| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,679,265 | 0 | A | T | 20.0% | 298.5 / 25.4 | 140 | intergenic (+137/‑252) | USA300HOU_RS13790/ssaA2_4 | hypothetical protein/Staphylococcal secretory antigen ssaA2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (52/60); new base T (28/0); total (80/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.40e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
ATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATAT > USA300TCH1516_ALE/2679125‑2679404 | aTGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTTCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTaaa < 2:1142879/141‑1 (MQ=255)aTGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTaaa < 1:1231318/141‑1 (MQ=255)aTGATACATGAATACATCGCGCCACATCATCTCATTTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACCTTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTaaa < 1:1142034/141‑1 (MQ=255) aTACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTatat > 1:118036/1‑141 (MQ=255) cATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATAtttt > 2:40255/1‑141 (MQ=255) ggAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAATTCATTTTTTATTTTccc > 2:137159/1‑141 (MQ=255) ggAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTccc > 1:742307/1‑141 (MQ=255) gggtacaTCATCTCATTTTAGCGCGCTTATTTGAGGGCCCTATTTTTTTTGTTATTGCTACATTTAGTATTTTTTGATTTCTATTTTCTTTTAGTTATAGTACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCTAc < 2:17143/137‑1 (MQ=255) attCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTATTGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCAc < 2:1032045/139‑1 (MQ=255) cacaTCCTCTCATGTTAGCGCTCTTATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTaa < 1:1091865/141‑1 (MQ=255) catcatCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTGATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAata < 1:907134/141‑1 (MQ=255) catcatCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATATTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGGTAAAGAACCAAGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTACCACTaaga > 1:105493/1‑139 (MQ=255) atcatcTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGCTTGCTATTTTCCTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAatat > 2:146953/1‑141 (MQ=255) atcatcTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATTTTTTCCCACTAatat > 1:45586/1‑141 (MQ=255) atcatcTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAatat > 2:207908/1‑141 (MQ=255) atcatcTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAatat > 1:86948/1‑141 (MQ=255) tcatcTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTTTTTTATTTTATATTTTCCAACCAATATc > 2:478330/1‑141 (MQ=255) tcatcTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATTTTTTCCCACTAATATc > 1:671880/1‑141 (MQ=255) catcTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATcc > 1:595805/1‑141 (MQ=255) catcTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATcc > 2:764193/1‑141 (MQ=255) taccgcTCTGATTGCCTGCCGCTCTTTTAAAGGTTATGGCTCCATTTATTATATTGTGATTGATATTTTCTTTGAGTTATAGATCTATGTTCTTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTaatc < 1:547267/138‑1 (MQ=255) 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2:742307/141‑1 (MQ=255) aCCATTTACCTTTTTTTTAAATCATTCTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTttatt < 2:541900/141‑1 (MQ=255) aCCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAGTCCATTTttagt > 1:103032/1‑139 (MQ=255) cATGTACCTTTTTTTTTTTTTTTTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCATTCCTGACATCCTTGTATCACTATGACCATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTTTTAAAAAATCCAttttttttta > 2:39797/1‑139 (MQ=255) cATGTACCTTTTTTTTAAATCTTTTTATATTTTCACACTAATATCCGTTGTTAATCAATCCTGGAATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTTTTTAATCCATGAATTTCTACATTTTATGAAAAATTCTATTTttattaa > 2:951997/1‑140 (MQ=255) ttACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAAt < 1:750404/140‑1 (MQ=255) 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1:198976/1‑141 (MQ=255) ttttttAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAacac < 1:1096099/141‑1 (MQ=255) ttttttAAATCATTTTATACTTTAATACAAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTTTTACAATTCAacac > 1:1361979/1‑141 (MQ=255) ttttATTTCTTTTTATAGTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATTCATGATTTTTTACATTTTATGAAAAAATCCTTTTTTATTTCAATTTAACACtt > 2:1260353/1‑141 (MQ=255) aaaTCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTtata < 1:311049/141‑1 (MQ=255) aaTCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATAACTGTGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTGATGAAAAAATCCATTTTTGTTACAATTCAACACTTTatat > 1:380826/1‑141 (MQ=255) | ATGATACATGAATACATGGAGTCACATCATCTCATGTTAGCGCTCTGATTGCAGGGCGCTATTTTTAATGTTATTGCTACATTTAGTATATTGTGATTGCTATTTTCTTTCAGTTATAGAACCATGTACCTTTTTTTTAAATCATTTTATATTTTCCCACTAATATCCGCTGTTAATCAATCCTGACATCCTTGTATCACTATGACAATTAATTGTTAAATACATGAATTTCTACATTTTATGAAAAAATCCATTTTTATTACAATTCAACACTTTATAT > USA300TCH1516_ALE/2679125‑2679404 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |