| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2085296 = | 66 (0.950) | 5 (0.080) | 5/232 | NT | 8.1% | coding (173/201 nt) | hlb_1 | Phospholipase C |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2128343 | 55 (0.890) | coding (1/825 nt) | hlb_2 | Phospholipase C | |||||
TGTAATTTTAAATTTAAAGTCCCTAAAAAGTCCCTAAAATTTTATTTTATATGAGGTATTATTGATAATGATAAAGTTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGATACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2085449‑2085296‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccagtttggatacaTAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTAACAAATGAGAATACACGGATGTA < USA300TCH1516_ALE/2128343‑2128205 TGTAATTTTAAATTTAAAGTCCCTAAAAAGTCCCTAAAATTTTATTTTATATGAGGTATTATTGATAATGATAAAGTTATAAACCTTGATCTTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTC > 2:570820/1‑141 GTAATTTTAAATTTAAGGTCCCTAAAAAGTCCCTAAAATTTTATTTTATATGAGTTATTATTGATAATGATAAAGTTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAATTCTCC < 2:417281/141‑1 TAATTTTAAATTTAAAGTCCCTAAAAAGTCCCTAAAATTTTATTTTATATGAGGTATTATTGATAATGATAAAGTTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCA > 2:676923/1‑141 TAATTTTAAATTTAAAGTCCCTAAAAAGTCCCTAAAATTTTATTTTATATGAGGTATTATTGATAATGATAAAGTTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCA > 1:578355/1‑141 TAATTTTAAATTTAAAGTCCCTAAAAAGTCCCTAAAATTTTATTTTATATGAGGTATTATTGATAATGATAAAGTTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCA > 1:704020/1‑141 TAATTTTAAATTTAAAGTCCCTAAAAAGTCCCTAAAATTTTATTTTATATGAGGTATTATTGATAATGATAAAGTTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCA > 1:92662/1‑141 TAATTTTAAATTTAAAGTCCCTAAAAAGTCCCTAAAATTTTATTTTATATGAGGTATTATTGATAATGATAAAGTTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTATCCA > 2:339075/1‑141 ATTTTAAATTGAAAGTCACCAATAAGTCCCTAAAATTTTATTTTATATGAGGTATTATTGATAATGATAAAGTTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGT < 1:262537/141‑1 TTTTAAATTTAAAGTCCCTAAAAAGTCCCTAAAATTTTATTTTATATGAGGTATTATTGATAATGATAAAGTTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTT > 2:831514/1‑141 taAAATTTAAAGGCCCTAAAAAGTCCCTAAAAATTTATTTTATATGAGGTATTATTGATAATGATAAAGTTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTG < 1:328110/139‑1 TAAATTTAAAGTCCCTAAAAAGTCCCTAAAATTTTATTTTATATGAGGTATTATTGATAATGATAAAGTTATAAACCTGGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGG > 2:8137/1‑141 AAATTTAAAGTCCCTAAAAAGTCCCTAAAATTTTATTTTATATGAGGTATTATTGATAATGATAAAGTTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGA > 1:518035/1‑141 AATTTAAAGTCCCTAAAAAGTCCCTAAAATTTTATTTTATATGAGGTATTATTGATAATGATAAAGTTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGTTTGTTTTTTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGtt > 2:292449/1‑139 TGATAATGATAAAGTTATAAACCTTGATATTCTGCTGTTTTACTTTTTGAATGATCAGTAATTTTATGTTAAAGGTCTCCAGTTTGGGTAGATAGAAACCTTGTAACAACAGTCTTTCTTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGG > 1:30764/1‑141 AATGATAAAGTTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCC < 2:551256/141‑1 TTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACAT > 2:309021/1‑141 AGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGATACATAGTAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAA < 2:366021/141‑1 TAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTGTTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATT > 1:740833/1‑141 TCTCCAGTTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTAACAAATGA < 2:112820/141‑1 TTTGGATACCTAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTAACAAATGAGAATACA < 2:451821/141‑1 TTTGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTAACAAATGAGAATACA < 1:174858/141‑1 TGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTAACAAATGAGAATACACG < 1:811339/141‑1 TGGATACATAGAAACCTTGTAACAACAGTACTTATTGGGTTTGGAGTCCCTCATGGGTACCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTTCTCTTCATTAAATTTTTATTCTTACAAATGAGAATACACG > 2:43024/1‑141 TGGATAAACAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTTTTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCACCAAATTAACTACTTTATAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTGCATTAAATTTTTCTTCTAACAAATGAGAATACACG < 1:801729/141‑1 atATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTAACAAATGAGAATACACGGATGT < 2:269818/139‑1 CATAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTAACAAATGAGAATACACGGATGTA > 1:772641/1‑141 TGTAATTTTAAATTTAAAGTCCCTAAAAAGTCCCTAAAATTTTATTTTATATGAGGTATTATTGATAATGATAAAGTTATAAACCTTGATATTATGCTGTTTTACTTTTTGAATGATAAGTAATTTTATGTTAAAAGTCTCCAGTTTGGATACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2085449‑2085296‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccagtttggatacaTAGAAACCTTGTAACAACAGTATTTATTGGGTTTGGAGTCCCTAATGGGTCCCTAAATTACATACTTTCTAAAATTTTAGTTGTTTTTTTGTCCTCTTCATTAAATTTTTCTTCTAACAAATGAGAATACACGGATGTA < USA300TCH1516_ALE/2128343‑2128205 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |