BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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Read alignment evidence...
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*	USA300TCH1516_ALE	1,909,214	0	C	A	47.4%	67.6 / 177.5	135	Y7* (TAC→TAA)	USA300HOU_RS09460	hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/24); new base A (42/22); total (89/46)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01

Only 100 of 137 total aligned reads displayed.

TGCCTATATTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTAT  >  USA300TCH1516_ALE/1909077‑1909354

tGCCTATATTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTAC‑AAAAAAATACttt                                                                                                                                           <  2:1061189/141‑1 (MQ=255)

 gCCTATATTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACtttt                                                                                                                                          >  1:1037802/1‑141 (MQ=255)

 gCCTATATTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGAGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATTATATGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGTATGTCTTGTTC‑AAAAAAATAAtttt                                                                                                                                          >  3:204484/1‑141 (MQ=255)

  ccTATATTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑ACAAAAATACTTTTa                                                                                                                                         >  1:240322/1‑141 (MQ=255)

    tataTTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACt                                                                                                                                       <  3:281724/141‑1 (MQ=255)

     atatTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGAAAAAAAA‑AAAAAAATACTTTTACtt                                                                                                                                      <  2:981236/141‑1 (MQ=255)

         tttttAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCt                                                                                                                                  <  3:322512/141‑1 (MQ=255)

            ttAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGc                                                                                                                               >  1:831812/1‑141 (MQ=255)

             tAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCt                                                                                                                              >  4:316139/1‑141 (MQ=255)

             tAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATATAGCt                                                                                                                              >  3:343300/1‑141 (MQ=255)

              aaaaaTGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCtt                                                                                                                             >  1:1172187/1‑141 (MQ=255)

                 aaTGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAAt                                                                                                                          >  1:984465/1‑141 (MQ=255)

                        ttAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGattatt                                                                                                                   <  4:451795/141‑1 (MQ=255)

                          aGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTAtttt                                                                                                                 >  1:688978/1‑141 (MQ=255)

                          aGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTAtttt                                                                                                                 >  1:473044/1‑141 (MQ=255)

                              aaCATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTTTGTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGGATGTTTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGc                                                                                                             <  1:273197/141‑1 (MQ=255)

                              aaCATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGc                                                                                                             <  2:668154/141‑1 (MQ=255)

                              aaCATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGc                                                                                                             <  1:872968/141‑1 (MQ=255)

                                catagagtCTACAAGTTAATAAAACTCTTGCAGAATGATTGTTTATGCTCCGATATGTCAATAGTGCTCAGCCTGGGGGACTAGCATGGCTCGGTC‑AAAAAAATACTTTTACTTCTCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCtt                                                                                                           >  2:1103126/7‑141 (MQ=255)

                                cATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCtt                                                                                                           <  1:245805/141‑1 (MQ=255)

                                cATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATAATACAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCtt                                                                                                           >  2:995472/1‑141 (MQ=255)

                                 aTTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCttt                                                                                                          <  1:1080955/141‑1 (MQ=255)

                                      ttCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTATATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGAAAAAAAAAAAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCt                                                                                                      <  2:333898/140‑1 (MQ=255)

                                      gtCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCtt                                                                                                     >  2:93449/1‑141 (MQ=255)

                                       tCTAAAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTA‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCttt                                                                                                    <  4:20242/141‑1 (MQ=255)

                                        cTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTa                                                                                                   >  2:430455/1‑141 (MQ=255)

                                        cTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTa                                                                                                   <  1:294848/141‑1 (MQ=255)

                                            aaGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATAc                                                                                               <  1:614647/141‑1 (MQ=255)

                                               ttAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACaaa                                                                                            <  3:89080/141‑1 (MQ=255)

                                                taataaAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATTATCCAGGAGGTCTAGTATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTCTTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAAt                                                                                           >  4:308142/1‑141 (MQ=255)

                                                   taaAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAAc                                                                                        >  1:248862/1‑141 (MQ=255)

                                                    aaaaCTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACg                                                                                       >  2:335705/1‑141 (MQ=255)

                                                      aaCTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGtt                                                                                     <  1:909220/141‑1 (MQ=255)

                                                       aCTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGCTTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGttt                                                                                    >  4:461068/1‑141 (MQ=255)

                                                           ttGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCt                                                                                >  4:240966/1‑141 (MQ=255)

                                                           ttGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCt                                                                                >  4:496474/1‑141 (MQ=255)

                                                            tGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTa                                                                               >  1:858839/1‑141 (MQ=255)

                                                            tGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATATAGCTTAATGATTGTTTTATGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCTTa                                                                               >  1:532625/1‑141 (MQ=255)

                                                             gTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTTCTTATCTAGCATAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTaa                                                                              >  1:1122393/1‑141 (MQ=255)

                                                               tttATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGt                                                                            <  4:204660/141‑1 (MQ=255)

                                                                ttATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTTCTAAGtt                                                                           >  3:224954/1‑140 (MQ=255)

                                                                 tATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTgg                                                                          <  1:67906/141‑1 (MQ=255)

                                                                    gATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACt                                                                       >  1:1098031/1‑141 (MQ=255)

                                                                       tGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACtttt                                                                    <  1:391596/141‑1 (MQ=255)

                                                                       tGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACtttt                                                                    >  2:195952/1‑141 (MQ=255)

                                                                       tGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACtttt                                                                    <  4:406660/141‑1 (MQ=255)

                                                                       tGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACtttt                                                                    >  3:212247/1‑141 (MQ=255)

                                                                          ttATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTaa                                                                 >  1:478569/1‑141 (MQ=255)

                                                                            aTGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAAtt                                                               <  2:376166/141‑1 (MQ=255)

                                                                             tGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAAttt                                                              >  2:1120612/1‑140 (MQ=255)

                                                                             tGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAAttt                                                              >  1:154340/1‑140 (MQ=255)

                                                                             tGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTc                                                              >  2:461874/1‑141 (MQ=255)

                                                                              gATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCt                                                             <  2:606295/141‑1 (MQ=255)

                                                                               aTACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCtt                                                            <  2:650787/141‑1 (MQ=255)

                                                                                  cGATATGTAAATGATAATCATCGAGGCGGTCTAGCATGTAACGTTC‑AAAAAAATACTATTACTTATCTAGCTTAAAGATCATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAATGTTTTCCTAAGTGGACATTTTAATTCttttc                                                         >  4:120130/1‑140 (MQ=255)

                                                                                  cGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTtta                                                         >  1:763797/1‑141 (MQ=255)

                                                                                     tatGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTttatta                                                      >  3:11902/1‑141 (MQ=255)

                                                                                       tGTAAATGATAATCATCTAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTattaaa                                                    <  4:450912/141‑1 (MQ=255)

                                                                                       tGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTattaaa                                                    >  3:118456/1‑141 (MQ=255)

                                                                                       tGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTattaaa                                                    >  2:23318/1‑141 (MQ=255)

                                                                                        gTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTattaaat                                                   >  1:594271/1‑141 (MQ=255)

                                                                                        gTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCAAGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTattaaat                                                   >  1:816894/1‑141 (MQ=255)

                                                                                         tAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTattaaatt                                                  <  3:472663/141‑1 (MQ=255)

                                                                                          aaaTGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTattaaatta                                                 >  4:229243/1‑141 (MQ=255)

                                                                                           aaTGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTattaaattaa                                                <  2:936423/141‑1 (MQ=255)

                                                                                           aaTGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTGCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTattaaattaa                                                >  1:1106661/1‑141 (MQ=255)

                                                                                            aTGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAAt                                               >  1:1018897/1‑141 (MQ=255)

                                                                                             tGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATa                                              <  3:342444/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                  atcatcCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACtttt                                         <  1:333618/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                   tcatcCAGGAGGTCTANCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACttttt                                        >  1:1023589/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                   tcatcCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTc                                        >  2:913198/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                    catcCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCt                                       >  3:237026/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                      tcCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGc                                     <  4:204484/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                      tcCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGc                                     >  2:512603/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                            aggTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGtt                               >  2:252331/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                              gTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGttat                             >  2:263921/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                cTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGtta                              <  1:395764/138‑1 (MQ=255)

                                                                                                                  aGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAAc                         >  1:1154248/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                  aGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAAc                         <  1:1141066/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                  aGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAAc                         <  2:824256/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                    cATGTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTc                       >  1:588263/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                       gTCTCGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAAt                    >  3:180369/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                        tctcGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAAtt                   >  3:77911/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                         ctcGTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGTCTTTTTAATTCTTTTCTTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTg                  >  1:418275/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                            gTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTat               >  2:1156342/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                                            gTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTAc               >  2:37800/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                            gTTC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTAc               <  2:733069/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                             ttC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTTTTTTTTACTAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACt              >  2:844291/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                             ttC‑AAAAAAATAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACt              <  2:720429/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                 aaaaaaaTACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAAt           >  1:359171/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                 aaaaaaaTACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAAt           >  2:1100838/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                 aaaaaaaTACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAAt           >  1:747260/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                  aaaaaaTAATTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAAtt          >  2:447244/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                  aaaaaaTAATTATACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAAtt          >  2:447230/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                     aaaTACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTg       >  2:1188916/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                      aaTACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAAGCCAATTGTACTAATTTTGt      >  1:312468/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                      aaTACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGt      >  2:98167/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                        tACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCt    <  4:91903/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                          cTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCtat  >  4:180580/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                          cTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCtat  >  2:557488/1‑141 (MQ=255)

TGCCTATATTTTTTAAAAATGACTTTAGCAAACATTGTGTCTACAAGTTAATAAAACTATTGTTTTATGATTGTTTATGATACGATATGTAAATGATAATCATCCAGGAGGTCTAGCATGTCTCGTTC‑AAAAAAATACTTTTACTTATCTAGCTTAATGATTATTTTAAGCTTTTTCTTTAATACAAATAACGTTTTCCTAAGTGGACTTTTTAATTCTTTTATTAAATTAATACTTTTCTGCAGTGTTATTAACTCAATTGTACTAATTTTGTCTAT  >  USA300TCH1516_ALE/1909077‑1909354

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 27 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`