Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,361,590 | C→T | 50.0% | R239H (CGT→CAT) | secY ← | Protein translocase subunit SecY |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,361,590 | 0 | C | T | 50.0% | ‑3.2 / 197.7 | 132 | R239H (CGT→CAT) | secY | Protein translocase subunit SecY |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/27); new base T (36/30); total (75/57) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.25e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.73e-01 |
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
TGTTCTAGGCAGTAAGAAGAACGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGCCCAACGAACGCAGTTTGTCCAAATTGAATTAGACTGGCTGGC > USA300TCH1516_ALE/2361451‑2361730 | tGTTCTAGGCAGTAAGAAGAACGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACg > 1:171805/1‑141 (MQ=255) gTTCTAGGCAGTAAGAAGAACGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGa > 2:1156021/1‑141 (MQ=255) gTTCTAGGCAGTAAGAAGAACGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGa < 1:1098941/141‑1 (MQ=255) gTTCTAGGCAGTAAGAAGAACGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGa > 3:244434/1‑141 (MQ=255) tCTAGGCAGTAAGAAGAACGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAAc < 1:291140/141‑1 (MQ=255) tAGGCAGTAAGAAGAACGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACgg < 1:1093310/141‑1 (MQ=255) aGGCAGTAAGAAGAACGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGc < 1:305064/141‑1 (MQ=255) aGGCAGTAAGAAGAACGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGc < 3:45079/141‑1 (MQ=255) ggCAGTAAGAAGAACGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCt > 3:385688/1‑141 (MQ=255) cAGTAAGAAGAACGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTc < 1:448640/141‑1 (MQ=255) aagaagAACGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGt < 3:55331/141‑1 (MQ=255) agaagaACGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGACTTTTACGAACGGCTTCAAGTa > 2:1007998/1‑141 (MQ=255) gaagagCGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTGATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTAc < 2:129306/141‑1 (MQ=255) gaagaaCGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTAc < 2:385502/141‑1 (MQ=255) aagaaCGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACa < 2:1167554/141‑1 (MQ=255) agaaCGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACAt < 1:66136/141‑1 (MQ=255) gaaCGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCACTTTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACAt < 1:874639/141‑1 (MQ=255) aCGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATaaa > 2:678781/1‑141 (MQ=255) gCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATa < 2:76716/141‑1 (MQ=255) cATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGc > 2:422614/1‑141 (MQ=255) aTTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCa > 2:291823/1‑141 (MQ=255) tGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCAcc < 1:1149515/141‑1 (MQ=255) gCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCt > 4:22400/1‑141 (MQ=255) cAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTa < 4:388947/141‑1 (MQ=255) cAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTa < 4:59451/141‑1 (MQ=255) aaGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTCGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACa < 4:432945/141‑1 (MQ=255) agagTACAGGAATAACACCGGCTGAGTCCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAACCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATAATGAATCGGCATTCTATGCACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCCACAg > 1:893335/1‑141 (MQ=255) gATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGt > 4:384555/1‑141 (MQ=255) ttACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTa < 2:948181/141‑1 (MQ=255) tACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTaa < 2:471251/141‑1 (MQ=255) aCAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAAt < 3:307475/141‑1 (MQ=255) aCAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAAt < 4:264317/141‑1 (MQ=255) aCAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAAt > 1:1036162/1‑141 (MQ=255) aGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAg > 1:1084501/1‑141 (MQ=255) aGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAg > 1:127958/1‑141 (MQ=255) aGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAg > 1:462595/1‑141 (MQ=255) aGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAg > 2:1105507/1‑141 (MQ=255) aGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAg < 1:1003928/141‑1 (MQ=255) cacCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAgag < 4:12042/141‑3 (MQ=255) cacCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTg < 1:513587/141‑1 (MQ=255) cacCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTg < 2:567048/141‑1 (MQ=255) acCGGCTGAGTTCGC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGa > 1:736475/1‑141 (MQ=255) acCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGa > 1:504887/1‑141 (MQ=255) acCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCGGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGa > 2:727676/1‑141 (MQ=255) cGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGaca < 2:757467/141‑1 (MQ=255) cGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGaca > 2:77114/1‑141 (MQ=255) aGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTaaaa < 3:180922/141‑1 (MQ=255) aGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTaaaa > 1:726743/1‑141 (MQ=255) gTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAg > 2:89255/1‑141 (MQ=255) ttCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGt < 4:224197/141‑1 (MQ=255) tCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTc < 2:390294/141‑1 (MQ=255) tCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTc > 1:160748/1‑141 (MQ=255) cAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTcc > 1:561006/1‑141 (MQ=255) c‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTa > 2:326139/1‑141 (MQ=255) ttttAAAGGTAAATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGAATATTGAAACGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTaa < 1:707638/141‑1 (MQ=255) tttAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAAt < 2:306341/141‑1 (MQ=255) tAAAGGTTGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATAc > 1:945935/1‑141 (MQ=255) aaaGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAGCGAATTATCATTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACt > 2:950527/1‑141 (MQ=255) aaaGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACt > 3:319231/1‑141 (MQ=255) aGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACttt > 2:348074/1‑141 (MQ=255) aGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCCAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACttt > 1:78557/1‑141 (MQ=255) aGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACttt > 4:377950/1‑141 (MQ=255) ttGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTa > 2:1135485/1‑141 (MQ=255) ttGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTa > 1:221039/1‑141 (MQ=255) ccTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAatg > 1:797041/1‑141 (MQ=255) cTGTGAACCTAATCTTTTAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTGCGAACGGGGTCAAGTGCATGAATAGTACCTACAGTTAATAGTAGCAGGGGCACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTatttt > 1:894215/1‑137 (MQ=255) cTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAatga < 3:76792/141‑1 (MQ=255) gtgAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAatgatg > 2:63164/1‑141 (MQ=255) gAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTa > 2:466880/1‑141 (MQ=255) acccTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCCATAGGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTAt < 1:21515/139‑1 (MQ=255) aaCCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTAt < 2:678026/141‑1 (MQ=255) aTCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTa > 1:275684/1‑87 (MQ=255) aTCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTa < 2:275684/87‑1 (MQ=255) cTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGc < 1:1124382/141‑1 (MQ=255) cTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGc < 3:304777/141‑1 (MQ=255) tttGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGcc < 1:545237/141‑1 (MQ=255) tGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTCCAGAAACAGCACCTGCAGTTAATAGTATCAGTGACACCAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGCCCa < 3:478399/141‑1 (MQ=255) tGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCa > 3:239031/1‑116 (MQ=255) aGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATTGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGGGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTGTCTTCTTGCCCaac > 1:509841/1‑141 (MQ=255) aGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGCCCaac > 3:396491/1‑141 (MQ=255) gtttgtttCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGCCCaacgaac < 3:492462/141‑1 (MQ=255) tgtttCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGCCCAACGAACGCa < 3:184930/141‑1 (MQ=255) tgtttCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGCCCAACGAACGCa > 1:670694/1‑141 (MQ=255) tttCTTAGCATATTGGATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGCCCAACGAACGCAGt < 1:990560/141‑1 (MQ=255) tttCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGCCCAACGAACGCAGt < 1:1054364/141‑1 (MQ=255) tCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGCCCAACGAACGCAGttt > 1:313514/1‑141 (MQ=255) ttAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCAAACCCGCCAACGAACGCAGTTTGt > 1:611595/1‑141 (MQ=255) ttAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGCCCAACGAACGCAGTTTGt > 1:530753/1‑141 (MQ=255) ttAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGCCCAACGAACGCAGTTTGt > 1:433199/1‑141 (MQ=255) tAGCATATTGAATCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGCCCAACGAACGCAGTTTGTc > 2:65505/1‑141 (MQ=255) tAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGCCCAACGAACGCAGTTTGTc < 4:307383/141‑1 (MQ=255) ttGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGCCCAACGAACGCAGTTTGTCCAAATTg > 1:915157/1‑141 (MQ=255) ttGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGCCCAACGAACGCAGTTTGTCCAAATTg > 1:1139049/1‑141 (MQ=255) aTCGGAATTTTATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGCCCAACGAACGCAGTTTGTCCAAATTGAAtt > 3:243511/1‑141 (MQ=255) cGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGCCCAACGAACGCAGTTTGTCCAAATTGAATTAg > 1:764382/1‑141 (MQ=255) ggAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTGTCTTCTTGCCCAACGAACGCAGTTTGTCCAAATTGAATTAGa < 4:181135/141‑1 (MQ=255) tttATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGCCCAACGAACGCAGTTTGTCCAAATTGAATTAGActggc > 4:203542/1‑141 (MQ=255) tttATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGCCCAACGAACGCAGTTTGTCCAAATTGAATTAGActggc < 3:217171/141‑1 (MQ=255) tttATGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGCCCAACGAACGCAGTTTGTCCAAATTGAATTAGActggc > 2:483853/1‑141 (MQ=255) cGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGCCCAACGAACGCAGTTTGTCCAAATTGAATTAGACtggctggc < 4:244434/141‑1 (MQ=255) | TGTTCTAGGCAGTAAGAAGAACGCCATTGCAAAGATTACAGGAATAACACCGGCTGAGTTCAC‑TTTTAAAGGTAGATAAGTTGCCTGTGAACCTAATCTTTGAGCAGTTTGTTTCTTAGCATATTGAATCGGAATTTTACGAACGGCTTCAAGTACATAAATAGCACCTACAGTTAATAGTATCAGTGACACTAAAAGTCCTAATACTTTCAACCATGCTAATGATGTATCTTCTTGCCCAACGAACGCAGTTTGTCCAAATTGAATTAGACTGGCTGGC > USA300TCH1516_ALE/2361451‑2361730 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |