Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	USA300TCH1516_ALE	1698283	1698391	109	3 [1]	[1] 2	USA300HOU_RS08460	hypothetical protein

ATACATTTTGCTCTAAACTTCTATTAATAATTTGGTTAACATCCTGCTTATTAATTGTTGGTCTATCGCCTAAAAATAAAATCAACTTTTCTATCTCTTGTGAGACAATATTAAAGTTAATACCTGTCAACTCAATAAATAAATCTAATGCATCTCTTTTGATA  >  USA300TCH1516_ALE/1698142‑1698305                                                                                                                                             |                        aTACATTTTGCTCTAAACTTCTATTAATAATTTGGTTAACATCCTGCTTATTAATTGTTGGTCTATCGCCTAAAAATAAAATCAACTTTTCTATCTCTTGTGAGACAATATTAAAGTTAATACCTGTCAACTCaataaata                         >  2:35210/1‑141 (MQ=255) aTACATTTTGCTCTAAACTTCTATTAATAATTTGGTTAACATCCTGCTTATTAATTGTTGGTCTATCGCCTAAAAATAAAATCAACTTTTCTATCTCTTGTGAGACAATATTAAAGTTAATACCTGTCAACTCaataaata                         >  2:5656/1‑141 (MQ=255)                        ttAATAATTTGGTTAACATCCTGCTTATTAATTGTTGGTCTATCGCCTAAAAATAAAATCAACTTTTCTATCTCTTGTGAGACAATATTAAAGTTAATACCTGTCAACTCAATAAATAAATCTAATGCATCTCTTTTGata  <  2:32592/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                                             |                        ATACATTTTGCTCTAAACTTCTATTAATAATTTGGTTAACATCCTGCTTATTAATTGTTGGTCTATCGCCTAAAAATAAAATCAACTTTTCTATCTCTTGTGAGACAATATTAAAGTTAATACCTGTCAACTCAATAAATAAATCTAATGCATCTCTTTTGATA  >  USA300TCH1516_ALE/1698142‑1698305

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑