| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,172,081 | G→C | 5.4% | G44R (GGT→CGT) | leuB → | 3‑isopropylmalate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,172,081 | 0 | G | C | 5.4% | 497.2 / 19.1 | 148 | G44R (GGT→CGT) | leuB | 3‑isopropylmalate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (53/86); new base C (5/3); total (59/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.42e-01 | |||||||||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
GGTAATTAATTATGACTTATAACATTGTTGCCCTACCTGGTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAATCGGTGGACCTAAATGGACAGATCCTAACAATCGACCAGAACAAGGATTA > USA300TCH1516_ALE/2171941‑2172221 | ggtaATTAATTATGACTTATAACATTGTTGCCCTACCTGGTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTtg > 2:515400/1‑141 (MQ=255) gtaATTAATTATGACTTATAACATTGTTGCCCTACCTGGTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTtgg > 2:209910/1‑141 (MQ=255) attaattaTGACTTATAACATTGTTGCCCTACCTGGTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTtggtgg < 1:131371/141‑1 (MQ=255) attaattaTGACTTATAACATTGTTGCCCTACCTGGTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTtggtgg < 4:310311/141‑1 (MQ=255) taattaTGACTTATAACATTGTTGCCCTACCTGGTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTACTTATTAAATAGA‑GCACTACGAATTTggttgtt > 4:43007/1‑140 (MQ=255) aattaTGACTTATAACATTGTTGCCCTACCTGGTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACCAAATTCGTGGTGc < 1:360602/141‑1 (MQ=255) attattACTTATAACATTGTTGCCCTACCTGGTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCCCCACGAATTTGGTGGTGcc < 1:470839/141‑1 (MQ=255) attaTGACTTATAACATTGTTGCCCTACCTGGTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGcc < 1:764452/141‑1 (MQ=255) tGACTTATAACATTGTTGCCCTACCTGGTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTa > 1:809787/1‑141 (MQ=255) gACTTATAACATTGTTGCCCTACCTGGTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACCAAATTCGTGGTG‑CTCTA‑tt < 1:238714/141‑1 (MQ=255) ttATAACATTGTTGCCCTACCTGGTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCCCGAATTTGGTGGTGCATCTA‑TTGa > 1:516130/1‑141 (MQ=255) taACATTGTTGCCCTACCTGGTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATAc > 2:530993/1‑141 (MQ=255) aaCATTGTTGCCCTACCTGGTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACAACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACa > 3:65535/1‑141 (MQ=255) aCATTGTTGCCCTACCTGGTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCACATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑CTGATACAt < 2:710658/141‑1 (MQ=255) aCATTGTTGCCCTACCTGGTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACAt < 3:152123/141‑1 (MQ=255) gttgCCCTACCTGGTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCCCTA‑TTGATACATTCGGc > 1:755829/1‑141 (MQ=255) ttgCCCTACCTGGTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCg < 1:41657/141‑1 (MQ=255) tgCCCTACCTGGTGCTGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGCAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGCTGACTCTA‑TTGATACATTCCGCGa > 2:109707/1‑141 (MQ=255) gCCCTACCTGGTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAg < 4:53320/141‑1 (MQ=255) ccTACCTGGTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGcc < 2:1092721/141‑1 (MQ=255) ccTACCTGGTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGcc > 1:412585/1‑141 (MQ=255) ccTACCTGGTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGcc < 1:530993/141‑1 (MQ=255) cTACCTGGTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCt < 1:891917/141‑1 (MQ=255) cTACCTGGTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAACAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCt > 1:466193/1‑141 (MQ=255) tACCTGGTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCATCTA‑TTGATACATTCGGCGCGCCtt > 2:776157/1‑141 (MQ=255) cTGGTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTaa > 2:1151013/1‑141 (MQ=255) cTGGTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTaa > 1:802693/1‑141 (MQ=255) ggTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACt < 2:23578/141‑1 (MQ=255) ggTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACt < 1:935910/141‑1 (MQ=255) ggTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACt < 2:434214/141‑1 (MQ=255) ggTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACt < 1:653443/141‑1 (MQ=255) gTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACCGTTTTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAATTAGA‑GCATCATGTATTTTGTGGTTCCTCTA‑TTAATATATTCTTCGAGCCTTTAACtc > 4:66881/1‑140 (MQ=255) tGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTga < 1:1067075/141‑1 (MQ=255) gATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTgag > 4:364734/1‑141 (MQ=255) gATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTgag > 1:996115/1‑141 (MQ=255) gATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTgag > 2:885465/1‑141 (MQ=255) gATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTCTAACTgag > 2:311665/1‑141 (MQ=255) aTGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTgaga > 4:360598/1‑141 (MQ=255) aaTCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAAc < 1:701685/141‑1 (MQ=255) aaTCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAAc < 2:535089/141‑1 (MQ=255) tCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCt < 2:483361/141‑1 (MQ=255) tCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCt < 4:282362/141‑1 (MQ=255) cGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACt < 3:247526/130‑1 (MQ=255) cGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACt > 4:247526/1‑130 (MQ=255) cGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCtt < 2:578420/141‑1 (MQ=255) cAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATg < 1:846273/141‑1 (MQ=255) aGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGc < 2:257655/141‑1 (MQ=255) gAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAGGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCg < 4:440179/141‑1 (MQ=255) gAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCg > 2:182561/1‑141 (MQ=255) aaaaTTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCg < 3:104319/140‑1 (MQ=255) aaTTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCgtg < 1:1157812/141‑1 (MQ=255) tGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTaaaa < 1:1177276/141‑1 (MQ=255) tGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTaaaa > 2:471085/1‑141 (MQ=255) tGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTaaaa < 3:84796/141‑1 (MQ=255) gAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATAc < 1:70275/96‑1 (MQ=255) gAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATAc > 2:70275/1‑96 (MQ=255) gAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAag > 1:1105081/1‑141 (MQ=255) tctATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGc < 1:293633/141‑1 (MQ=255) ctATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAATAGCatctgct < 3:334837/141‑7 (MQ=255) aTCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTAt < 2:369509/141‑1 (MQ=255) tCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTAtt < 2:338729/141‑1 (MQ=255) tCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTAtt < 3:220900/141‑1 (MQ=255) aTTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTAtttt < 3:243999/141‑1 (MQ=255) gCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACt < 4:26551/141‑1 (MQ=255) ttGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTgg < 1:485100/141‑1 (MQ=255) ttGAAATGATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTgg > 3:399278/1‑141 (MQ=255) tGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTggg < 3:52972/141‑1 (MQ=255) aaaTTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTg < 1:225207/141‑1 (MQ=255) aaTTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGc < 4:390351/141‑1 (MQ=255) aTTATAAGTAATAAATATATCTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCa < 3:163592/141‑1 (MQ=255) aTTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCa > 1:1065679/1‑141 (MQ=255) ataAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAATc < 1:182561/141‑1 (MQ=255) taAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAATCg > 1:942968/1‑141 (MQ=255) ataaataTAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAAAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAATCGGTGGAc < 1:601056/141‑1 (MQ=255) taaataTAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAATCGGTGGAcc < 1:139774/141‑1 (MQ=255) aaataTAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAATCGGTGGACCt > 1:799458/1‑141 (MQ=255) ataACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAATCGGTGGACCTAAAt < 2:802693/141‑1 (MQ=255) ataACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAATCGGTGGACCTAAAt > 1:544029/1‑141 (MQ=255) ataACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAATCGGTGGACCTAAAt > 4:346234/1‑141 (MQ=255) aaCTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAATCGGTGGACCTAAATgg < 4:134373/141‑1 (MQ=255) aCTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAATCGGTGGACCTAAATGGa < 2:863812/141‑1 (MQ=255) cTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGATGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAATCGGTGGACCTAAATGGAc > 4:479803/1‑141 (MQ=255) aaTTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAATCGGTGGACCTAAATGGACAGAt > 2:570713/1‑141 (MQ=255) aTTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAATCGGTGGACCTAAATGGACAGATc < 1:923133/141‑1 (MQ=255) tATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAATCGGTGGACCTAAATGGACAGATCCt > 1:336078/1‑141 (MQ=255) cAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGTTATTTTACTGGGTGCAATCGGTGGACCTAAATGGACAGATCCTAAc < 3:416695/141‑1 (MQ=255) aaTAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAATCGGTGGACCTAAATGGACAGATCCTAACaa < 1:530616/141‑1 (MQ=255) aTAGAGGCACCACCAAATTCGTGGTG‑CTCTATTTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAATCGGTGGACCTAAATGGACAGAGCCTAACaa > 1:1028001/1‑141 (MQ=37) aga‑gCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAATCGGTGGACCTAAATGGACAGATCCTAACAATCg > 1:367063/1‑141 (MQ=255) ga‑gCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAATCGGTGGACCTAAATGGACAGATCCTAACAATCgc > 4:209371/1‑140 (MQ=255) a‑gCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAATCGGTGGACCTAAATGGACAGATCCTAACAATCGAc > 1:1022166/1‑141 (MQ=255) gCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAATCGGTGGACCTAAATGGACAGATCCTAACAATCGAcc > 2:982337/1‑141 (MQ=255) gCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAATCGGTGGACCTAAATGGACAGATCCTAACAATCGAcc > 1:458759/1‑141 (MQ=255) ccacGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAATCGGTGGACCTAAATGGACAGATCCTAACAATCGACCAGa < 1:282352/141‑1 (MQ=255) cGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAATCGGTGGACCTAAATGGACAGATCCTAACAATCGACCAGAACa < 2:630551/141‑1 (MQ=255) aTTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAATCGGTGGACCTAAATGGACAGATCCTAACAATCGACCAGAACAAgg < 3:381098/141‑1 (MQ=255) tttGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAATCGGTGGACCTAAATGGACAGATCCTAACAATCGACCAGAACAAGGa < 2:1006999/141‑1 (MQ=255) tttGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAATCGGTGGACCTAAATGGACAGATCCTAACAATCGACCAGAACAAGGa > 2:231222/1‑141 (MQ=255) ttGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAATCGGTGGACCTa > 2:914282/1‑105 (MQ=255) ggtggtGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAATCGGTGGACCTAAATGGACAGATCCTAACAATCGACCAGAACAAGGatta > 3:381519/1‑141 (MQ=255) | GGTAATTAATTATGACTTATAACATTGTTGCCCTACCTGGTGATGGAATCGGTCCAGAAATTTTGAACGGATCTCTATCATTGCTTGAAATTATAAGTAATAAATATAACTTTAATTATCAAATAGA‑GCACCACGAATTTGGTGGTGCCTCTA‑TTGATACATTCGGCGAGCCTTTAACTGAGAAAACCTTAAATGCGTGTAAAAGAGCAGATGCTATTTTACTGGGTGCAATCGGTGGACCTAAATGGACAGATCCTAACAATCGACCAGAACAAGGATTA > USA300TCH1516_ALE/2171941‑2172221 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |