Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | USA300TCH1516_ALE | 622,521 | 0 | T | C | 6.2% | 379.5 / 3.9 | 136 | D1028D (GAT→GAC) | sdrE | Serine‑aspartate repeat‑containing protein E |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.77e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
GACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTC > USA300TCH1516_ALE/622381‑622661 | gACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACtcagat > 1:1123107/1‑141 (MQ=255) gACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGC‑‑‑‑‑‑GACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGAGATGCAGACTCAGACAGCGACacagactcagac > 2:777602/1‑140 (MQ=11) cAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGCAGCGGACGCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACtcagagtc > 1:21054/1‑141 (MQ=14) gCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACtcagattcag > 1:556580/1‑141 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |