| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 297,476 | T→A | 5.4% | F437Y (TTC→TAC) | tarK → | Teichoic acid ribitol‑phosphate polymerase TarK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 297,476 | 0 | T | A | 5.4% | 276.6 / 2.2 | 96 | F437Y (TTC→TAC) | tarK | Teichoic acid ribitol‑phosphate polymerase TarK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/52); new base A (3/3); total (41/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGTTATTCTATTCGCACCGACATTTAGAGGTAATGGTCACGGTACGGCACATTATCCATTTTTTAAAATTGATTTTGAACGTTTAGCAAGATACTGCGAGAAGCATAATGCAGTTGTGTTATTCAAAATGCATCCGTTCGTAAAAAATAGACTTAATATTTCACGTGAACATAGACAATACTTTATCGATGTGTCAGATCATCGTGAAGTTAACGATATTCTCTTTGTTACAGACTTGTTGATTAGTGATTATTCATCTTTAATATATGAATATGCA > USA300TCH1516_ALE/297339‑297615 | aGTTATTCTAGTCGCACCGACATTTAGAGGTAATGGTCACGGTACGGCACATTATCCATTTTTTAAAATTGATTTTGAACGTTTAGCAAGATACTGCGAGAAGCATAATGCAGTTGTGTTATTCAAAATGCATCCGTTCGt < 2:838786/141‑1 (MQ=255) ttATTCTATTCGCACCGACATTTAGAGGTAATGGTCACGGTACGGCACATTATCCATTTTTTAAAATTGATTTTGAACGTTTAGCAAGATACTGCGAGAAGCATAATGCAGTTGTGTTATTCAAAATGCATCCGTTCGTaa < 2:314274/141‑1 (MQ=255) ttATTCTATTCGCACCGACATTTAGAGGTAATGGTCACGGTACGGCACATTATCCATTTTTTAAAATTGATTTTGAACGTTTAGCAAGATACTGCGAGAAGCATAATGCAGTTGTGTTATTCAAAATGCATCCGTTCGTaa < 1:765906/141‑1 (MQ=255) tttctattcGCACCGACATTTAGAGGTAATGGTCACTGTACGGCACATTATCCATTTTTTAAAATTGATTTTGAACGTTTAGCAAGATACTGCGAGAAGCATAATGCAGTTGTGTTATTGAAAATGCATCCGTTCGTaaaa < 1:433340/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tGCATCCGTTCGTAAAAAATAGACTTAATATTTCACGTGAACATAGACACTACTTTATCGATGTGTCAGATCATCGTGAAGTTAACGATATTCTCTTTGTTACAGACTTGTTGATTAGTGATTATTCATCTTTAATATATg < 2:131913/141‑1 (MQ=255) ttCGTAAAAAATAGACTTAATATTTCACGTGAACATAGACAATACTTTATCGATGTGTCAGATCATCGTGAAGTTAACGATATTCTCTTTGTTACAGACTTGTTGATTAGTGATTATTCATCTTTAATATATGAatataga > 2:482919/1‑138 (MQ=255) | AGTTATTCTATTCGCACCGACATTTAGAGGTAATGGTCACGGTACGGCACATTATCCATTTTTTAAAATTGATTTTGAACGTTTAGCAAGATACTGCGAGAAGCATAATGCAGTTGTGTTATTCAAAATGCATCCGTTCGTAAAAAATAGACTTAATATTTCACGTGAACATAGACAATACTTTATCGATGTGTCAGATCATCGTGAAGTTAACGATATTCTCTTTGTTACAGACTTGTTGATTAGTGATTATTCATCTTTAATATATGAATATGCA > USA300TCH1516_ALE/297339‑297615 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |