| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 973,213 | C→A | E175* (GAG→TAG) | yitU_1 ← | 5‑amino‑6‑(5‑phospho‑D‑ribitylamino)uracil phosphatase YitU |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 973,213 | 0 | C | A | 98.8% | 251.9 / NA | 81 | E175* (GAG→TAG) | yitU_1 | 5‑amino‑6‑(5‑phospho‑D‑ribitylamino)uracil phosphatase YitU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (47/32); minor base G (0/1); total (47/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATCTTCATCACCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTCAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTGGATTACCCA > USA300TCH1516_ALE/973076‑973350 | aTCTTCATCACCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTAGATTGCGGTGCACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCAATGCTAAat > 1:315777/1‑141 (MQ=255) tcgcatcaGCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTGGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAatat < 2:677582/138‑1 (MQ=255) tcatcaCCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGa < 1:1255420/141‑1 (MQ=255) catcaCCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGaa > 2:1040847/1‑140 (MQ=255) catcaCCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGAt > 2:980165/1‑141 (MQ=255) catcaCCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGAt > 1:865162/1‑141 (MQ=255) catcaCCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGAt > 1:483488/1‑141 (MQ=255) tcaCCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCg < 1:1224482/141‑1 (MQ=255) cgccGAATGCAATAATGGTTGTGTGGTCGATACTCAAAAATTGTCTAAGCTGCTCGATGCCTCTTGCTTTATTACTACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTTGATGCTAAATATGATCgg < 2:248335/139‑1 (MQ=255) cccGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGc < 1:57277/140‑1 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tttACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTc > 1:768443/1‑141 (MQ=255) ttACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCa > 2:877901/1‑141 (MQ=255) ttACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCa > 1:1150879/1‑141 (MQ=255) cAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACaa < 1:132837/141‑1 (MQ=255) cAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACaa < 1:581681/141‑1 (MQ=255) cAATGAAAAGGAATGGTTCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGAACAGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACaa < 2:1016547/141‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |