| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,626,838 | 0 | A | T | 9.7% | 489.7 / 11.5 | 163 | D75E (GAT→GAA) | sarT | HTH‑type transcriptional regulator SarT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (67/77); new base T (17/2); total (84/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.93e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
TACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCTTTTTTGATAAATCTTTTACGCTTTTAACAATTCTAGATTGGTCTATACCGATATAACTTATAATGTCTCTCATAAAATATTTACCTTCATCATTTTTAAATACATCTAAATATGCTAATACTAAATAATTATCTAATGTAAGACAAAAAT > USA300TCH1516_ALE/2626702‑2626977 | tACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCTTTTTTGATAAATCtt < 1:451681/141‑1 (MQ=255)tACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCTTTTTTGATAAATCtt < 1:852898/141‑1 (MQ=255) aCTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCTTTTTTGATAAATCttt > 2:605401/1‑141 (MQ=255) aagtATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCTTTTTTGATAAATCtttt > 1:152913/4‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) ttGATAAATCTTTTACGCTTTTAACAATTCTAGATTGGTCTATACCGATATAACTTATAATGTCTCTCATAAAATATTTACCTTCATCATTTTTAAATACAGCTAAATATGCTAATACTAAATAATTATCTAATGTAAGAc < 1:1174939/141‑1 (MQ=255) tGATAAATCTTTTACGCTTTTAACAATTCTAGATTTGTCTATACCGATATAACTTATAATGTCTCTCATAAAATATTTACCTTCATCATTTTTAAATACATCTAAATATGCTAATACTAAATAATTATCTAATGTAAGACa < 4:385052/141‑1 (MQ=255) gATAAATCTGTTACGCTTTTAACAATTCTAGATTGGTCTATACCGATATAACGTATAATGTCTCTCATAAATTATTTACCTTCATCAGTTTTAAAGACATCTAAATATGCTGATACTAAATAATTATCTAATGTTAGTCaa > 1:297856/1‑141 (MQ=255) aTAAATCTTTTACGCTTTTAACAATTCTAGATTGGTCTATACCGATATAACTTATAATGTCTCTCATAAAATATTTACCTTCATCATTTTTAAATACATCTAAATATGCTAATACTAAATAATTATCTAATGTAAGACaaa > 2:587857/1‑141 (MQ=255) aTAAATCTTTTACGCTTTTAACAATTCTAGATTGGTCTATACCGATATAACTTATAATGTCTCTCATAAAATATTTACCTTCATCATTTTTAAATACATCTAAATATGCTAATACTAAATAATTATCTAATGTAAGACaaa < 3:165260/141‑1 (MQ=255) aTAAATCTTTTACGCTTTTAACAATTCTAGATTGGTCTATACCGATATAACTTATAATGTCTCTCATAAAATATTTACCTTCATCAGGTGTAAATACATCTAAATATGCTAATACTAAATAATTATCTAATGTAAGACaaa > 1:972078/1‑141 (MQ=255) aaaTCTTTTACGCTTTTAACAATTCTAGATTGGTCTATACCGATATAACTTATAATGTCTCTCATAAAATATTTACCTTCATCATTTTTAAATACATCTAAATATGCTAATACTAAATAATTATCTAATGTAAGACaaaaa > 1:203648/1‑141 (MQ=255) aaTCTTTTACGCTTTTAACAATTCTAGATTGGTCTATACCGATATAACTTATAATGTCTCTCATAAAATATTTACCTTCATCATTTTTAAATACATCTAAATATGCTAATACTAAATAATTATCTAATGTAAGACAAAAat < 4:261416/141‑1 (MQ=255) aaTCTTTTACGCTTTTAACAATTCTAGATTGGTCTATACCGATATAACTTATAATGTCTCTCATAAAATATTTACCTTCATCATTTTTAAATACATCTAAATATGCTAATACTAAATAATTATCTAATGTAAGACAAAAat < 1:48135/141‑1 (MQ=255) | TACTTTATGTTTCATTAATATTTATTTCACTCAAAAGATTTTTAATATAATTGTGTTGTTTTACAGAAACAACAATGATTACATTTCTACTATCATGTGGGTCTCTACATTTATTCAAGTAACCCTTTTTTGATAAATCTTTTACGCTTTTAACAATTCTAGATTGGTCTATACCGATATAACTTATAATGTCTCTCATAAAATATTTACCTTCATCATTTTTAAATACATCTAAATATGCTAATACTAAATAATTATCTAATGTAAGACAAAAAT > USA300TCH1516_ALE/2626702‑2626977 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |