| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,231,720 | G→C | R122T (AGA→ACA) | stp → | Serine/threonine phosphatase stp |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,231,720 | 0 | G | C | 99.0% | 345.4 / NA | 101 | R122T (AGA→ACA) | stp | Serine/threonine phosphatase stp |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (39/61); total (40/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
AATATAAAAGATATAAATTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTAATATTATTACGAAGG > USA300TCH1516_ALE/1231587‑1231854 | aataTAAAAGATATAAATTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTAt > 1:494251/1‑141 (MQ=255) atatAAAAGATATAAATTTTCAGTTATATCAATATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATg < 2:1093554/141‑1 (MQ=255) taAAAGATATAAATTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGtta < 2:1278257/141‑1 (MQ=255) taAAAGATATAAATTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGtta < 1:898391/141‑1 (MQ=255) aaaaaGATATAAATTTTCAGCTATAAGACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGtta < 2:1347957/140‑1 (MQ=255) aaaGATATAAATTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGttatt > 1:129725/1‑141 (MQ=255) aaaGATATAAATTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGttatt < 1:284821/141‑1 (MQ=255) aaaGATATAAATTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGttatt > 1:212450/1‑141 (MQ=255) aaaTTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCg > 2:1038002/1‑141 (MQ=255) aaaTTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCg > 2:1231909/1‑141 (MQ=255) aaTTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGa < 1:1186940/141‑1 (MQ=255) aaTTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGa < 1:1291427/141‑1 (MQ=255) aaTTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGa < 1:275946/141‑1 (MQ=255) aaTTGTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGa < 1:604486/141‑1 (MQ=255) aTTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGAc < 1:820320/141‑1 (MQ=255) ttCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAGAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCGACAGCCTATGTTATTAATAGTAGACaaa > 2:706673/1‑141 (MQ=255) ttCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACaaa > 2:1096503/1‑141 (MQ=255) tCAGTTATATCACTAGGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAAt < 1:1235510/141‑1 (MQ=255) aGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATCGTAGACAAATTg > 1:1290385/1‑141 (MQ=255) aGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTg > 1:126709/1‑141 (MQ=255) aGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATATTATTAATCGTCGAGAAAttt > 1:92577/1‑140 (MQ=255) tatCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCAACAAATTGacaaa > 2:53775/1‑137 (MQ=255) tATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACt > 1:417760/1‑141 (MQ=255) caAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTACTGAt > 2:135221/1‑141 (MQ=255) ataacaTGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCa < 2:578487/136‑1 (MQ=255) aGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCa < 2:543269/141‑1 (MQ=255) aGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCa > 1:1176527/1‑141 (MQ=255) aGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCa < 1:158217/141‑1 (MQ=255) aGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCa < 1:52927/141‑1 (MQ=255) aGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCa < 2:1212159/141‑1 (MQ=255) aGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGGGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCa > 1:448630/1‑141 (MQ=255) gAAACTGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTTTTTGTGCAAAAAAAAAAAAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCAc < 2:1375789/141‑1 (MQ=255) gAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACAGTTGTTTGTGGACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCAc < 2:476118/141‑1 (MQ=255) gAAAAGGCAGAATATCAATGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCATATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCAc < 2:824261/141‑1 (MQ=255) aaaaaTGCAGAATATAAAGGTATGGTTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCAc < 1:424274/140‑1 (MQ=255) aaaaTGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACt < 1:954278/141‑1 (MQ=255) aaaaTGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACt < 2:1071366/141‑1 (MQ=255) cAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTg < 1:544333/141‑1 (MQ=255) atatAAAGGTATGGGAAAAACCTATGTGGGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTaa > 1:328333/1‑141 (MQ=255) ataAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTCGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAatc > 1:1083215/1‑141 (MQ=255) tagggTATTGGTTCAACATGTTTTTTTGCACTTTTGTTTGCCAACTCATTTGGTACAGCCACTTTCGGTGATTCTACACCCTCTGTTATTACTAGTCGACAAATTTAACAAATTACTAGTGCTCACTCATTTGTTAatcat < 1:739684/138‑1 (MQ=255) aaaGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAatcat < 1:739690/141‑1 (MQ=255) aGGTATGGGTACAACATGGGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCt < 2:555282/141‑1 (MQ=255) tGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAACTTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGttt > 1:518108/1‑141 (MQ=255) tGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGCTCACTCATTTGTTAGTCATCTTGttt > 2:1310004/1‑141 (MQ=255) tGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCCCTCATTTGTTAATCATCTTGttt > 2:671316/1‑141 (MQ=255) tGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATGTTGttt > 1:1240687/1‑141 (MQ=255) tGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGttt > 1:1190372/1‑141 (MQ=255) tGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGttt > 2:1284580/1‑141 (MQ=255) tGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGttt > 1:518167/1‑141 (MQ=255) ggTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTa < 1:806971/141‑1 (MQ=255) gTACAACATGAGTATGTGCACGAGATGTTCAAAAACCAGTAGTGATAGCATATGTCGGTGATTCTAGAGCCTAGGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATAACTAGTAATTACTCATTTATAAATCATCTTGTTTTat > 2:169108/1‑140 (MQ=255) caacaTGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACgg > 1:501260/1‑141 (MQ=255) caacaTGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACgg > 1:981247/1‑141 (MQ=255) caacaTGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAAGTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTACCgg > 1:625007/1‑141 (MQ=255) acaTGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAGATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTAATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGt > 1:883005/1‑141 (MQ=255) acaTGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGt > 1:1202777/1‑141 (MQ=255) gtgtTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTCGTTTTAACGGGTCaaa < 1:759745/141‑1 (MQ=255) ttGTGTACTTGTTTTTGAAAAATCAGGTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACGCATTTGTTAAGCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTAc < 2:564088/141‑1 (MQ=255) ttGTGCATTTGGTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGTGGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTAc < 2:1221866/141‑1 (MQ=255) ttGTGCACTTGTTTTTGAAAAGTCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGAATCCACAGCCTATGTTATTAACAGTCGATAAATTGAAGAAATTACTAGTGATCCCTCATTTGTGAATCATCTTGTGTTAACGGGTCAAATTAc < 2:481045/141‑1 (MQ=255) ttGTGCACTTGTTTTTGAAAAATGAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTAc < 2:563762/141‑1 (MQ=255) cACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCgg < 2:212450/141‑1 (MQ=255) cACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCgg < 2:129725/141‑1 (MQ=255) aCTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGCGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGga < 2:300294/141‑1 (MQ=255) cTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGgaa < 1:478499/141‑1 (MQ=255) cTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGgaa < 1:780752/141‑1 (MQ=255) cTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGgaa < 2:343114/141‑1 (MQ=255) cTTGTTTTTGAAAAAGCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGgaa < 1:40825/141‑1 (MQ=255) cTTGTTTTTGAAAAAACAGTCGGGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGgaa < 1:79448/141‑1 (MQ=255) cTTGTTTTGGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTGGGTGATTCTACAGCCTATGTTATGAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGgaa < 1:171569/141‑1 (MQ=255) tGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGgaaga < 1:1242112/141‑1 (MQ=255) ggttttGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTAGACAAATTGACCAAATTACTAGTGATCACCCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGgaagaa < 2:1253540/139‑1 (MQ=255) gcttgtGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTACTAATATTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTGATTTGGTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAATTTACGCCGgaagaa < 2:31644/136‑1 (MQ=255) gTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGgaagaa < 2:127579/141‑1 (MQ=255) tGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCAtt < 1:757940/141‑1 (MQ=255) gAAAAAGCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGAGCACTCATTTGTTAGTCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCAttt < 1:654199/141‑1 (MQ=255) agtaGTTGGGATATGAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGGCAGATTACGCCGGAAGAAGCATTTAcaca < 2:461493/138‑1 (MQ=255) aTCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTAcaca < 2:1110279/141‑1 (MQ=255) tctgTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACAt < 1:1180494/138‑1 (MQ=255) tCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACAt > 2:360783/1‑141 (MQ=255) tgtgATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAACTTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCcaca < 1:288909/141‑1 (MQ=255) tgtgATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCcaca < 1:1084413/141‑1 (MQ=255) tgtgATAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCcaca < 1:301191/141‑1 (MQ=255) aTAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCTACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGt < 1:1280303/141‑1 (MQ=255) aTAGCAAATGTCGGGTACTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGt < 1:570406/141‑1 (MQ=255) tAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAACTTGAGCTAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCGTCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACATCGTa < 1:932718/141‑1 (MQ=255) tAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTa < 1:220647/141‑1 (MQ=255) tAGCAAATGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTa < 1:1105135/141‑1 (MQ=255) tGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAGGCATTTACACATCCACAACGTAAtattat > 1:1168015/1‑141 (MQ=255) tGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTAAtattat > 1:539216/1‑141 (MQ=255) tGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTAAtattat > 1:214019/1‑141 (MQ=255) tGTCGGTGATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCAGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTAAtattat > 1:484371/1‑141 (MQ=255) gATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACCCATCCACAACGTACAATTATTACGAAg > 2:187780/1‑141 (MQ=255) gATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTAATATTATTACGAAg > 1:543002/1‑141 (MQ=255) gATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTAATATTATTACGAAg > 1:735148/1‑141 (MQ=255) gATTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTAATATTATTACGAAg > 1:1276963/1‑141 (MQ=255) gATTCTACAGCCTATGTTATAAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAAAGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATTCACAACGTAATATTATTACGAAg > 1:862896/1‑141 (MQ=255) tttCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTAATATTATTACGAAgg < 2:4327/140‑1 (MQ=255) aTTCTACAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTAATATTATTACGAAgg < 1:733988/141‑1 (MQ=255) | AATATAAAAGATATAAATTTTCAGTTATATCACTATGCACAAGAAAATGCAGAATATAAAGGTATGGGTACAACATGTGTTTGTGCACTTGTTTTTGAAAAATCAGTTGTGATAGCAAATGTCGGTGATTCTAGAGCCTATGTTATTAATAGTCGACAAATTGAACAAATTACTAGTGATCACTCATTTGTTAATCATCTTGTTTTAACGGGTCAAATTACGCCGGAAGAAGCATTTACACATCCACAACGTAATATTATTACGAAGG > USA300TCH1516_ALE/1231587‑1231854 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |