| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_012417 | 1947 = | 738 (0.920) | 3 (0.000) | 3/244 | NT | 0.44% | intergenic (+180/+146) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | 2073 = | 658 (0.880) | intergenic (+306/+20) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 971 total aligned reads displayed.
TCACACTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAT > NC_012417/1807‑2087 | tcaccttGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAAT‑AAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAAtt < 1:207275/135‑1 (MQ=255)tCACACTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAGGAAAAATCTGATTATCATCAAGATCATAAAAAATAGACGACGAATTTCTGCCGA‑AAAAtt > 2:106749/1‑141 (MQ=255)tCACACTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAAt > 1:803499/1‑141 (MQ=255)aacttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaactacgggttactttagatactatttattccaattgct < 2:244790‑M1/1‑1 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ttGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGGTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGATTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCCTGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTAtt < 2:700035/140‑1 (MQ=255) gttgttttttATTCCGACTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCGTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTAGCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTAtt < 2:819933/137‑1 (MQ=255) cTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAAGATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTAtt > 1:114303/1‑141 (MQ=255) aagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggtaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTATTg > 2:785074‑M1/135‑141 (MQ=255) aagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatgttttcgaaggatgttcacttttatcttatataggggttacgttatattctatttattccaattgcTTTATTg > 1:752345‑M1/135‑141 (MQ=255) aagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaacctagctggaatcgcagctactatggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgcTTTATTg < 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(MQ=255) | TCACACTGTTTTTTTATTCCTATTGGTGTTGTTGCTTACTTTTTGTTTTTCTATAAAGATGATGCTTTTGACGAGATGGAAGAAAAATATGATTATCATGAAGATAATAAAAAATAGACGACGCATTTATGCCGAGAAAATTTATTGATGTTGAGAAGAACCCTTAACTAAACTTGCAGACGAATGTCGGCATAGCGTGAGCTATTAAGCCGACCATTCGACAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAAT > NC_012417/1807‑2087 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |