Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | USA300TCH1516_ALE | 2,010,363 | C→T | 100% | C146Y (TGT→TAT) | USA300HOU_RS10125 ← | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | USA300TCH1516_ALE | 2,010,363 | 0 | C | T | 100.0% | 583.4 / NA | 163 | C146Y (TGT→TAT) | USA300HOU_RS10125 | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (81/82); total (81/82) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
CTTTCACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATACAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGTTGTAT > USA300TCH1516_ALE/2010225‑2010500 | tttCACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAAt > 2:1136113/1‑141 (MQ=255) gtgtCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAAcc > 2:852517/1‑141 (MQ=255) tgtCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCa < 2:790316/141‑1 (MQ=255) tCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCaaa > 1:876659/1‑141 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cTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCAtt > 1:476555/1‑141 (MQ=255) aaTCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAAc > 1:928504/1‑141 (MQ=255) aTCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGACGATAAACAGTGCTGCTACTGTCCATTTCACATCT‑‑‑AAAACAAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAAcc < 1:537014/141‑1 (MQ=255) tCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAAccc < 1:997286/141‑1 (MQ=255) cTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCg < 1:559095/141‑1 (MQ=255) ttCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATATAATCTAACCAAATATTCATTAACCCgg 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tatataATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGTTGta > 4:206832/1‑141 (MQ=255) | CTTTCACGTGTCAATTTTCTTAATCTTCCAAAGAAAACGTACACCGTTAAAATGTAAAATGGGAAGATAAACAGTGCTGCTAAAGTCAATTTCACATCT‑‑‑AAAAAGAACATTATGGATAGTGCAATAATAATTGTTATACAATCTAACCAAATATTCATTAACCCGGTTAAAATGAAATCTTTTGTTTGTTCAACATCATTAATCACTCTAGATATTACTTGACCTACTTGATTATTAGCATAAAATCTCGCACTTAAAGCTTGTAAATGGTTGTAT > USA300TCH1516_ALE/2010225‑2010500 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |