| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,472,936 | A→T | 6.6% | A9696A (GCT→GCA) | ebh_1 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,472,936 | 0 | A | T | 6.6% | 299.0 / 3.2 | 109 | A9696A (GCT→GCA) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/58); new base T (7/2); total (46/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.85e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
GCCTGCTCAATTTCTTCTTTAGTCAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCT‑GTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACTTGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGCCGTTATG > USA300TCH1516_ALE/1472799‑1473076 | gCCTGCTCAATTTCTTCTTTAGTCAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCT‑GTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCt < 1:850115/141‑1 (MQ=255) ccTGCTCAATTTCTTCTTTAGTCAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCT‑GTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCtt > 1:152206/1‑141 (MQ=255) cTCAATTTCTTCTTTAGTCAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCT‑GTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAAc < 4:252588/141‑1 (MQ=255) cTCAATTTCTTCTTTAGTCAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCT‑GTTAGATTTGGATTTTGATCGATCTCGTCAATTAAAGCTTGAAc < 2:952090/141‑1 (MQ=255) tCAATTTCTTCTTTAGTCAGCGTATTGTTAATGTCGTTATGTCCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGTTATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCT‑GTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACt < 4:450650/141‑1 (MQ=255) ttcttTAGTCAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCT‑GTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACTTGTTTATc > 1:924928/1‑141 (MQ=255) ttcttTAGTCAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCT‑GTTAGATTTGGATTTTGATAGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACTTGTTTATc < 1:578114/141‑1 (MQ=255) ttcttTAGTCAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCCTGTTTTTCCTTATCA‑GTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACTTGTTTATc < 1:351679/141‑1 (MQ=255) tttAGTCAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCT‑GTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACTTGTTTATCAAc < 2:640243/141‑1 (MQ=255) ttAGTCAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCT‑GTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACTTGTTTATCAACa < 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tGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCT‑GTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACTTGTTTATCAACATCTTGTTTCGCAt < 4:162098/141‑1 (MQ=255) tGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCT‑GTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACTTGTTTATCAACATCTTGTTTCGCAt > 3:378593/1‑141 (MQ=255) tGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCT‑GTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACTTGTTTATCAACATCTTGTTTCGCAt > 1:716311/1‑141 (MQ=255) gTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCT‑GTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACTTGTTTATCAACATCTTGTTTCGCAtc < 2:338955/141‑1 (MQ=255) ttAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCT‑GTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACTTGTTTATCAACATCTTGTTTCGCAtct < 2:660129/141‑1 (MQ=255) taTGTCGTTATGATCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATAATTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCT‑GTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACTTGTTTATCAACATCTTGTTTCGCAtcttc < 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tCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACTTGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTACGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCa > 1:289956/1‑141 (MQ=255) gATTTCGTCACTCTACGCTTGAGCTTGTTTTTCTATTGCTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCAtt < 4:15388/141‑1 (MQ=17) tttCGTCAATTAAAGCTTGAACTTGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCAttaa < 3:184738/141‑3 (MQ=255) tttCGTCAATTAAAGCTTGAACTTGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGATTGTTCAACTTTGGCTGCAGTCATCGCATTGt < 4:378593/141‑1 (MQ=25) ttCGTCAATTAAAGCTTGAACTTGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGtt < 4:338552/141‑1 (MQ=255) ttCGTCAATTAAAGCTTGAACTTGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGtt < 2:612256/141‑1 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2:993609/141‑1 (MQ=17) aGCTTGAACTTGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGCTGTCTTGTAATGCTCGCGCAAGTTGTGCTTTTGCTTGTTCACTTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTTATGCCATTAtc > 2:1000457/1‑140 (MQ=18) | GCCTGCTCAATTTCTTCTTTAGTCAGCGCATTGTTAATGTCGTTATGACCTTGTTGAAGTATTTGATTAATTCGATATTTAAGTGCTTGTTTTTCCTTATCT‑GTTAGATTTGGATTTTGATCGATTTCGTCAATTAAAGCTTGAACTTGTTTATCAACATCTTGTTTCGCATCTTCTTTAGCTTTCACTAAATCTTTGATGTCTTGTAATGCTTGCGCAAGTTGTGCTTTGGCTTGTTCAATTTCTTCTTTAGTCATCGCATTGTTAATGCCGTTATG > USA300TCH1516_ALE/1472799‑1473076 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |