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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | USA300TCH1516_ALE | 41,171 | 0 | T | C | 6.5% | 491.4 / 17.6 | 153 | intergenic (‑38/‑62) | pbp/mecR1 | Beta‑lactam‑inducible penicillin‑binding protein/Methicillin resistance mecR1 protein |
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2:805240/1‑141 (MQ=255) tGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGTga > 1:502069/1‑141 (MQ=255) tGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGTga < 2:23863/141‑1 (MQ=255) tGTAGGATATTAAAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATTTTATAATTTTTGTGATATTGAAGTGGAGAAGGTGTTAATAACTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGTga < 2:917863/141‑1 (MQ=255) tGTAATATACTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGTga > 2:1031577/1‑141 (MQ=255) tataCTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGTGAGAATg > 3:289904/1‑141 (MQ=255) 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AATAGTATTATTAATTTCTTTATCTTTTGAAGCATAAAAATATATACCAAACCCGACAACTACAACTATTAAAATAAGTGGAACAATTTTTATCTTTTTCATCAATATACTCCTTATATAAGACTACATTTGTAGTATATTACAAATGTAGTATTTATGTCAAAATAATGTTATAATTTTTGTGATATGGAGGTGTAGAAGGTGTTATCATCTTTTTTAATGTTAAGTATAATCAGTTCATTGCTCACGATATGTGTAATTTTTTTAGTGAGAATGCTC > USA300TCH1516_ALE/41032‑41310 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |