New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1443583 | 98 (0.700) | 5 (0.040) | 3/248 | NT | 6.6% | intergenic (‑156/+197) | USA300TCH1516_01342/brnQ_3 | hypothetical protein/Branched‑chain amino acid transport system 2 carrier protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 2317554 = | 48 (0.360) | intergenic (+207/‑249) | iucC_3/USA300TCH1516_02193 | Aerobactin synthase/hypothetical protein |
ATGAGAGAATAATACATTTTCCATATTCAAATTATTAAAAATCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGAC > USA300TCH1516_ALE/2317414‑2317692 | aTGAGAGAATAATACATTTTCCATATTCAAATTATTAAAAATCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACt < 2:786298/141‑1 (MQ=255) tagtttagtagtatttattaaattatacgaagggatccaacacagaaaatttattttattgaattttacatttatgtgcaagttgggcaaagtgtcttatttttttaaagtatttcaaagtaaaattacacgttaatacta < 1:541518‑M2/2‑2 (MQ=255) tGAGAGAATAATACATTTTCCATATTCAAATTATTAAAAATCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACtt < 3:138322/141‑1 (MQ=255) tGAGAGAATAATACATTTTCCATATTCAAATTATTAAAAATCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTAGACAATACtt < 1:1050027/141‑1 (MQ=255) ttttagtagtatttattaaattatacgaagggatccaacacagaaattttattttattgaattttacatttatgtgcaagttgggaaaagtgtcttatttttttaaagtatttcaaagtaaaattacacgttaatactacg < 4:196863‑M2/4‑4 (MQ=255) gagaATAATACATTTTCCATATTCAAATTATTAAAAATCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGt > 1:531356/1‑141 (MQ=255) gagaATAAGGCAGTGTGCAGAGTCAAATTATTAAAAATCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTCCTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGt < 2:1072207/141‑1 (MQ=17) aagaATAATACATTTTCCATATTCAAATTATTAAAAATCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGt < 2:381664/140‑1 (MQ=255) gaATAATACATTTTCCATATTCAAATTATTAAAAATCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTAt < 1:745677/141‑1 (MQ=255) gtagtatttattaaattatacgaagggatccaacacagaaaatttattttattgaattttacatttatgtgcaagttgggcaaagtgtcttatttttttaaagtatttcaaagtaaaattacacgttaatacTACGTatta > 2:366067‑M2/133‑140 (MQ=255) ataataCATTTTCCATATTCAAATTATTAAAAATGACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACTATACTTCGTATTg < 2:523918/141‑1 (MQ=255) ataataCATTTTCCATATTCAAATTATTAAAAATCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTg < 2:926911/141‑1 (MQ=255) aataCATTTTCCATATTCAAATTATTAAAAATCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGaa < 4:244275/141‑1 (MQ=255) cATTTTCCATATTCAAATTATTAAAAATCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGc > 3:205579/1‑141 (MQ=255) cATTTTCCATATTCAAATTATTAAAAATCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGc < 3:29461/141‑1 (MQ=255) ttttCCATATTCAAATTATTAAAAATCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCtt > 2:1020304/1‑141 (MQ=255) tCCATATTCAAATTATTAAAAATCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGc < 1:434130/141‑1 (MQ=255) tCCATATTCAAATTATTAAAAATCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGc < 4:44851/141‑1 (MQ=255) ccATATTCAAATTATTAAAAATCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCt > 1:322279/1‑141 (MQ=255) cATATTCAAATTATTAAAAATCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGt > 2:875645/1‑124 (MQ=255) cATATTCAAATTATTAAAAATCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGt < 1:875645/124‑1 (MQ=255) cATATTCAAATTATTAAAAATCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCtt > 2:352783/1‑141 (MQ=255) aaaatTCAAATTATTAAAAATCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCtt > 2:393685/4‑141 (MQ=255) atTCAAATTATTAAAAATCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTcc < 2:964270/141‑1 (MQ=255) aaaTTATTAAAAATCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAgg < 2:317092/141‑1 (MQ=255) aaTTATTAAAAATCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAggg > 4:308431/1‑141 (MQ=255) ttattaAAAATCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTg > 2:615511/1‑141 (MQ=255) ttaAAAATCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCg > 4:304504/1‑141 (MQ=255) taAAAATCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGt < 2:1015793/141‑1 (MQ=255) aaaaaaTCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGt < 2:78778/140‑1 (MQ=255) aaaaaTCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGtc < 1:320454/141‑1 (MQ=255) aaaaTCACAAAAAACAGGCTGGGACATACATCCCTAAAAAAACAGCACTAAGATAATTCTCACTTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGATGCCGtct > 2:213737/1‑141 (MQ=14) aaaTCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGtctc > 3:227348/1‑141 (MQ=40) aaaTCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGtctc > 4:29185/1‑141 (MQ=40) tCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTc > 4:438112/1‑117 (MQ=40) tCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTc < 3:438112/117‑1 (MQ=40) acaAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCt > 3:254647/1‑141 (MQ=35) caAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTc < 1:278207/141‑1 (MQ=35) caAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTc > 4:268736/1‑141 (MQ=35) caAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTc < 4:319380/141‑1 (MQ=34) caAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTc > 1:562705/1‑141 (MQ=35) aaaaaaCAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCg > 1:756437/1‑141 (MQ=34) aaaaaCAGGCTGGGACATAAATCCCTAAGAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCgg < 4:460677/141‑1 (MQ=17) aaaaaCAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCgg < 3:276575/141‑1 (MQ=32) aaaaaCAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAAATAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCgg > 2:718321/1‑141 (MQ=18) aaaCAGGCTGAGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATAGCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGTCTCGGTc < 4:373628/141‑1 (MQ=12) aCAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCtt > 2:637693/1‑141 (MQ=32) cAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTc > 2:48386/1‑141 (MQ=32) ggCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGa > 4:14066/1‑141 (MQ=32) gCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGAc > 2:445713/1‑141 (MQ=31) gCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACGGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGAc > 2:944112/1‑141 (MQ=14) cTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACt > 1:389375/1‑141 (MQ=11) ttgggcaaagtgtcttatttttttaaagtatttcaaagtaaaattacatgttaatacGTAGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCAt < 2:1155817‑M2/84‑1 (MQ=255) caaagtgtcttatttttttaaagtatttcaaagtaaaattacatgttaatacTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAAta < 4:148831‑M2/89‑1 (MQ=255) tgtcttatttttttaaagtatttcaaagtaaaattacacgttaatacTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACg < 1:949216‑M2/94‑1 (MQ=255) tcttatttttttaaagtatttcaaagtaaaattacacgttaatacTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTTGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTa < 1:813451‑M2/96‑1 (MQ=255) tATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACtttt < 4:7673/141‑1 (MQ=11) tATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACtttt < 4:143901/141‑1 (MQ=11) tATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACtttt < 1:225699/141‑1 (MQ=11) aTTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTa > 1:459252/1‑141 (MQ=31) aTTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTa > 2:845619/1‑141 (MQ=31) aTTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTa > 3:84712/1‑141 (MQ=31) tttATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTaa < 2:178081/141‑1 (MQ=32) gcacatcAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTaa < 3:197340/135‑1 (MQ=17) aCAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAAt > 2:1170515/1‑141 (MQ=32) cAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATa < 2:1008423/141‑1 (MQ=32) aatacTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATaa > 1:112955‑M2/6‑141 (MQ=255) aatacTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATaa > 2:902821‑M2/6‑141 (MQ=255) aatacTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATaa < 2:453052‑M2/136‑1 (MQ=255) atacTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAg < 2:605631‑M2/137‑1 (MQ=255) tacTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGGCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGa > 4:283466‑M2/4‑141 (MQ=255) acTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCgg > 2:388839‑M2/3‑49 (MQ=255) acTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCgg < 1:388839‑M2/47‑1 (MQ=255) acTTCGGATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGac < 2:33147‑M2/139‑1 (MQ=255) | ATGAGAGAATAATACATTTTCCATATTCAAATTATTAAAAATCACAAAAAACAGGCTGGGACATAAATCCCTAAAAAAACAGCAGTAAGATAATTTTCAATTAGAAAATATCTTACTGCTGTTCTCTATTTATACAATACTTCGTATTGAATGGCTTCGCTTTCCTAGGGTGCCGTCTCAGCCTCGGTCTTCGACTGGCACTGCTCCCTCAGGAGTCTCGCCATTAATACTACGTATTAACATGTAATTTTACTTTTACATACTTTTAAAAAATAAGAC > USA300TCH1516_ALE/2317414‑2317692 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |