| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 293,940 | C→T | 34.5% | intergenic (+57/‑471) | gatD → / → tarI' | Galactitol‑1‑phosphate 5‑dehydrogenase/Ribitol‑5‑phosphate cytidylyltransferase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 293,940 | 0 | C | T | 34.5% | 91.2 / 55.8 | 78 | intergenic (+57/‑471) | gatD/tarI' | Galactitol‑1‑phosphate 5‑dehydrogenase/Ribitol‑5‑phosphate cytidylyltransferase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/28); new base T (10/17); total (33/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
CCGTTAGAAAAAGGCCCGGAGACATTTGATAAATTAGTTAACAAGAAAGAACGATTTGATAAAGTCATGTTTACGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGTTGATAAATAGCCGGTTTACTTGTGTGAAATATGCTTGTGAATCGGTTGTTTTGCATTTTGTATACTTAAAATGAGATGGCAATATTTGATAA > USA300TCH1516_ALE/293800‑294080 | ccGTTAGAAAAAGGCCCGGAGACATTTGATAAATTGGTTAACAAGAAAGAACGATTTGATAAAGTCATGTTTACGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGc < 2:732514/141‑1 (MQ=255)ccGTTAGAAAAAGGCCCGGAGACATTTGATAAATTAGTTAACAAGAAAGAACGATTTGATAAAGTCATGTTTACGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGc > 2:750584/1‑141 (MQ=255) cGTTAG‑AAAAGGCCCGGAGACATTTGATAAATTAGTTAACAAGAAAGAACGATTTGATAAAGTCATGTTTACGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGTGAATGCCg < 2:155919/141‑1 (MQ=255) gTTAGAAAAAGGCCCGGAGACATTTGATAAATTAGTTAACAAGAAAGAACGATTTGATAAAGTGATGTTTACGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCg < 2:266766/141‑1 (MQ=255) ttAGAAAAAGGCCCGGAGACATTTGATAAATTAGTTAACAAGAAAGAACGATTTGATAAAGTCATGTTTACGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGt < 2:675419/141‑1 (MQ=255) gAAAAAGTCCCGGATACATTGGATGAATTAGTTAACAAGAAAGAACGATTTGATAAAGCCATGTTTCAGTTATATTAGTCTGCACCCTTGAGGACGAAAACGGTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGTCTg < 2:90891/141‑1 (MQ=255) gAAAAAGGCCCGGAGACATTTGATAAATTAGTTAACAAGAAAGAACGATTTGATAAAGTCATGTTTACGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGTCGTCTg < 2:70920/141‑1 (MQ=255) ccGGAGACATTTGATTAATTAGTTAACAAGAAAGAACGATTTGATAAAGTCATGTTTACGATTTATTAGTATGCACCTTTGCGGACAAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGTCTGGTCTATAGa < 1:785839/141‑1 (MQ=255) ccGGAGACATTTGATAAATTAGTTAACAAGAAAGAACGATTTGATAGAGTCATGTTTACGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTCATAGCTATGAAAGTGCGAATGACGTCTGGTCTATAGa > 1:590346/1‑141 (MQ=255) ccGGAGACATTTGATAAATTAGTTAACAAGAAAGAACGATTTGATAAAGTCATGTTTACGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATGGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGTCTGGTCTATAGa > 1:132001/1‑141 (MQ=255) ccGGAGACATTTGATAAATTAGTTAACAAGAAAGAACGATTTGATAAAGTCATGTTTACGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGTCTGGTCTATAGa > 1:235278/1‑141 (MQ=255) ccGGAGACATTTGATAAATTAGTTAACAAGAAAGAACGATTTGATAAAGTCATGTTTACGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGTCTGGTCTATAGa > 1:3824/1‑141 (MQ=255) cGGAGACATTTGATAAATTAGTTAACAAGAAAGAACGATTTGATAAAGTCATGTTTACGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAATACGAAGGCCGTCTGGTCTATAGAt > 2:840117/1‑141 (MQ=255) agaCATTTGATAAATTAGTGAACAAGAAAGAACGATTGGATAAAGTCATGTTTACGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCTAATGCCGTCTGGTCTATAGATACt < 1:533428/141‑1 (MQ=255) aCATTTGATAAATTAGTTAACAAGAAAGAACGATTTGATAAAGTCATGTTTACGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGTCTGGTCTATAGATACTAt < 2:293252/141‑1 (MQ=255) cATTTGATAAATTAGTTAACAAGAAAGAACGATTTGATAAAGTCATGTTTACGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGTCTGGTCTATAGATACTATc < 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agaaagaaCGATTTGATAAAGTCATGTTTAAGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCTAATGTTGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAata < 1:72328/141‑1 (MQ=255) agaaagaaCGATTCGATAAAGTCATGTGTACGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTTGTATAGTTATCGCTAGGAAAGTGCTAATGTCGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTCCGAata < 2:462681/141‑1 (MQ=255) aaagaaCGATTTGATAAAGTCATGTTTACGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGTCGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGACtata > 1:410986/1‑141 (MQ=255) aaagaaCGATTTGATAAAGTCATGTTAACGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGTCGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAAtata > 2:502454/1‑141 (MQ=255) aagaaCGATTTGATAAAGTCATGTTTACGATTTATTAGAATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGTCGTCTGGTCGAAAGCTCCTATCGAAATAATTCATCTTCGAAAATAc > 2:109242/1‑141 (MQ=255) agaaCGATTTGATAAAGTCATGTTTACGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACg < 1:120866/141‑1 (MQ=255) aaCGATTTGATAAAGTCATGTTTACGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGtt > 1:247616/1‑141 (MQ=255) aaCGATTTGATAAAGTCATGTTTACGATTTATTAGTATGCACCTTAGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGtt > 2:763807/1‑141 (MQ=255) gATTTGATCAAGTCATGTTTACGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGTCTGGTCTAGAGAGACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGTTGaa > 2:694423/1‑140 (MQ=255) gATTTGATAAAGTCATGTTTACGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGTTGAt > 2:131842/1‑141 (MQ=255) aTTTGATAAAGTCATGTTTACGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGTTGATa > 1:81798/1‑141 (MQ=255) aTAAAGTCATGTTTACGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGTTGATAAATAg < 1:636808/141‑1 (MQ=255) aaaGTCATGTTTACGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGTTGATAAATAGcc < 1:507610/141‑1 (MQ=255) aaGTCATGTTTACGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGTCGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGTTGATAAATAGCCg < 2:630065/141‑1 (MQ=255) aaGTCATGTTTACGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGTCGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGTTGATAAATAGCCg < 1:750786/141‑1 (MQ=255) cATGTTAACGATTTATGTGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCGGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAGTGTCGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGTTGATAAATAGCCGGttt < 2:78263/141‑1 (MQ=255) ttACGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGTCTGGTCTATAGATACTGTCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGTTGATAAATAGCCGGTTTACTtg > 2:706233/1‑141 (MQ=255) tACGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGTTGATAAATAGCCGGTTTACTtgt > 1:70353/1‑141 (MQ=255) aCGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGTTGATAAATAGCCGGTTTACTtgtg > 1:105238/1‑141 (MQ=255) cGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGTTGATAAATAGCCGGTTTACTtgtgt > 2:582815/1‑141 (MQ=255) aTTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGTTGATAAATAGCCGGTTTACTTGTGTGa < 1:761682/141‑1 (MQ=255) tttATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGGTGATAAATAGCCGGTTTACTTGTGTGaa < 1:284757/141‑1 (MQ=255) ttattaGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGTTGATAAATAGCCGGTTTACTTGTGTGaaa < 2:731507/141‑1 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2:782134/141‑1 (MQ=255) cTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGTTGATAAATAGCCGGTTTACTTGTGTGAAATAATCTTGTGAATc > 1:270812/1‑141 (MQ=255) tttGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATAGCTTGATTAAGAGCCGGTTTACTTGTGTGAAATATGCTTGTGAATCg > 1:646203/1‑141 (MQ=255) tttGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGTTGATAAATAGCCGGTTTACTTGTGTGAAATATGCTTGTGAATCg > 2:276987/1‑141 (MQ=255) tttGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATATCGGCTGTTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGTTGATAAATAGCTCGATTACTTGTGTGAAATATGCTTGTGAATCg > 2:12716/1‑141 (MQ=255) tttGAGGACGAAAACGCGGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAAGGTCGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGTTGATAAATAGCCGGTGTACTTGTGTGAAATATGCTTGTTaagtg > 2:731076/1‑138 (MQ=255) ttGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGTCGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGTTGATAAATAGCCGGTTTACTTGTGTGAAATATGCTTGTGAATCgg < 2:46495/141‑1 (MQ=255) tGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGTTGATAAATAGCCGGTTTACTTGTGTGAAATATGCTTGTGAATCGgt > 2:479673/1‑141 (MQ=255) aGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGTCGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGTTGATAAATAGCCGGTTTACTTGTGTGAAATATGCTTGTGAATCGgttg > 1:282061/1‑141 (MQ=255) ggACGAAATCGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGTCTGTTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGTTGATAAATAGCCGGTTTACTTGTGTGAAATATGCTTGTGAATCGgttgt < 1:291566/141‑1 (MQ=255) gaagAAAACGCTGGGATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGGCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGTTGATAAATAGCCGGTTTACTTGTGTGAAATATGCTTGTGAATCGgttgtt < 1:25692/138‑1 (MQ=255) gACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGTTGATAAATAGCCGGTTTACTTGTGTGAAATATGCTTGTGTATCGgttgtt > 2:204995/1‑141 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(MQ=255) aTGTCGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGTTGATAAATAGCCGGTTTACTTGTGTGAAATATGCTTGTGAATCGGTTGTTTTGCATTTTGTATACTTAAAATGAGATGGCAATATTTGa < 1:682058/141‑1 (MQ=255) tGCCGTCTGGTTTATAAATACGCTTGAATTATTTCATCTTCGAATATACGTTAAAAGATTGTCGGTTTACGTTTGCGAAATGTGATTGTGAATCGGTGTTTTTGCATTTTGTATACTTTATATGAGATGTCAATATTTGAt < 2:330151/141‑1 (MQ=255) ccGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATTTACGTTGATAAATAGCCGGTTTACTTGTGTGAAATATGCTTGTGATTCGGTTGTTTTGCATTTTGTTTATTTAAAATGAGATGGGAATATTTGAtgt > 2:456305/1‑139 (MQ=255) ccGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGTTGATAAATAGCCGGTTTACTTGTGTGAAATATGCTTGTGAATCGGTTGTTTTGCATTTTGTATACTTAAAATGAGATGGCAATATTTGATaa > 1:390094/1‑141 (MQ=255) ccGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGTTGATAAATAGCCGGTTTACTTGTGTGAAATATGCTTGTGAATCGGTTGTTTTGCATTTTGTATACTTAAAATGAGATGGCAATATTTGATaa > 1:410459/1‑141 (MQ=255) | CCGTTAGAAAAAGGCCCGGAGACATTTGATAAATTAGTTAACAAGAAAGAACGATTTGATAAAGTCATGTTTACGATTTATTAGTATGCACCTTTGAGGACGAAAACGCTGGTATAGTTATAGCTATGAAAGTGCGAATGCCGTCTGGTCTATAGATACTATCGAAATAATTCATCTTCGAATATACGTTGATAAATAGCCGGTTTACTTGTGTGAAATATGCTTGTGAATCGGTTGTTTTGCATTTTGTATACTTAAAATGAGATGGCAATATTTGATAA > USA300TCH1516_ALE/293800‑294080 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |