| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | USA300TCH1516_ALE | 1,945,299 | 0 | G | T | 6.1% | 506.0 / 3.2 | 163 | intergenic (‑880/‑84) | splA/USA300HOU_RS09665 | Serine protease SplA/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (65/81); new base T (10/2); total (79/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.39e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
ATATTTATCTACATCTCAAAATTCTCATCAACAATCTTTCACATCCAACATTTTTACTTTAGTTTTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATTATTCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATACATTTTTGATATTTAGTTAATTGTTCTTTTAAAAAATTATTATTATATTTTCATTGTAAACGTTTACAATATAAAAAAAGGAGCAATAAAAATGAATACAAAATTTTTAGGTAAAACATTAGTAGCAAGTGCTTTAGTATTAACAAC > USA300TCH1516_ALE/1945160‑1945438 | atatTTATCTACATCTCAAAATTCTCATCAACAATCTTTCACATCCAACATTTTTACTTTAGTTTTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATTATTCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATACATTTTTGa > 1:778920/1‑141 (MQ=255) atTTATCTACATCTCAAAATTCTCATCAACAATCTTTCACATCCAACATTTTTACTTTAGTTTTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATTATTCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATACATTTTTGata < 1:1033231/141‑1 (MQ=255) ttATCTACATCGTAATATTCTTATCAACAATCTTTCACATCCAACATTTTTACTTTAGTTTTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATTATTCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATGCATTTTTGAGAtt < 4:298093/141‑1 (MQ=255) tACATCTCAAAATTCTCATCAACAATCTTTCACATCCAACATTTTTACTTTAGTTTTTATAATTCAAAACAACAAAACTATGTTAAAAAATTATTCTATTTTTTAGTTAATAGATAGTTAATACATTTTTGATATTTAGtt < 2:637501/141‑1 (MQ=255) 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|
| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |