| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,504,989 | T→C | 7.2% | intergenic (+293/+111) | USA300HOU_RS12890 → / ← gltT | hypothetical protein/Proton/sodium‑glutamate symport protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,504,989 | 0 | T | C | 7.2% | 468.4 / 8.4 | 182 | intergenic (+293/+111) | USA300HOU_RS12890/gltT | hypothetical protein/Proton/sodium‑glutamate symport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (81/85); new base C (5/10); total (87/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 184 total aligned reads displayed.
TTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGACCTTT > USA300TCH1516_ALE/2504850‑2505129 | ttGCGTATGCTTTAGAGCCCCCAATCGCCTGAGGTCACTCCGCTCCCGTTCGCCCGGGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTc < 2:609116/141‑1 (MQ=14) tGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCATTAGCGCATGCATAAAAGTcc > 2:1021709/1‑141 (MQ=255) gcgcATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTccc > 1:936946/1‑141 (MQ=255) gcgcATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTATCGCATGCATAATAGTcct > 2:829696/1‑140 (MQ=255) cgcATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCt > 3:130540/1‑141 (MQ=255) catgcatAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTaa < 2:146803/141‑1 (MQ=255) agataggCCCCGACCCACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCCCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAAcc < 2:451612/135‑1 (MQ=14) ccccTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCTCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTc > 3:14220/1‑141 (MQ=255) ccccTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTc > 1:523221/1‑141 (MQ=255) ccccTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCCGAGGta > 2:1095256/1‑140 (MQ=255) ccTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCAc > 3:445667/1‑141 (MQ=255) ccTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCAc > 3:361517/1‑141 (MQ=255) ccTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTCAGGTCAc < 1:944558/141‑1 (MQ=255) ccTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCAGAGGTCat > 4:359682/1‑140 (MQ=255) ccTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTCCGTTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAATGTCCCTAACAATCTGCGGTCAc > 3:81951/1‑141 (MQ=17) cTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACt > 1:1022433/1‑141 (MQ=255) cTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACt > 1:1022444/1‑141 (MQ=255) aacaacCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTTAcaat > 2:579825/1‑138 (MQ=255) aacaacCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTGTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCGCTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTGTAGCGCATGCATAGAAGCCGCTAACGACCTGAGGTCACTAc > 1:632591/1‑141 (MQ=17) acaacCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCCTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTCCg > 1:994/1‑141 (MQ=255) ccTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACTACCTGAGGTTACTAGGCTTc > 2:658863/1‑141 (MQ=255) gAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGt < 1:777244/141‑1 (MQ=255) gTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCg > 1:626335/1‑141 (MQ=255) gTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCg < 1:363031/141‑1 (MQ=255) tCACTGCGCTCCGGTTCCCCTTCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGc < 2:638115/141‑1 (MQ=255) cactccactcCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCACAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGcc < 2:145515/141‑1 (MQ=255) ccgcTCCGGGTCCCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTgcg < 2:934444/140‑1 (MQ=255) gcTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCTTGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCt < 1:605350/141‑1 (MQ=255) cTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCtt > 2:508891/1‑141 (MQ=255) tCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCatt > 2:271792/1‑141 (MQ=255) gTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAgcg > 2:361092/1‑141 (MQ=255) tCGGCTGCGCTTTAGCGGATGCATAAGAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCgca < 1:865493/141‑1 (MQ=255) tCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCgca > 1:857087/1‑141 (MQ=255) ccTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCgcatgc < 2:1131463/141‑1 (MQ=255) tGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCgcatgcat < 1:138937/141‑1 (MQ=255) tGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCgcatgcat < 1:320162/141‑1 (MQ=255) gcTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTTACCATCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTTCGCGTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATaaa < 4:395470/141‑1 (MQ=14) ttgcgcATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGcc < 4:189762/139‑1 (MQ=255) tAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGcc < 1:230356/141‑1 (MQ=255) aaGCGCAGGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCTTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGcc > 2:392159/2‑141 (MQ=255) gcgcATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGcccc > 3:139384/1‑141 (MQ=255) gcatgcatATAGGCCCCTAACCACCTGGGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTa < 2:572400/141‑1 (MQ=11) atgcatAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTGCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTaac < 2:696422/141‑1 (MQ=25) tgcatAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTaaca > 1:274748/1‑141 (MQ=255) gcatAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTaacaa < 3:21371/141‑1 (MQ=255) tgtAAAAGCCCCTAACAATCTGAGGTCACTCCGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTTACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTaacaac < 4:86229/139‑1 (MQ=255) catAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTaacaac < 1:221023/141‑1 (MQ=255) aaaaGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCaa > 1:700633/1‑141 (MQ=255) aaaGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCaaa > 2:697689/1‑141 (MQ=255) acgCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTTACAAcctttg < 4:400023/139‑5 (MQ=255) aacaccccAACCACCTGATTTCTCTACGCTTCGGTTTGGCCGGTGTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAAGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAg < 2:972391/137‑1 (MQ=14) aaGCCCCTAACCACCTGGGGTCACTCCGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAg < 4:190627/141‑1 (MQ=255) aaGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAAcctttg < 4:372745/141‑5 (MQ=255) aGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTTACAAcctttgg < 3:305263/141‑6 (MQ=255) aGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTTACAAcctttgg < 1:423642/141‑6 (MQ=255) ccccTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAAcctgaggtc < 4:142393/141‑8 (MQ=12) ccccTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCCTTAGCGCATGCATAAAATCCCCTAACAACCAAAGGtt > 2:149491/1‑141 (MQ=255) ccTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGt > 3:414744/1‑141 (MQ=255) acaacCTGAGGTCACTANNCTTCGGTTCGCCTGNGCTNTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACACCCAAAGGTTGTAAgg > 1:1107715/1‑141 (MQ=255) acaacCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAgg > 3:46811/1‑141 (MQ=255) acaacCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCCCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAgg < 3:26159/141‑1 (MQ=255) ccTGGGGTCCCTCCGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCt < 2:767991/141‑1 (MQ=255) ccTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCt > 1:259136/1‑141 (MQ=255) attgtggTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCGTGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTCCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCt < 1:1030588/136‑1 (MQ=255) cTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCtt > 1:238425/1‑141 (MQ=255) tGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACACCCAAAGGTTGTAAGGGGCttt > 2:601981/1‑141 (MQ=255) tGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCttt < 1:194328/141‑1 (MQ=255) gAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTTTGGTTGTTAGGGGCtttt < 1:900844/141‑2 (MQ=17) gAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTa < 3:432439/141‑1 (MQ=255) tCACTCCGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATg < 2:808424/141‑1 (MQ=255) tCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATg > 1:742375/1‑141 (MQ=255) aCTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGTTTGTAAGGGGCTTTAAATGTc > 4:21689/1‑141 (MQ=255) cTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCATTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCa > 4:137560/1‑141 (MQ=255) ccccttcgcttcgCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGa < 2:279209/138‑1 (MQ=255) aCGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCCGa < 2:365825/141‑1 (MQ=255) cGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGAt < 2:1032817/141‑1 (MQ=255) gcgtgggTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATa < 2:909388/136‑1 (MQ=255) gCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATa < 3:179560/141‑1 (MQ=255) cTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAg > 1:1054866/1‑141 (MQ=255) cTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAg < 3:69583/141‑1 (MQ=255) cGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTAt < 3:15655/141‑1 (MQ=255) cGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTCCGCCTGCGCTTTATCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAACGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTAGGATAGTAt > 2:889962/1‑141 (MQ=18) gTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTAttt > 1:197327/1‑141 (MQ=255) cGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTAtttttt < 4:499071/141‑1 (MQ=255) ccTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTaa < 2:211561/141‑1 (MQ=255) tGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAAt < 4:319019/141‑1 (MQ=255) cgcTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTg < 4:456481/141‑1 (MQ=255) aGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTa > 2:1105316/1‑141 (MQ=255) aGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTa < 1:791099/141‑1 (MQ=255) aGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTa > 1:561381/1‑141 (MQ=255) gcgcATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTaa > 3:88389/1‑141 (MQ=255) cgcATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTaaa < 2:913578/141‑1 (MQ=255) gcatgcatAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAat > 4:102107/1‑141 (MQ=255) tgcatAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATAtt > 2:191929/1‑141 (MQ=255) tAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTCGTAAGGGTCTTTTTATCCCACATATTATTTTTTACATTGATTTCAATTATTccta > 2:746931/1‑138 (MQ=17) aaGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGAcc < 2:719661/141‑1 (MQ=255) aGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGACCt > 2:36175/1‑141 (MQ=255) gTCCCTGACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGACCtt > 4:461686/1‑141 (MQ=255) gTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGACCtt < 4:302391/141‑1 (MQ=255) tCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGACCttt < 3:380780/141‑1 (MQ=255) | TTGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTGCGCTCCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCGGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGTCCCTAACAACCTGAGGTCACTACGCTTCCGTTCGCCTGCGCTTTAGCGCATGCATAAAAGCCCCTAACAACCAAAGGTTGTAAGGGGCTTTAAATGTCAGATAGTATTTTTTAAATTGATTTTAAATATTCTTGACCTTT > USA300TCH1516_ALE/2504850‑2505129 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |