Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | USA300TCH1516_ALE | 618,588 | 0 | G | A | 9.5% | 389.0 / 4.9 | 158 | S1230S (TCG→TCA) | sdrD | Serine‑aspartate repeat‑containing protein D |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.15e-01 |
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
GCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGA > USA300TCH1516_ALE/618449‑618728 | ctcagattcagacagcgactcagaCTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACATCGACTCGGGCTCAGACAGCGACTCAGACGCAGATAGGGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAg > 1:1189887/1‑141 (MQ=17) ctcagattcagacagcgactcagaCTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGTGACTCAGACTCAGATAg > 4:2219/1‑141 (MQ=255) ctcagattcagacagcgactcagaCTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGagag > 4:76728/1‑141 (MQ=255) cagattcagacagcgactcagaCTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCg < 3:394709/141‑1 (MQ=255) 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GCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGTGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGTGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCGGATAGCGACTCAGA > USA300TCH1516_ALE/618449‑618728 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |