| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP000731 | 25,669 | (A)7→6 | coding (322/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000731 | 25,663 | 0 | A | . | 98.0% | 2248.9 / 30.5 | 498 | coding (316/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/10); new base . (273/208); total (278/220) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.65e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 531 total aligned reads displayed.
ATTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAATAAAT > CP000731/25523‑25803 | attgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATa < 1:804646/141‑1 (MQ=255) atGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaa > 2:1125980/1‑141 (MQ=255) ttgtttACACTTGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaatat < 1:504613/138‑4 (MQ=255) aTTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATAc > 1:1125685/1‑141 (MQ=255) ttACCCTAGTGCTTTAATTTCCAGGTTTGTCAACAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATCCTACCAAT‑AAAAAATATACAt < 1:700338/141‑1 (MQ=255) ttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACAt > 2:670391/1‑141 (MQ=255) ttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGCCACCAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACAt < 2:705486/141‑1 (MQ=255) tACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATc > 2:1205071/1‑141 (MQ=255) cacTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTATTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTa > 1:229352/1‑141 (MQ=255) acTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTaa < 1:1116025/141‑1 (MQ=255) acTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATATaa > 1:1076698/1‑141 (MQ=255) tAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAg > 1:737359/1‑141 (MQ=255) tgTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAgg < 1:48893/140‑1 (MQ=255) aGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAgg < 1:1025509/141‑1 (MQ=255) aGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAgg > 1:295356/1‑141 (MQ=255) aGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAgg < 1:248961/141‑1 (MQ=255) aGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAgg < 1:1228524/141‑1 (MQ=255) cTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTaa > 2:1225132/1‑141 (MQ=255) cTTAAATTTACAGGTTTGTCACAAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTAAATATCCAGAGATTTTATTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAACT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTaa > 1:273794/1‑141 (MQ=255) ttAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTaaa < 1:1344012/141‑1 (MQ=255) tAAATTTACAGGTTTGTCACCAGGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAAt > 2:539226/1‑141 (MQ=255) aaTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTa > 2:208200/1‑141 (MQ=255) aaTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTa > 2:787262/1‑141 (MQ=255) aTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTaa < 1:140337/141‑1 (MQ=255) tACAGGTGTCTCATCAAGGTTTGAAGGAT‑CTTTGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGa < 2:377435/141‑1 (MQ=255) cAGGTTTGTCACCAAGTATTGCGGGGTACCTGG‑TTTATCAATTTCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATAAATCTAAAGGTTAAATTAATGaaa > 1:326468/1‑141 (MQ=255) cAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACCAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaa > 2:168740/1‑141 (MQ=255) gTTTTTCACCAAGTATTGAAGTAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAAt < 1:78921/141‑1 (MQ=255) gTTTGTCACCAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAAt < 2:738315/141‑1 (MQ=255) gTTTGTCACCAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAAt < 1:766194/141‑1 (MQ=255) tttGTCACCAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATa > 2:963090/1‑141 (MQ=255) ttGTCACCAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCAAGAAATATTCTGTAGTATTGTACCATTAATTCTTATGCTGTTTAATTAGTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATaa > 2:562083/1‑140 (MQ=255) tggTCAACAAGTATTGACGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAATTTTGCTTTATGATTGTAGCACTATGTGTTATGCTGTTTAGTTAATATGCTACAAAT‑GAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAAAGAAAAATAg > 2:401932/3‑141 (MQ=255) tCACCAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATAATGGGCAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAt > 1:996652/1‑141 (MQ=255) cACTAAGTATTGTAGGAT‑CTTGGTTTGCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAATGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAtt < 2:895562/141‑1 (MQ=255) cACCAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGATGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAAAAGAAtt > 2:1018194/1‑141 (MQ=255) gTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGaa < 2:1052893/141‑1 (MQ=255) ttGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAatat > 1:197765/1‑141 (MQ=255) gAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAg < 1:904446/141‑1 (MQ=255) gAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAg > 1:1152031/1‑141 (MQ=255) gAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTGATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGCTAAATTAATGAAAAATAGACTTAGAGAATATAg > 2:761492/1‑141 (MQ=255) aacgAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCACAAACTACCTTTAAAATCGTAGCACCATTTCCAATGAAGTTTAATAACTATACTACAAAT‑AAAATATATACATGTACTAGTTAAATCAATGAAAAAAACAATTAGAAAAGATAGa > 2:505241/4‑141 (MQ=255) aGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTAAAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGaa < 2:1076136/141‑1 (MQ=255) atacTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAAAGAATATAGaaaa > 2:1329377/4‑141 (MQ=255) atacTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAAGAAACAAAAGAATTAGAAAATATAGaaaa > 2:340913/4‑141 (MQ=255) aT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAAc < 1:446868/141‑1 (MQ=255) ttGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGCATATAGAAAACaaa > 2:1300702/1‑141 (MQ=255) ggTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaaa < 1:844423/141‑1 (MQ=255) tttttATCTATATCCAGTAATTTTCGTAATAATCTTTGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGTAAAATAGAATTAGAGAATATAGAATACaaaaat < 2:281335/140‑2 (MQ=255) tttCTCAATATCCAAAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCCTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGa < 2:1168829/141‑1 (MQ=255) cAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtc < 1:82180/141‑1 (MQ=255) cAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtc < 1:1105979/141‑1 (MQ=255) atatCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtctc < 1:151294/141‑1 (MQ=255) tataCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCa < 1:208860/141‑1 (MQ=255) tatCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCa < 1:475446/141‑1 (MQ=255) tatCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCa > 2:824623/1‑141 (MQ=255) atCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCaa > 1:973143/1‑141 (MQ=255) gAAATTTTCTTTATAATTGTAGTACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAAc < 1:946319/141‑1 (MQ=255) aaTTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCGTATGCTGTTTAATTACTACACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACtt < 1:92495/141‑1 (MQ=255) ttttCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATGGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTa > 1:33425/1‑141 (MQ=255) ttttCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTa > 1:347523/1‑141 (MQ=255) tttCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCAAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTaa < 1:63205/141‑1 (MQ=255) tCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGt > 2:138025/1‑141 (MQ=255) cTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTa > 1:1302429/1‑141 (MQ=255) cTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTa > 1:863651/1‑141 (MQ=255) cTTTATAATTGTAGCACTATTTCTAATGCTGATTAAGTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTa > 1:1221843/1‑141 (MQ=255) tttATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTaa < 1:1051567/141‑1 (MQ=255) ttATAATTGTAGCACTATTTCTTATGTTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGATAAATACAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTGCTCAAGAAACTTTAAGTaaa < 1:833216/141‑1 (MQ=255) ttATAATTGCAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATATAAAGGTTAATTTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTaaa < 1:603641/141‑1 (MQ=255) tataATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCATGAAACTTTAAGTAAAg < 1:677628/141‑1 (MQ=255) ataATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGa > 1:661188/1‑141 (MQ=255) ataATTGTAGCACTATTTCTTATGATGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGa < 1:96813/141‑1 (MQ=255) ataATTGTAGAACTATTTCTTATGCTGTTTAAATACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGa < 1:454186/141‑1 (MQ=255) ataAATGTAGCACTAATAAAAATGAAGTTTAATTACAAAACTACAAA‑AAAAAAATATCCATCTAAAAGTTAAAATAATGAAACATAGAATTAGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGa < 2:308968/141‑1 (MQ=255) aaTTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTAC‑AATTAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAAAAt > 2:726301/1‑141 (MQ=255) aTTGTAACACTATATCTTAGGCTGTTAAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAtt < 2:863492/141‑1 (MQ=255) aGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAg < 1:406476/141‑1 (MQ=255) aGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAg > 2:486467/1‑141 (MQ=255) cACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAgtg < 1:1254644/141‑1 (MQ=255) cACTATTTCTTATGATGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAgtg < 1:1201319/141‑1 (MQ=255) aCTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAgtgt > 2:1113712/1‑141 (MQ=255) cTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCACAAGAAACTTTAAGTAAAAAATAAAAAGAGTc > 2:647482/1‑141 (MQ=255) cTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAAATAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTc < 2:1362096/141‑1 (MQ=255) cTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATAAAAAGTTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTc < 1:644824/141‑1 (MQ=255) tttCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAg > 2:628634/1‑141 (MQ=255) tttCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAg > 2:984464/1‑141 (MQ=255) ttCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAgg < 1:1174335/141‑1 (MQ=255) cTTATGCTGCATAATTACTATACTGCAAAT‑AAAAAATATACATCTACCGCATTGATAAGGGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTGCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCa > 1:1001292/1‑141 (MQ=255) tATGCTGTTTAATTACTAAACTACAAAT‑AAAAAATATACAGCTAAAGGGTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATAAAAAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCaaa < 2:455613/141‑1 (MQ=255) cTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTAt > 2:923011/1‑141 (MQ=255) tGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTAtt > 2:444450/1‑141 (MQ=255) gTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTa > 2:612857/1‑141 (MQ=255) ttAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAAt < 2:229352/141‑1 (MQ=255) aTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCa > 2:24697/1‑141 (MQ=255) ttACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCaa > 2:809382/1‑141 (MQ=255) actatactaAAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATa < 1:362369/141‑1 (MQ=255) ctatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAg > 2:355944/1‑141 (MQ=255) atactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGaa > 1:527117/1‑141 (MQ=255) cAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAATTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACaaa > 2:1034047/1‑140 (MQ=255) cAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACaat < 1:543029/141‑1 (MQ=255) | ATTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGAT‑CTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAGCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAATAAAT > CP000731/25523‑25803 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |