Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA USA300TCH1516_ALE 2,337,959 C→T 100% intergenic (‑125/‑283) adhR ← / → USA300HOU_RS11940 HTH‑type transcriptional regulator AdhR/Hyaluronate lyase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE2,337,9590CT100.0% 101.8 / ‑6.5 31intergenic (‑125/‑283)adhR/USA300HOU_RS11940HTH‑type transcriptional regulator AdhR/Hyaluronate lyase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/1);  new base T (23/7);  total (23/8)
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff.
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

TGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATT  >  USA300TCH1516_ALE/2337835‑2338089
                                                                                                                            |                                                                                                                                  
tGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCCTCTTCGTTTGAATGCTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTTATTGTTTTTaa                                                                                                                    >  2:351760/1‑141 (MQ=255)
      tATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTACTGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTaaagtaat                                                                                                              <  2:200333/141‑7 (MQ=255)
          cTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTaaa                                                                                                          >  1:325258/1‑141 (MQ=255)
                 ttATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATCTATTGTAATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTGGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAAttttt                                                                                                   >  1:159019/1‑138 (MQ=255)
                 ttATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGta                                                                                                   >  2:56426/1‑141 (MQ=255)
                      tttGGTCTGCTAAAGTAGTGTTGCTTTATATATTGTCATCTTTGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCACATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACCTTAAAAATTGTATAACt                                                                                              <  1:18079/141‑1 (MQ=255)
                       ttGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACtt                                                                                             >  2:137869/1‑141 (MQ=255)
                           tcgtcTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAat                                                                                         >  1:87472/1‑141 (MQ=255)
                                                       tGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGAttt                                                             >  2:150870/1‑140 (MQ=255)
                                                             cTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGataatt                                                       >  1:115719/1‑140 (MQ=255)
                                                                 gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTGAGATTGTTAATATTTa                                                   >  2:255234/1‑141 (MQ=255)
                                                                 gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTa                                                   >  1:143924/1‑141 (MQ=255)
                                                                 gTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAAATTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTa                                                   >  2:158204/1‑141 (MQ=255)
                                                                  tttGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACCTTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATTACTTAAATATTTAAAATAATATACTCACTGAGATTGATAATATTTat                                                  >  2:179778/1‑140 (MQ=255)
                                                                      aaTACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGCTAATGTTTAAtttt                                              >  1:150550/1‑141 (MQ=255)
                                                                        tACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAAtttttt                                            <  1:208065/141‑1 (MQ=255)
                                                                         tcttcttATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTATAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTg                                           <  1:333966/140‑1 (MQ=255)
                                                                          cttcttATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGa                                          <  1:331500/141‑1 (MQ=255)
                                                                             cgtatgttattACGCACATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACGTTTTATCTTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGaaaa                                       <  1:32988/139‑1 (MQ=255)
                                                                                        aCTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAATTATTTAAAATTATATAATCACTCAGATTGATAATATTTAATTTTTTGCAAATTATATTatta                            >  2:234699/1‑138 (MQ=255)
                                                                                               tttaaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAttt                     >  2:165814/1‑141 (MQ=255)
                                                                                               tttaaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAAttt                     >  2:284251/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                ttaaatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTTTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATCATATTTAATTTTTTGCAAATTAACTTAGTTGCAAtttt                    >  2:126486/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                   aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTgg                 >  1:305867/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                   aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTgg                 >  1:215423/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                   aatttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTgg                 >  1:185076/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                   aatttCTCTCTTTTTTAAACTTTTATATTTCGTCGTTTTTGATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAGATATTTAAAATGATATAGTCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTgg                 >  1:264033/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                      ttGTCTCTTTTTTAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTg              >  2:329283/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                             ttttttAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGa       >  1:245582/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                 ttAACATTTTATATTTCATCGTTTTTAATTGCTTTAAAAATTGTATAACTTAAACATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATGTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATTCGGAAAAt   <  2:264033/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                  tAACATTTTACATTCCATCGTCTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAAGATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAAtt  <  1:72405/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                            |                                                                                                                                  
TGCGACTATCCTTTCAGTTATGTTTGGTCGTCTAAAGTAATGTTGCTTTATATATTGTCATCTTCGTTTGAATACTTCTTATTTTATTACTCAAATTTAAATTTGTCTCTTTTTTAACATTTTACATTTCATCGTTTTTAATTACTTTAAAAATTGTATAACTTAAATATTTAAAATGATATAATCACTAAGATTGATAATATTTAATTTTTTGAAAATTATTTTAGTTGCAATTTTTGGGTGATGCGGAAAATT  >  USA300TCH1516_ALE/2337835‑2338089

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑