| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 602,466 | G→T | 15.8% | intergenic (+56/‑104) | hchA → / → araB | Molecular chaperone Hsp31 and glyoxalase 3/Ribulokinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 602,466 | 0 | G | T | 15.8% | 333.2 / 17.7 | 129 | intergenic (+56/‑104) | hchA/araB | Molecular chaperone Hsp31 and glyoxalase 3/Ribulokinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/64); new base T (21/2); total (63/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.45e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
TAACAGGTGACAGTCCTTTAGCTTCAAATGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAATATTAATTAGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATGGAGGAAACATGATGTCTTATAGCATTGGAATTGATTATGGAACTGCTT > USA300TCH1516_ALE/602328‑602606 | taACAGGTGACAGTCCTTTAGCTTCAAATGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAATATTAATTAGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTggt > 4:252351/1‑140 (MQ=255)taACAGGTGACAGTCCTTTAGCTTCAAATGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAATATTAATTAGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGc < 2:766409/141‑1 (MQ=255)taACAGGTGACAGTCCTTTAGCTTCAAATGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAATATTAATTAGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGc < 2:82064/141‑1 (MQ=255) aaCAGGTGACAGTCCTTTAGCTTCAAATGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAATATTAATTAGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCa > 1:701392/1‑141 (MQ=255) 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1:311815/1‑141 (MQ=255) tttttGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATGGAGGAAACATGATGTCTTATAGCATTGGAATTGATTATGGAAc < 2:771860/141‑1 (MQ=255) ggCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATGGAGGAAACATGATGTCTTATAGCATTGGAATTGATTATGGAACTGCtt > 1:449522/1‑141 (MQ=255) | TAACAGGTGACAGTCCTTTAGCTTCAAATGAGTTAGGAAAATTAGCAGTTAATGAAATGTTAAATGCAATACAAAATAAATAATTAAATATTAATTAGAGGAGCCTCATATGTAAATGTATGAGGGCTC‑TTTTTTTTTGGCAAAATTTAAGTGATACTTGTAAAATAGAACCTATTATGAGTATGATTTAAGAAAACGCTTGCAAAACTAATAACCGCAACTAGCGATATGGAGGAAACATGATGTCTTATAGCATTGGAATTGATTATGGAACTGCTT > USA300TCH1516_ALE/602328‑602606 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |