| Predicted mutation | |||||||
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 849,656 | G→A | 56.7% | G261D (GGT→GAT) | USA300HOU_RS04145 → | Nucleotide‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 849,656 | 0 | G | A | 56.7% | 62.7 / 179.0 | 141 | G261D (GGT→GAT) | USA300HOU_RS04145 | Nucleotide‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/40); new base A (29/51); total (50/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
AGGATTAGATAAAGACGTTTATAATTATGTTATGAAATGGAAAGAGACGGAGATTTTCTTTGAAAAATTAACTGATTTGTTAGATTTTATGATACCCGGGTATAAAAAAGAAGGGAAATCTCAATTAGTAATTGCCATCGGTTGTACGGGTGGACAACATCGATCTGTAGCATTAGCAGAACGACTAGGTAATTATCTAAATGAAGTATTTGAATATAATGTTTATGTGCATCATAGGGACGCACATATTGAAAGTGGCGAGAAAAAATGAGACAAATAAA > USA300TCH1516_ALE/849516‑849796 | aGGATTAGATAAAGACGTTTATAATTATGTTATGAAATGGAAAGAGACGGAGATTTTCTTTGAAAAATTAACTGATTTGTTAGATTTTATGATACCCGGGTATAAAAAAGAAGGGAAATCTCAATTAGTAATTGCCATCgg > 2:858057/1‑141 (MQ=255) ggATTAGATAAAGACGTTTATAATTATGTTATGAAATGGAAAGAGACGGAGATTTTCTTTGAAAAATTAACTGATTTGTTAGATTTTATGATACCCGGGTATAAAAAAGAAGGGAAATCTCAATTAGTAATTGCCATCGGt > 1:241800/1‑141 (MQ=255) ggAGTAGATAAAGACGCTTATAATTATGTTAGGAAAGGTAAAGAGACGGAGATTTTCTTTGAAAAATTAATTAAGTTGTTAGATTTTATGATACCCGGGTATCAAAAAGAAGGGACATCTCAATTAGTAATTGCCATCGGt < 4:430124/141‑1 (MQ=255) ttAGATAAAGACGTTTATAATTATGTTATGAAATGGAAAGAGACGGAGATTTTCTTTGAAAAATTAACTGATTTGTTAGATTTTATGATACCCGGGTATAAAAAAGAAGGGAAATCTCAATTAGTAATTGCCATCGATTGt < 1:388634/141‑1 (MQ=255) 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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |