| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 584,121 | G→T | 100% | intergenic (+205/‑67) | rplA → / → rplJ | 50S ribosomal protein L1/50S ribosomal protein L10 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 584,121 | 0 | G | T | 100.0% | 445.3 / ‑6.5 | 129 | intergenic (+205/‑67) | rplA/rplJ | 50S ribosomal protein L1/50S ribosomal protein L10 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (60/67); total (61/68) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
AGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCGTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCAAATTCAGTTTC > USA300TCH1516_ALE/583983‑584258 | aGTAATTTCCAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTg > 2:1168001/1‑141 (MQ=255) ccAAGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGaaa < 2:365567/141‑1 (MQ=255) cAAGTTATATTACTTATCGTGATTTTTTTACCTAAGACTGTACGAGTTATTTATAACTTAACATTTATCCTGCCGAGGCTACAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAg < 1:554767/141‑1 (MQ=255) aaGTTATATTACTTATTGTGATTATTTTACCTAAGACAGTAGGAGTTATTTATAACTTAAAATTTATCCTGCCGAGGCTAAAATTGACTTGAACGTGATGATCTATGATCTTTCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGt > 3:62116/1‑141 (MQ=255) 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tCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTAt < 4:372469/141‑1 (MQ=255) tCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTAt > 2:62502/1‑141 (MQ=255) tCAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACAAAAAATTTAAATGGAACTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTAt < 4:264582/141‑1 (MQ=255) tCAAGCACTTTTTACTTTCGGTAGAAAATGGTTTATCTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGACTGTCTGCTATCATTGATGCAACAAAACAACTAGTTGATTAAATTGCTGANGTACTAt > 2:897966/1‑141 (MQ=255) cAAGCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATc > 1:318447/1‑141 (MQ=255) gCACTTTTTGCCTTGGGTAGAAAGTGCTTTTTTTATTAATTTTAAAAAAAGCACCAAAAATTTAAATGGAGGTGTCTGAATGTCTGCTATCATTGAAGCTAAAAAACAACTAGTTGATGAAATTGCTGAGGTACTATCaaa > 3:370947/1‑141 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |