| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 895785 = | 80 (1.160) | 5 (0.080) | 4/226 | NT | 7.1% | coding (806/822 nt) | metQ_2 | Methionine‑binding lipoprotein MetQ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 909740 | 61 (1.020) | intergenic (‑663/‑371) | USA300HOU_RS04500/csbD_1 | hypothetical protein/Stress response protein CsbD | |||||
CGCTCAAATCTGAGCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/895941‑895785‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttatttagcaggaataaTTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAAC < USA300TCH1516_ALE/909740‑909602 CGCTCAAATCTGAGCGTATTTTTTTGAGCAAAACTCGATCCTCTCCAGGTGCCACCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTAT < 1:604925/141‑1 CTCAAATCTGAGCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAACTAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTTTTTAATTGGTATTA > 2:196424/1‑141 CTCAAATCTGAGCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTA > 1:170190/1‑141 CTCAAATCAGAGCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTA < 1:424166/141‑1 AAATCTGAGCGTATTCTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTT > 1:621495/1‑141 CTGAGCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTTTTTTTTTTTTCACAAAAATAACCCCTTATTCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTgttct > 2:711587/1‑136 CTGAGCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCA > 1:790878/1‑141 AGCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGA < 1:312970/141‑1 tTTTTTTTTTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTCTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATAAT < 2:451799/140‑1 ATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAG < 1:412394/141‑1 CTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCA < 1:333913/141‑1 CTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTACTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCA < 1:650203/141‑1 CCTTAATCGTTTTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTA < 2:838777/141‑1 ATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCC < 1:711587/141‑1 aTTAGCAACAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCC < 1:305474/140‑1 TTTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCC > 2:449284/1‑141 TTAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCC > 1:208049/1‑141 TAGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCT < 2:649999/141‑1 AGCAGGAATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCACTTTTTTTGCACTT > 2:761656/1‑141 GCAGGAATAATTAGCCAGATTCTCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTG > 1:433247/1‑141 GGAATAATTAGTCAGATTATCAAGGAAGTTAAAGGGCAATCAAAACATTTGTATATATGCATTTAGAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAA > 2:805239/1‑141 ATAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTTCCCTTGAAAACA > 2:455032/1‑141 aAATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAA < 1:400601/140‑1 AATTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAAC > 1:105567/1‑141 CGCTCAAATCTGAGCGTATTTTTTTGTTTAAAATTCGATAATTTGCATATACTGCCCCTTTTGTGCCCTTTTTTATTTTCAATACCACAAAAATAACCCCTTAATCGTTGTTATTAAAGGGTATTTTTATTTAATTGGTATTATTTAGCAGGAATAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/895941‑895785‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttatttagcaggaataaTTAGCCAGATTATCAAGGAAGTTCAAGGGCAATCAAAACATTGTTATATATGCATTTATAAAATTTTCAAGATAATTTATTATTCATACCCTTGCCCTTTGTTTCAAAATTATGCCCTTTTTTTGCCCTTGAAAACAAC < USA300TCH1516_ALE/909740‑909602 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |