| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000731 | 25,663 | Δ1 bp | 100% | coding (316/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000731 | 25,663 | 0 | A | . | 97.4% | 1026.4 / 8.6 | 223 | coding (316/333 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0031 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/3); new base . (116/101); total (117/106) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Polymorphic indel expands or contracts a homopolymer stretch. | |||||||||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
ATTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAATAA > CP000731/25523‑25801 | attgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTGTGCTACCAATa > 2:623502/1‑141 (MQ=255)attgtatGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATa < 1:98190/141‑1 (MQ=255) ttGTTATTTACACTAGTGGTTAAATTTCCAGGTTTGTCAACAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaa < 2:194767/140‑1 (MQ=255) tGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATGTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaat > 1:557695/1‑140 (MQ=255) tATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaatata < 1:619247/141‑5 (MQ=255) tATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaatata > 2:510558/1‑137 (MQ=255) tATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATaaaaaatata > 2:124593/1‑137 (MQ=255) tttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACTAAGTATTGCCGGATGTTGGATGTCTCAGTATCCAGAAATTTTCTTTATAATTTTAG‑CACGATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACa < 2:803632/141‑1 (MQ=255) tttACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTCG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTCCAAATacaaaatataaa > 1:305103/1‑135 (MQ=255) tACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATc > 1:654124/1‑141 (MQ=255) acTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATATTTTTAG‑CACTATTTCTTATCTTGTTTAATTATTATATTACAAAT‑AAAAAATTTACATATaa > 2:158782/1‑141 (MQ=255) acTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTaa > 1:723940/1‑141 (MQ=255) gTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATGATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGt > 1:551208/1‑141 (MQ=255) gTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGt < 1:120845/141‑1 (MQ=255) gTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGt > 1:835503/1‑141 (MQ=255) ttAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTaaa > 1:266675/1‑141 (MQ=255) tAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAAt > 1:695113/1‑141 (MQ=255) aaTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTa > 2:602515/1‑141 (MQ=255) aaTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTa > 2:606760/1‑141 (MQ=255) aaTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGCTTAAATTa > 2:633146/1‑141 (MQ=255) aTTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTaa > 1:488824/1‑141 (MQ=255) ttACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATg > 1:436113/1‑141 (MQ=255) tACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGa > 2:834088/1‑141 (MQ=255) tACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCGTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGa > 2:300280/1‑141 (MQ=255) tACAGGTTTGTAACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGa < 1:31231/141‑1 (MQ=255) aGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGaaaa < 1:796578/141‑1 (MQ=255) gtgtGTCACCAAGTATTGAATGATCTTGGATTTCTCAATATCCATAACTTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAAt < 1:188611/138‑1 (MQ=255) gTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAAt < 2:373535/141‑1 (MQ=255) gTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTATTT‑CACCGGCAGTCACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAAt < 1:194198/141‑1 (MQ=255) gTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTGTTCTCAATATCTAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAAttgaatat < 2:724547/141‑8 (MQ=255) tttGTCACCAACTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTTCTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTATTGAAAAATa < 2:752762/141‑1 (MQ=255) tctaCCAAGTATTGAAGGATCTTGGCTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACCACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGaa < 1:66283/138‑1 (MQ=255) gTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAGAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGaa < 1:821108/141‑1 (MQ=255) tCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAt < 1:510558/141‑1 (MQ=255) tCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAt < 2:147506/141‑1 (MQ=255) tCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAAt > 1:215670/1‑141 (MQ=255) cAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAAGATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTaga < 1:585544/141‑1 (MQ=255) aaGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTGGTGCAAAATAGAATTagag > 1:467837/1‑141 (MQ=255) gTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACGACAAAT‑AAAAAATATAAATCTACACGTCAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGaa < 1:649829/141‑1 (MQ=255) tATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACAACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGTATTAGAGAat < 1:606026/141‑1 (MQ=255) gaTTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAat < 1:628602/140‑1 (MQ=255) aaGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGa < 1:746820/141‑1 (MQ=255) ggATCTTGGCTTTCTCAAAATCCAGAAATTTTCTTTAAAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGaaa < 2:58936/141‑1 (MQ=255) gATCTTGGTATTCTCACTGTCCAGCAATTATCTTTATAATTATTG‑CAGTATTTCTTATGATAGCTATATACTAAACTACAAAT‑CAAAAATATCCATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAACTAGAATTAGAGAATATAGcaaa > 2:240924/1‑141 (MQ=255) ttCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAA‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAAc < 1:386316/140‑1 (MQ=255) ttGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTGTTTCTTCTGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑CAAAAGTATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAAAATATAGAAAACaaa > 1:28296/1‑141 (MQ=255) tGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑ACAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGATAAAATAGAAAACaaaa > 2:237097/1‑141 (MQ=255) ggTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACaaaaa > 1:534085/1‑141 (MQ=255) tgtttGTCAATAACCAAAAATTTTCATTAAAATTGTAG‑AAATATTTCTTATGCTGTTTAATCACTAAAAAAAAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAg < 2:497558/139‑1 (MQ=255) ttttCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAgg > 1:175641/1‑141 (MQ=255) ctcAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACCAAAAGGAAtt < 1:607562/141‑1 (MQ=255) ctcAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAAGAAtt > 1:523043/1‑141 (MQ=255) tcAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAAttt > 2:687773/1‑141 (MQ=255) cAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CAATATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtc < 1:774636/141‑1 (MQ=255) aaTATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTtct > 1:816410/1‑141 (MQ=255) tatCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCa > 2:435886/1‑141 (MQ=255) tCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAg < 2:654124/141‑1 (MQ=255) cAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATTCTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTgaagaa > 1:562805/1‑141 (MQ=255) cAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGaa > 1:105096/1‑141 (MQ=255) cAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGaa > 1:674695/1‑141 (MQ=255) aaaTTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGATTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATAAAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACt < 2:234824/141‑1 (MQ=255) aaTTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACtt > 1:420402/1‑141 (MQ=255) aaTTTTCTTTATAATTGTAG‑AAATATTTCTTATACTGTATAATTACTAAACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACtt < 2:7352/141‑1 (MQ=255) tttCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAACTTCAACACAAGTCGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTag > 1:363332/1‑140 (MQ=255) ttCTTTATAATTCTAG‑CACTAATTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAAAAAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAg > 1:434395/1‑141 (MQ=255) ttATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTCCACAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTaaa < 1:524505/141‑1 (MQ=255) ttATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTaaa < 1:413194/141‑1 (MQ=255) ttATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAAAATTAGAGAATATAGAAAAAAAAAAGGAATTTATAAAGAAACTTAAGGTaaa > 1:737596/1‑141 (MQ=255) ataATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGa < 1:324863/141‑1 (MQ=255) ataATTGTAA‑CACTATTTCTTATGCTTTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTATTGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATATCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGa > 1:365963/1‑141 (MQ=255) aTTGTAG‑CACGATTTCTAAAGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCACAAGGTTAAATTAATGAAACATAGAATTAGAGAAAATAAAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAtt < 2:668078/141‑1 (MQ=255) aTTGGAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAAtt < 1:408388/141‑1 (MQ=255) ttGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTa < 1:144297/141‑1 (MQ=255) tGTAG‑CACTATTTCTTATGATGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATCTCTCTAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaa < 2:384596/141‑1 (MQ=255) tAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaaa > 2:288100/1‑141 (MQ=255) tAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAAAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTaaaa < 2:760701/141‑1 (MQ=255) aG‑CACTATTTATTATCCTGTTCAAGTAATAAACTACAAAT‑AAAAAATATACATCAAAATGGTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAAAAAAAAAAAAATAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAg < 2:551208/141‑1 (MQ=255) aG‑CACTAATTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTATCCTCAATCTTTAAGTAAAGAATTAAAAg < 2:808437/141‑1 (MQ=255) aCTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAgtgt > 1:75539/1‑141 (MQ=255) tATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCt > 2:107580/1‑141 (MQ=255) tATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCt > 2:605878/1‑141 (MQ=255) ttCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAgg > 1:713939/1‑141 (MQ=255) ttCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAgg < 2:454004/141‑1 (MQ=255) ttATGCTGTTTAAATACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCaa < 1:638460/141‑1 (MQ=255) tATGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCaaa < 1:251481/141‑1 (MQ=255) tATGCGGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCaaa < 2:81311/141‑1 (MQ=255) aTGCTGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAAc < 2:215670/141‑1 (MQ=255) gatGTTTAATTACTATACAACAAAT‑AAAAAATATCCATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGTATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAATAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTa < 2:33172/139‑1 (MQ=255) tGTTTAATTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTAtt > 1:270414/1‑141 (MQ=255) aaTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGc < 1:67185/141‑1 (MQ=255) aaTTACTATACTAAAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGc < 2:474107/141‑1 (MQ=255) aaTTACTATAATACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATTAAAAATAGAATTAGAGAAGATAGAAAAAACACGCGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGc < 1:158782/141‑1 (MQ=255) aTTACTATACTACAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAAAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCGCAAGAAACCTTAAGTGAAAAATCAAAAGAGTCTACCCAAACTCTTAAAGCa > 2:205144/1‑141 (MQ=255) aTTACTATACTACAAA‑GAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCa < 1:57012/141‑1 (MQ=255) ttACTATACTACAAAT‑AAAAAATATAGATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTGGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTGTTAAGTAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTTTTGGCAAACTTTTAATGCaa > 2:519888/1‑141 (MQ=255) tactatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAAt < 1:227395/141‑1 (MQ=255) actatactaCAAAT‑GAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATACAATa > 1:463224/1‑141 (MQ=255) actatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATCTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAACAGTGTGTAGGCAAACTATTAATGCAAtc > 1:132644/1‑140 (MQ=255) ctatactaCAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATaa > 2:578431/1‑140 (MQ=255) tacAAAT‑AAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACa > 2:262161/1‑141 (MQ=255) | ATTGTATGTTATTTACACTAGTGCTTAAATTTACAGGTTTGTCACCAAGTATTGAAGGATCTTGGTTTTCTCAATATCCAGAAATTTTCTTTATAATTGTAG‑CACTATTTCTTATGCTGTTTAATTACTATACTACAAATAAAAAAATATACATCTAAAGGTTAAATTAATGAAAAATAGAATTAGAGAATATAGAAAACAAAAAGGAATTTCTCAAGAAACTTTAAGTAAAGAATTAAAAGTGTCTAGGCAAACTATTAATGCAATAGAAAACAATAA > CP000731/25523‑25801 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |