Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 622,479 | T→C | 6.5% | D1014D (GAT→GAC) | sdrE → | Serine‑aspartate repeat‑containing protein E |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 622,479 | 0 | T | C | 6.5% | 408.8 / 3.5 | 159 | D1014D (GAT→GAC) | sdrE | Serine‑aspartate repeat‑containing protein E |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (68/74); new base C (11/2); total (82/77) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
CAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGA > USA300TCH1516_ALE/622343‑622616 | cagaCAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAg < 1:755767/141‑1 (MQ=255) cagaCAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAg > 1:476483/1‑141 (MQ=255) gaCAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGAc < 4:210906/141‑1 (MQ=255) gCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGactcagactcag > 2:88784/1‑141 (MQ=255) gCGACACAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCCGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAg < 2:209556/141‑1 (MQ=255) cGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGa < 2:506568/141‑1 (MQ=255) cTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCCGACAGCGATTCAGACTCAGATAg > 1:627566/1‑141 (MQ=255) cTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAg < 2:982069/141‑1 (MQ=255) cTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAg < 3:87719/141‑1 (MQ=255) tcagattcagatAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGc > 1:826155/1‑141 (MQ=255) tcagattcagatAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCTGATAGc > 2:487024/1‑141 (MQ=255) gattcagatAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCgac < 1:144129/141‑1 (MQ=255) ttcagatAGCGACTGAGATTCGGAGGGCGATTCAGGCGCAGATGGCGACTTAGATTCAGAGAGCGATGCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCgactc < 4:247612/141‑1 (MQ=14) ttcagatAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAgtagtgt > 4:455395/1‑135 (MQ=255) cagatAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCgactcag > 3:417985/1‑141 (MQ=255) gatAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCgactcagac > 2:400315/1‑141 (MQ=255) cGACTCAGATTCGTACAGCGATTCACACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGAttcagactcaga < 2:11963/141‑1 (MQ=255) gtcTCAGAATCAGATAGCGATTCAGAATCAGAGAGCGACTCAGATCCAGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACtcagactcagac < 2:448289/139‑1 (MQ=11) gACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACtcagactcagac < 1:601783/141‑1 (MQ=255) atCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAg < 2:389719/140‑1 (MQ=255) tCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGc > 4:455815/1‑141 (MQ=255) aGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGa < 1:764735/141‑1 (MQ=255) gATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGAc > 4:29399/1‑141 (MQ=255) ttCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACtc < 1:404810/141‑1 (MQ=255) tgcGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCCGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACtc < 1:1077592/139‑1 (MQ=255) cagataGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCGGATAGCGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACtcag > 1:121215/6‑141 (MQ=11) cagACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACtcag < 2:82402/139‑1 (MQ=255) cGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACtcag < 1:1051770/141‑1 (MQ=255) cGGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACtcag < 4:255107/141‑1 (MQ=255) gACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACtcagat > 1:1123107/1‑141 (MQ=255) gACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGC‑‑‑‑‑‑GACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGAGATGCAGACTCAGACAGCGACacagactcagac > 2:777602/1‑140 (MQ=11) cAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGCAGCGGACGCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACtcagagtc > 1:21054/1‑141 (MQ=14) gCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACtcagattcag > 1:556580/1‑141 (MQ=255) gCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGactcagactcag > 2:326109/1‑141 (MQ=255) gCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATACAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACGCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGactcagactcag > 3:317672/1‑141 (MQ=255) cGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACtcagattcaga > 4:281606/1‑141 (MQ=255) tcagactcagacAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGc < 2:1176409/141‑1 (MQ=255) tCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGc > 2:436237/1‑141 (MQ=255) tCAGACTCAGATAGCGACTCAGATGCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGCCTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGCCAGCGATTCCGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGc < 1:979579/141‑1 (MQ=255) cAGACTCAGATAGCGACTCAGATCCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCg > 2:1108725/1‑141 (MQ=255) cTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTc > 3:274961/1‑141 (MQ=255) cTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGAAAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGaacc > 4:330804/1‑138 (MQ=255) cAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACCCAGACAGTGATTCGGATTCAGCGAGTGATTCgg < 2:1124207/141‑1 (MQ=11) aGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCGGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGAGTCAGa > 2:741951/1‑141 (MQ=11) gATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGAc < 1:1063237/141‑1 (MQ=255) gATAGCGACTCAGATTCAGAGAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGAc < 1:1133533/141‑1 (MQ=255) tAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTc < 1:334841/141‑1 (MQ=255) aGCGACTCAGATTCAGATAGCGCCTCAGCCGCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCCGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGAGACTCAGATACAGAGAGCGACTCGGACTCa > 2:542608/1‑141 (MQ=14) cGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGa < 3:60972/141‑1 (MQ=255) cGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGa < 1:404501/141‑1 (MQ=255) cGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGa < 4:131885/141‑1 (MQ=255) gACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGAt < 1:906299/141‑1 (MQ=255) aCTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATa < 2:127774/141‑1 (MQ=255) cTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGAGAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGAGTCAGATAGCGATTCGGACGCAGATAg > 4:134213/1‑141 (MQ=255) cTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAg > 3:204424/1‑141 (MQ=255) cTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAg < 1:1087574/141‑1 (MQ=255) cTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACACAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAg > 4:503742/1‑141 (MQ=255) cagattcagacAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCg < 2:846342/141‑1 (MQ=255) agattcagatAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGa < 2:240181/141‑1 (MQ=255) agattcagatAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGa > 4:439290/1‑141 (MQ=255) ttcagatAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTc > 1:1175523/1‑141 (MQ=255) tcagatAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCa > 1:86064/1‑141 (MQ=255) cagatAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAg > 3:472235/1‑141 (MQ=255) gatAGCGATTCAGACTCAGACGGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGAGTCGGACTCAGAGAGCGACTCAGaa > 2:438781/1‑140 (MQ=255) tAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTc > 1:1160449/1‑141 (MQ=255) tAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTc > 2:1032195/1‑141 (MQ=255) tAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGacac > 2:758884/1‑138 (MQ=11) gCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCTGTTTCAGACAGAGATTAAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCTGATAGCGATTCTGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAg < 4:28922/141‑1 (MQ=11) cacagactcagtcTGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCTATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAg < 2:174752/139‑1 (MQ=255) gatgaagacAGCGAACCAGATACAGATAGCGATGCAGACGATGCAAGAGACTGAGATTCAGACACAGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGAt < 1:1103461/136‑1 (MQ=2) gactcagacAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGAt > 1:130582/1‑141 (MQ=255) gactcagacAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGAt < 3:504906/141‑1 (MQ=255) gactcagacAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGAt > 3:243498/1‑141 (MQ=255) ctcagacAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTc > 1:1185325/1‑141 (MQ=255) tcagacAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCa > 2:268207/1‑141 (MQ=255) cagacAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAg < 3:48698/141‑1 (MQ=255) agacAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGa < 3:275468/141‑1 (MQ=255) agacAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGa < 2:811025/141‑1 (MQ=255) gtcAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCTGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGAc < 2:1082061/139‑1 (MQ=255) gacAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGAc < 2:694147/141‑1 (MQ=255) gCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAg > 1:545944/1‑141 (MQ=255) gCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGactcagactcag > 2:513621/1‑141 (MQ=255) gACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGAt > 1:316017/1‑141 (MQ=255) tcagattcagatAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGAt > 1:583061/1‑90 (MQ=255) cagattcagatAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCGGATAGCg < 2:648331/141‑1 (MQ=255) gattcagatAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCgac > 2:1052521/1‑141 (MQ=255) gattcagagAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCgac < 1:1019137/141‑1 (MQ=255) ttcagacAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCgactc < 1:1007668/141‑1 (MQ=255) tcagatAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATATCgactca < 3:445188/141‑1 (MQ=255) tCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGt > 1:354289/1‑141 (MQ=255) cGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTg < 1:694789/141‑1 (MQ=255) ggACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTga < 3:132884/141‑1 (MQ=255) ggACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTga < 2:556580/141‑1 (MQ=255) ggACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGAATCAGACAGCGATTCAGATTCAGACAgcga < 4:140506/141‑4 (MQ=11) gACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTgat > 3:165592/1‑141 (MQ=255) caggaaGCGGTTCAGATTCAGACAGTGACTGAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGATAGAGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTgattcag < 2:842666/136‑1 (MQ=14) cAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTgattcag > 3:330526/1‑141 (MQ=255) gACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTgattcagat > 1:206520/1‑141 (MQ=255) aGCGAACCAGACTCCGATAGCCGCCCCGCCTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCCGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTgattcagattca < 2:1096079/141‑1 (MQ=17) cGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCGGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGAttcagattcaga < 1:591466/141‑1 (MQ=255) | CAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGA > USA300TCH1516_ALE/622343‑622616 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |