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg                                                                          >  2:96953‑M1/73‑141 (MQ=255)                                                                     tccgctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTg                                                                          >  1:40892‑M1/73‑141 (MQ=255)                                                                         ctagagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaaa                                                                      >  2:325535‑M1/69‑141 (MQ=255)                                                                            gagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg                                                                   <  1:28607‑M1/76‑1 (MQ=255)                                                                            gagtagaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTg                                                                   <  2:243749‑M1/76‑1 (MQ=255)                                                                              gttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGaa                                                                 >  1:125433/1‑141 (MQ=255)                                                                               ttgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAAt                                                                >  2:102394/1‑141 (MQ=255)                                                                                tgAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATg                                                               >  1:220743/1‑141 (MQ=255)                                                                                agaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAata                                                               <  1:174528‑M1/80‑2 (MQ=255)                                                                                 gaacgttgccaggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa                                                              <  1:331548‑M1/81‑1 (MQ=255)                                                                                 gAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATACAATGTATAATTAATTATTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGa                                                              >  1:283853/1‑141 (MQ=255)                                                                                 gAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTAAAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAAATTGAAAACTGAATGa                                                              >  2:280898/1‑141 (MQ=255)                                                                                          caggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGGCTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAACCTGAACATTGAAAACTGAATGACAATCTGTc                                                     <  1:285687‑M1/90‑1 (MQ=255)                                                                                          caggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTc                                                     <  2:37124‑M1/90‑1 (MQ=255)                                                                                          caggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTAATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTc                                                     <  1:61660‑M1/90‑1 (MQ=255)                                                                                            ggcagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCaa                                                   >  1:220535‑M1/50‑141 (MQ=255)                                                                                              cagttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATATCAaca                                                 <  1:145377‑M1/94‑2 (MQ=255)                                                                                              cagtttttaaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAATTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACg                                                 >  2:107182‑M1/48‑141 (MQ=255)                                                                                               aactcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGt                                                <  2:62915/141‑1 (MQ=255)                                                                                                gttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGtt                                               >  1:321405‑M1/46‑141 (MQ=255)                                                                                                actcaactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGtt                                               >  1:77739/1‑141 (MQ=255)                                                                                                   ttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                                            >  2:131128‑M1/43‑141 (MQ=255)                                                                                                   ttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTAAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATAtgccaacttaaaa                                            >  2:131149‑M1/43‑135 (MQ=255)                                                                                                   caactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAAAGTTAAt                                            >  2:242337/1‑141 (MQ=255)                                                                                                    tttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGttaact                                           >  2:291200‑M1/42‑139 (MQ=255)                                                                                                    aactTAAGAAATACCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                           <  2:258311/141‑1 (MQ=255)                                                                                                    aactTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                                           <  2:352849/141‑1 (MQ=255)                                                                                                       aattatattgtggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCa                                        >  1:115188‑M1/39‑141 (MQ=255)                                                                                                         aaGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTAAACGTTAATTCCaaa                                      >  2:84644/1‑141 (MQ=255)                                                                                                          caaattttggttaaaaaataaaatggacaagaaaaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa                                     >  2:86336‑M1/36‑141 (MQ=255)                                                                                                           gAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATGGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaa                                    >  2:269370/1‑141 (MQ=255)                                                                                                           gAAATAACTTGAAATACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTAGTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaa                                    <  1:250964/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                  ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                             >  2:167874‑M1/28‑141 (MQ=255)                                                                                                                  ggttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                             >  2:231111‑M1/28‑141 (MQ=255)                                                                                                                   gttaaaaaataaaatggacaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACt                            <  1:288468‑M1/115‑1 (MQ=255)                                                                                                                      aaTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtata                         <  1:68632/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                      aaTTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACtata                         <  1:144637/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                          aCTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGtt                     >  2:352644/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                          aCTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCAAAAAAACGTAACTATAAGtt                     >  2:299148/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                              aCGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATACGTTACaa                 >  2:52239/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                                    acaagataaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACatta           >  1:39520‑M1/10‑141 (MQ=255)                                                                                                                                       aattTTAAAAAATTATTGCATACCATTTAAAGAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt        <  2:177132/141‑1 (MQ=18)                                                                                                                                        attTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTTTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAATATAAGTTACACACgttattaa       >  1:287617/1‑139 (MQ=255)                                                                                                                                           aaAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTTAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTa    >  2:246135‑M1/3‑141 (MQ=255)                                                                                                                                             aaaaaGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTAtt  <  1:186894/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                                             |                                                                                                                                             AGGGCGTTCAGTACAGATGACAAAGGTGTAATTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATT  >  USA300TCH1516_ALE/512480‑512760

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.