| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,854,538 | T→A | 5.8% | intergenic (+236/+177) | yflS → / ← USA300HOU_RS14625 | Putative malate transporter YflS/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,854,538 | 0 | T | A | 5.8% | 582.4 / 6.1 | 180 | intergenic (+236/+177) | yflS/USA300HOU_RS14625 | Putative malate transporter YflS/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (70/95); new base A (2/12); total (73/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
TACGTTTATCCTTTAAATCATTGCGTGCTTCACTGAAAATTTGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGTCTGTCACTGTTACTGCACACATACCTCAGTCTCACCTCATCATGACACAAAGG > USA300TCH1516_ALE/2854398‑2854678 | aCGTTTATCCTTTAAATCATTGCGTGCTTCACTGAAAATTTGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATa > 1:1170269/1‑141 (MQ=255) cGTTTATCCTTTAAAGCAGGGCGTGCTTCACTGAAAATTGGTATAAAGATTGAAGTCAGTACGTGACAGGAGATTAATTACATGTCTAGACTATTCCGCGGCAGGGAGTAACATTACGTATGCCCTCAGAAATCATCAGA‑c > 3:504333/1‑141 (MQ=255) tATCCTTTAAATCATTGCGTGCTTCACTGAAAATTTGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑Caaaa < 3:502146/141‑1 (MQ=255) tCCTTTAAATCATTGCGTGCTTCACTGAAAATTTGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑Caaaaaa < 1:796026/141‑1 (MQ=255) ccTTTAAATCATTGCGTGCTTCACTGAAAATTTGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAac < 2:1147072/141‑1 (MQ=255) tAAATCATTGCGTGCTTCACTGAAAATTTGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCt > 2:154274/1‑141 (MQ=255) tAAATCATTGCGTGCTTCACTGAAAATTTGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCt < 4:168975/141‑1 (MQ=255) aTCATTGCGTGCTTCACTGAAAATTTGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAGCACCTTCg > 2:125106/1‑141 (MQ=255) aTCATTGCGTGCTTCACTGAAAATTTGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCg < 1:1180652/141‑1 (MQ=255) aTCATTGCGTGCTTCACTGAAAATTTGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCg < 2:533626/141‑1 (MQ=255) cATTGCGTGCTTCACTGAAAATTTGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGtt < 1:809426/141‑1 (MQ=255) ttGCGTGCTTCACTGAAAATTTGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTa > 2:1044120/1‑141 (MQ=255) ttGCGTGCTTCACTGAAAATTTGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTa > 4:394990/1‑141 (MQ=255) ttGCGTGAATAACAGAAAATATGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTAATTAACATTACGTATGCCCTCATAAAAAAAAAAA‑AAAAAAACACCTTCGTTTa < 2:824702/141‑1 (MQ=255) tGCGTGCTTCACTGAAAATTTGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTaa > 2:1030013/1‑141 (MQ=255) cGTGCTTCACTGAAAATTTGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAAt > 2:775373/1‑141 (MQ=255) cTTCACTGAAAATTTGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCAt < 3:358900/141‑1 (MQ=255) cTTCACTGAAAATTTGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCAt > 1:137445/1‑141 (MQ=255) cTTCACTGAAAATTTGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCAt < 1:776087/141‑1 (MQ=255) cTTCACTGAAAATTTGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTCAAATTCAt < 1:465147/141‑1 (MQ=255) cACTGAAAATTTGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCAtttt < 1:239559/141‑1 (MQ=255) aCTGAAAATTTGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTa > 3:208108/1‑141 (MQ=255) cTGAAAATTTGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTaa < 2:581446/141‑1 (MQ=255) tGAAAATTTGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTAATTTTAAt > 4:140033/1‑141 (MQ=255) aaaaTTTGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTg < 1:536104/141‑1 (MQ=255) aaaaTTTGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTg < 1:354674/141‑1 (MQ=255) agatgggTATAAAGAGTGAAGTCATTACGGAAAATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCTTTGCTTAACATTACGTATGCCCTCATAAAAAAAAAAA‑AAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGc < 2:531288/135‑1 (MQ=255) tttGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGaa > 2:966037/1‑141 (MQ=255) tGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAANTACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAAtt > 1:172269/1‑141 (MQ=255) gTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTc < 1:665858/141‑1 (MQ=255) gTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTc > 1:9386/1‑141 (MQ=255) tataAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCa > 1:1188075/1‑141 (MQ=255) aTTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAg > 2:805586/1‑141 (MQ=255) aTTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAg < 3:59185/141‑1 (MQ=255) tAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGc > 2:1111583/1‑141 (MQ=255) tAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAAATCCTTCTTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGc < 1:573142/141‑1 (MQ=255) aaGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTGCGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGtt < 2:619999/105‑1 (MQ=255) aaGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGcc > 2:91769/1‑141 (MQ=255) aaGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGGTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGcc > 4:405615/1‑141 (MQ=255) aaGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTATATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTGCGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGtt > 1:619999/1‑105 (MQ=255) aGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCt > 2:688083/1‑141 (MQ=255) aGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCt > 1:341830/1‑141 (MQ=255) aGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCt > 2:765314/1‑141 (MQ=255) gTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGGATTCAACGAAAGTGCCtt > 1:308554/1‑141 (MQ=255) tCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTa < 1:1027616/141‑1 (MQ=255) cGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCat < 3:457503/141‑1 (MQ=255) cGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCat > 3:46217/1‑141 (MQ=255) tAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCatat < 4:364679/141‑1 (MQ=255) aaCATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATAtt < 2:959764/141‑1 (MQ=255) aaCATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATAtt > 2:156626/1‑141 (MQ=255) aaCATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATAtt < 1:1029001/141‑1 (MQ=255) aCATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATAttt < 3:109255/141‑1 (MQ=255) aTCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTaa < 1:374048/141‑1 (MQ=255) acaTAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTAATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGt < 2:737998/141‑1 (MQ=255) acaTAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTACATTGATTACCATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGt > 1:632127/1‑141 (MQ=255) aaaaaaTACATTTCTATACTACTCCGCTTCATTAATTAACATTACGTATGCCCTCATAAAAAAAAAAA‑AAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGttt < 2:989508/139‑1 (MQ=255) tAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATTATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTCTTTCACATTCAAGGttta > 4:351072/1‑140 (MQ=255) aaaaTACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATCAATCATCCTC‑CCACAAACACATCCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCa < 3:377144/141‑1 (MQ=255) aaaaTACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCa < 4:84994/141‑1 (MQ=255) aaaaTACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCa < 1:982008/141‑1 (MQ=255) aaTACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCaaa < 1:964514/141‑1 (MQ=255) aTACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAAt > 1:770766/1‑141 (MQ=255) aTACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAAt > 3:237277/1‑141 (MQ=255) tACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAAtt < 2:970148/141‑1 (MQ=255) cATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTta < 2:51166/141‑1 (MQ=255) cATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTta > 2:209656/1‑141 (MQ=255) cATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTta < 1:883238/141‑1 (MQ=255) aTTTCTATACTATTCCGTTTCATTGATCAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATGAAATAAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAAGTGCGAATTCAACGAAAGTGATTTATTTCATATTCAATGTTTTAAATTta > 1:412286/1‑141 (MQ=255) tttCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTtata < 1:1111583/141‑1 (MQ=255) tttCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCAACATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTtata < 4:294289/141‑1 (MQ=255) ttCTATANTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTTCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATCTATAc < 2:894555/141‑1 (MQ=255) aCTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGTCTGt > 3:323595/1‑141 (MQ=255) tATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTGATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGTCTGTCa < 1:274208/141‑1 (MQ=255) aTTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGTCTGTCAc > 3:342715/1‑141 (MQ=255) ccGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGTCTGTCACTGt > 1:890374/1‑141 (MQ=255) ccGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGTCTGTCACTGt > 4:459593/1‑141 (MQ=255) ccGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGTCTGTCACTGt < 1:154927/141‑1 (MQ=255) ccGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGTCTGTCACTGt < 2:707226/141‑1 (MQ=255) ccGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAACTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGTCTGTCACtct < 4:494518/141‑3 (MQ=255) cATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGTCTGTCACTGTTACTGc < 1:74604/141‑1 (MQ=255) tGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCAAA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGTCTGTCACTGTTACTGcaca < 2:666923/141‑1 (MQ=255) gATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTAttt < 1:337279/94‑1 (MQ=255) gATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGTCTGTCACTGTTACTGcacac < 3:152331/141‑1 (MQ=255) aCATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGTCTGTCACTGTTACTGCACACATAcc < 1:161261/141‑1 (MQ=255) aTTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGTCTGTCACTGTTACTGCACACATACCTc > 1:521200/1‑141 (MQ=255) ttACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACATTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGTCTGTCACTGTTACTGCACACATACCTCa > 1:301409/1‑141 (MQ=255) tACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGTCTGTCACTGTTACTGCACACATACCTCAg < 3:97177/141‑1 (MQ=255) cGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGTCTGTCACTGTTACTGCACACATACCTCAGtc > 2:161130/1‑141 (MQ=255) gTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGTCTGTCACCGTTACTGCACACATACCTCAGtct > 2:879174/1‑141 (MQ=255) tATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGTCTGTCACTGTTACTGCACACATACCTCAGtctc > 1:402235/1‑141 (MQ=255) tGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGTCTGTCACTGTTACTGca > 2:292940/1‑123 (MQ=255) ccTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGTCTGTCACTGTTACTGCACACATACCTCAGTCTCACCtc > 3:29909/1‑141 (MQ=255) tAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGTCTGTCACTGTTACTGCACACATACCTCAGTCTCACCTcatcat > 1:276976/1‑141 (MQ=255) tAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGTCTGTCACTGTTACTGCACACATACCTCAGTCTCACCTcatcat < 3:288807/141‑1 (MQ=255) aaTCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGTCTGTCACTGTTACTGCACACATACCTCAGTCTCACCTCATCATGa < 3:289667/141‑1 (MQ=255) atcatcATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGGTACAAATTTATACGCCTGTCACTGTTACTGCACACATACCTCAGGCTCACCTCATCATGac > 1:949809/1‑141 (MQ=255) tcatcaTA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATCCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGCCTGTCACTCTTACTGCACACATACCTCAGTCTCACCTCATCATGaaa > 4:476880/1‑139 (MQ=255) catcatA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGTCTGTCACTGTTACTGCACACATACCTCAGTCTCACCTCATCATGacac < 1:99919/141‑1 (MQ=255) catcatA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGTCTGTCACTGTTACTGCACACATACCTCAGTATCACCTCATCATGacac > 1:664909/1‑141 (MQ=255) atcagA‑CAAAAAACCCCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGTCTGTCACTGTTACTGCACACATACCTCAGTCTCACCTCAGCATGAcaca < 2:48172/141‑1 (MQ=255) | TACGTTTATCCTTTAAATCATTGCGTGCTTCACTGAAAATTTGTATAAAGATTTAAGTCATTACGTAACATCACATAAAATACATTTCTATACTATTCCGCTTCATTGATTAACATTACGTATGCCCTCATAAATCATCATA‑CAAAAAACACCTTCGTTTAAATTCATTTTAATTGCGAATTCAACGAAAGTGCCTTATTTCATATTTAATGTTTCAAATTTATACGTCTGTCACTGTTACTGCACACATACCTCAGTCTCACCTCATCATGACACAAAGG > USA300TCH1516_ALE/2854398‑2854678 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |