| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,643,049 | G→A | 23.5% | A341V (GCT→GTT) | cfiB_2 ← | 2‑oxoglutarate carboxylase small subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,643,049 | 0 | G | A | 23.5% | 309.9 / 90.3 | 157 | A341V (GCT→GTT) | cfiB_2 | 2‑oxoglutarate carboxylase small subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (60/60); new base A (15/22); total (75/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
TCGCTACCATCGAATCATAATATGGCGGTATCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGTTACAGGATGTTCTACT > USA300TCH1516_ALE/1642909‑1643189 | tCGCTACCATCGAATCATAATATGGCTGTATCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAg < 4:368072/141‑1 (MQ=255) cGCTACCATCGAATCATAATATGGCGGTATCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGc > 1:458872/1‑141 (MQ=255) gCTACCATCGAATCATAATATGGCGGTATCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCa > 1:211937/1‑141 (MQ=255) tCGAATCATAATATGGCGGTATCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTc < 1:328393/141‑1 (MQ=255) tCGAATCATAATATGGCGGTATCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTc > 2:188222/1‑141 (MQ=255) aataTGGCGGTATCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCaa > 2:447647/1‑141 (MQ=255) aataTGGCGGTATCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCaa < 3:25812/141‑1 (MQ=255) atatGGCGGTATCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAAt < 4:182476/141‑1 (MQ=255) tatGGCGGTATCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAAtt < 3:231308/141‑1 (MQ=255) tGGCGGTATCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGc < 4:159621/141‑1 (MQ=255) ggTATCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCgtgt > 3:336443/1‑141 (MQ=255) ggTATCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCgtgt < 1:516343/141‑1 (MQ=255) gTATCGTATAGTTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTc > 3:367761/1‑141 (MQ=255) tATCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTcc > 1:1084005/1‑141 (MQ=255) aTCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCt < 1:104586/141‑1 (MQ=255) tCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTg < 3:183094/141‑1 (MQ=255) cGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGt < 4:471208/141‑1 (MQ=255) cGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGt < 2:245922/141‑1 (MQ=255) gTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGtt > 1:261724/1‑141 (MQ=255) aaTTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGttaatt > 4:101352/1‑141 (MQ=255) gTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAata > 3:289034/1‑141 (MQ=255) tataACATGCTGACTCTATTCGTACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAAGTGCGTGTCCTGTTGATTTAatat > 1:825354/1‑141 (MQ=255) tataACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAatat > 1:361450/1‑141 (MQ=255) ataACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATAtc < 1:640286/141‑1 (MQ=255) taACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATAtct > 1:1059679/1‑141 (MQ=255) aaCATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATAtctt > 1:453933/1‑141 (MQ=255) cATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATAtcttct > 1:518762/1‑141 (MQ=255) cATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATAtcttct < 1:1117749/141‑1 (MQ=255) tGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTg > 3:429712/1‑141 (MQ=255) gCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGt > 1:158823/1‑141 (MQ=255) cTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGtt > 1:923208/1‑141 (MQ=255) tGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGttt > 1:598016/1‑141 (MQ=255) ctctATTCGAACACCATATCCACCTGTTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTtata < 2:34345/141‑1 (MQ=255) ctctATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTtata > 2:864214/1‑141 (MQ=255) ctATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACg > 3:150863/1‑141 (MQ=255) aTTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGt > 2:708410/1‑141 (MQ=255) cGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATNCGGTAac > 2:896515/1‑141 (MQ=255) gAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAaca < 1:1159735/141‑1 (MQ=255) aaCACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAacac < 2:271625/141‑1 (MQ=255) acacCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATAtc > 4:200913/1‑119 (MQ=255) acacCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACg > 1:1000276/1‑141 (MQ=255) acacCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACg > 1:76392/1‑141 (MQ=255) acacCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACg > 1:1135746/1‑141 (MQ=255) cacCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGt < 4:429407/141‑1 (MQ=255) acCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTc > 4:249964/1‑141 (MQ=255) acCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTc > 2:635918/1‑141 (MQ=255) cATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCAc < 2:1021073/141‑1 (MQ=255) atatCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCAcc < 4:147074/141‑1 (MQ=255) atCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCa < 4:460176/141‑1 (MQ=255) ccTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCa < 1:1186144/141‑1 (MQ=255) cTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCaa < 2:186792/141‑1 (MQ=255) cTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCaa > 3:276994/1‑141 (MQ=255) tGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAAc > 2:926022/1‑141 (MQ=255) ggTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACt > 1:874932/1‑141 (MQ=255) tGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACtcg < 2:1173946/141‑3 (MQ=255) gCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACttgt > 2:252730/1‑141 (MQ=255) cAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCTTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACttgta < 4:494927/141‑1 (MQ=255) aaGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCCTAGCAACttgtaa > 2:620362/1‑141 (MQ=255) aGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACttgtaat > 3:327640/1‑141 (MQ=255) cTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAAttt < 1:711944/141‑1 (MQ=255) cTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAAttt < 2:1046679/141‑1 (MQ=255) cAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTaa > 1:444942/1‑141 (MQ=255) aaTTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAAc < 2:39815/141‑1 (MQ=255) aaTTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAAc < 2:39795/141‑1 (MQ=255) ttttACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTa < 2:211937/141‑1 (MQ=255) ttttACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTa < 2:1007514/141‑1 (MQ=255) ttttACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTa < 3:423384/141‑1 (MQ=255) tttACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTaa > 1:742557/1‑141 (MQ=255) ttACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTaaa > 2:927579/1‑141 (MQ=255) ttACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTaaa < 1:1123981/141‑1 (MQ=255) ccTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCa > 3:404283/1‑141 (MQ=255) ggTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAAtt > 3:46758/1‑141 (MQ=255) aTGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTg < 4:289034/141‑1 (MQ=255) aTGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTg < 3:372405/141‑1 (MQ=255) ggCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGtt < 4:386977/141‑1 (MQ=255) ggCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGtt < 2:40390/141‑1 (MQ=255) gCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTa > 2:366223/1‑141 (MQ=255) gCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTa > 2:84873/1‑141 (MQ=255) aTAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTg < 2:648149/136‑1 (MQ=255) aTAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTAcc > 2:97633/1‑141 (MQ=255) aTAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATAAGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTg > 1:648149/1‑136 (MQ=255) aGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCAttt > 1:156494/1‑141 (MQ=255) aGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCAttt > 4:199402/1‑141 (MQ=255) gTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTc < 2:458872/141‑1 (MQ=255) cTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGt < 4:392695/141‑1 (MQ=255) ttGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGtt > 2:725710/1‑141 (MQ=255) ttGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGtt > 1:573802/1‑141 (MQ=255) tGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGTTa < 2:1059679/141‑1 (MQ=255) gTAAGGATTTTCAACATTACTTCTAAATTCAATTGCGGGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTNAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGTTAc < 1:1003532/141‑1 (MQ=255) gTAAGGATTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGTTAc < 1:839509/141‑1 (MQ=255) aaGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGTTACAg > 3:502118/1‑141 (MQ=255) aGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGTTACAgg > 1:451997/1‑141 (MQ=255) aGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGTTACAgg < 1:705033/141‑1 (MQ=255) aGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGTTACAgg > 2:435658/1‑141 (MQ=255) ggATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGTTACAGGa > 4:167779/1‑141 (MQ=255) ggATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGTTACAGGa < 1:204005/141‑1 (MQ=255) aTTTTCAACATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGTTACAGGATg > 1:680555/1‑141 (MQ=255) cAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGTTACAGGATGTTCTa > 1:412648/1‑141 (MQ=255) aGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGTTACAGGATGTTCTAc > 1:783695/1‑141 (MQ=255) gCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATATTCTTGTTTATACGGTAACACGTATTAAAAAGCATCGTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGTTACAGGATGTTCTACt < 1:1009333/141‑1 (MQ=255) | TCGCTACCATCGAATCATAATATGGCGGTATCGTATAATTAGTATAACATGCTGACTCTATTCGAACACCATATCCACCTGGTGCAAGATATTGCTCAATTTTACCTGGTGATGGCATAAAGTTCTTGTAAGGATTTTCAGCATTAATTCTAAATTCAATTGCGTGTCCTGTTAATTTAATATCTTCTTGTTTATACGGTAACACGTCACCCATAGCAACTTGTAATTGTAATTTAACTAAATCAATTCCTGTTACCATTTCAGTTACAGGATGTTCTACT > USA300TCH1516_ALE/1642909‑1643189 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |