| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 39,653 | C→A | 100% | S494I (AGT→ATT) | pbp ← | Beta‑lactam‑inducible penicillin‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 39,653 | 0 | C | A | 100.0% | 726.9 / ‑6.5 | 202 | S494I (AGT→ATT) | pbp | Beta‑lactam‑inducible penicillin‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (94/107); total (95/107) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 202 total aligned reads displayed.
TTCTAATGCGCTATAGATTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACC > USA300TCH1516_ALE/39517‑39790 | tCTAATGCGCTATAGATTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATATGAGCATTATAAAATGGATAATCAATTGGt > 1:1058518/1‑141 (MQ=255) cTAATGCGCTATAGATTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAACTTTGAGCATTATAAAATGGATAATTAATTGGta > 2:46053/1‑141 (MQ=255) cTAATGCGCTATAGATTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCAATTGGta > 1:393113/1‑141 (MQ=255) cTAATGCGCTATAGATTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCAATTGGta < 3:422367/141‑1 (MQ=255) cTAATGCGCTATAGATTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCAATTGGta > 3:89550/1‑141 (MQ=255) tAATGCGCTATAGATTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCAATTGGtat > 2:995845/1‑141 (MQ=255) tGCGCTATAGATTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCNTTATAAAATGGANAATCAATTGGTATATc < 1:697555/141‑1 (MQ=255) gcgcTATAGATTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCAATTGGTATATCt > 2:391281/1‑141 (MQ=255) tGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCAATTGGTATATCTTCACCAACAcc > 1:43528/1‑141 (MQ=255) gAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCAATTGGTATATCTTCACCAACACCt < 1:418605/141‑1 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1:711501/141‑1 (MQ=255) cTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCAATTGGTATATCTTCACCAACACCTAGtttttt < 2:293110/141‑1 (MQ=255) tGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCAATTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTc > 2:710478/1‑141 (MQ=255) gTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCAATTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCa < 1:661679/141‑1 (MQ=255) gTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCAATTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCa > 2:206285/1‑141 (MQ=255) tACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCAATTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCAt > 2:61644/1‑141 (MQ=255) 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1:315142/1‑141 (MQ=255) gTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCAATTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAAtt > 4:7007/1‑141 (MQ=255) gTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCAATTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAAtt > 1:986316/1‑141 (MQ=255) cACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCAATTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTAc > 1:208044/1‑141 (MQ=255) cACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCAATTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTAc > 4:53/1‑141 (MQ=255) aCCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCAATTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACt > 4:251785/1‑141 (MQ=255) cTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTTTTTTTTTTTTGAGCATTATAAAATGGATAATCAATTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTTCTGc 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TTCTAATGCGCTATAGATTGAAAGGATCTGTACTGGGTTAATCAGTATTTCACCTTGTCCGTAACCTGAATCAGCTAATAATATTTCATTATCTAAATTTTTGTTTGAAATTTGAGCATTATAAAATGGATAATCACTTGGTATATCTTCACCAACACCTAGTTTTTTCATGCCTTTTTCAAATTTCTTACTGCCTAATTCGAGTGCTACTCTAGCAAAGAAAATGTTATCTGATGATTCTATTGCTTGTTTTAAGTCGATATTACCATTTACC > USA300TCH1516_ALE/39517‑39790 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |