| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,342,818 | 0 | T | A | 5.1% | 583.6 / 4.2 | 177 | intergenic (‑213/‑81) | USA300HOU_RS11950/USA300HOU_RS11955 | putative hydrolase/65 kDa membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (72/93); new base A (3/8); total (75/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
AGATCGACTATATGCTTTTCATGATTATTATATACAACTAATCAATCCCTATAAACTAAAAACATTGCTTACCACTTTTCAAAATGCACGAGTCATATCCCTCGTTAAAAACTATTACTAAAAATT‑AAAATATAAAAAATGCAAAAAGTATGTTTTAAACTTTATGAAACGTGTTATACAAATAGTGTAATATCATACAACCCGAAAAGGAGATTGAGATATGAAACTAAAATCATTTGTTACTGCCACTTTAGCATTGGGATTATTATCAACGGT > USA300TCH1516_ALE/2342679‑2342954 | aGATCGACTATATGCTTTTCATGATTATTATATACAACTAATCAATCCCTATAAACTAAAAACATTGCTTACCACTTTTCAAAATGCACGAGTCATATCCCTCGTTAAAAACTATTACTAAAAATT‑AAAATATAAAAAATg < 3:62468/141‑1 (MQ=255) gACTATATGCTTTTCATGATTATTATATACAACTAATCAATCCCTATAAACTAAAAACATTGCTTACCACTTTTCAAAATGCACGAGTCATATCCCTCGTTAAAAACTATTACTAAAAATT‑AAAATATAAAAAATGCaaaa < 1:540205/141‑1 (MQ=255) tataTGCTTTTCATGATTATTATATACAACTAATCAATCCCTATAAACTAAAAACATTGCTTACCACTTTTCAAAATGCACGAGTCATATCCCTCGTTAAAAACTATTACTAAAAATT‑AAAATATAAAAAATGCAAAAAGt < 1:158394/141‑1 (MQ=255) atatGCTTTTCATGATTATTATATACAACTAATCAATCCCTATAAACTAAAAACATTGCTTACCACTTTTCAAAATGCACGAGTCATATCCCTCGTTAAAAACTATTACTAAAAATT‑AAAATATAAAAAATGCAAAAAGTa < 3:123472/141‑1 (MQ=255) 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3:293849/141‑1 (MQ=255) | AGATCGACTATATGCTTTTCATGATTATTATATACAACTAATCAATCCCTATAAACTAAAAACATTGCTTACCACTTTTCAAAATGCACGAGTCATATCCCTCGTTAAAAACTATTACTAAAAATT‑AAAATATAAAAAATGCAAAAAGTATGTTTTAAACTTTATGAAACGTGTTATACAAATAGTGTAATATCATACAACCCGAAAAGGAGATTGAGATATGAAACTAAAATCATTTGTTACTGCCACTTTAGCATTGGGATTATTATCAACGGT > USA300TCH1516_ALE/2342679‑2342954 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |