| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 973,213 | C→A | 100% | E175* (GAG→TAG) | yitU_1 ← | 5‑amino‑6‑(5‑phospho‑D‑ribitylamino)uracil phosphatase YitU |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 973,213 | 0 | C | A | 100.0% | 236.1 / ‑6.5 | 76 | E175* (GAG→TAG) | yitU_1 | 5‑amino‑6‑(5‑phospho‑D‑ribitylamino)uracil phosphatase YitU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (37/37); total (38/38) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
ATCTTCATCACCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTCAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTGGAT > USA300TCH1516_ALE/973076‑973344 | aTCTTCATCACCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAat > 1:432276/1‑141 (MQ=255) cTTCATCACCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAACGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAatat < 1:564448/141‑1 (MQ=255) ttCATCACCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGGGTCGATGCGAAATATg > 2:5322/1‑141 (MQ=255) tcatcaCCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCACCAGCGTCGATGTTAAATATGa > 2:207013/1‑141 (MQ=255) catcaCCGAATGCAATAATATTATTTCGGTTAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTCCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTCAATATGAt > 2:174083/1‑141 (MQ=255) tcaCCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGTCCCAGCGTCGCTGCTAAATATGCTCg > 2:400762/1‑141 (MQ=255) caCCGAATGCTATAATATTATTTCGGGTAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTAAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGAtaag < 2:237951/141‑4 (MQ=255) caCCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATTACAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCgg < 1:295121/141‑1 (MQ=255) cgatggCAATAATATTATTTCGGTAAATATTTAAAAATTGTCTAATTTGCTCACTGCCTCTTGCTTTATTAATACCTCGTTGTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCAt < 2:362306/136‑1 (MQ=255) aaTGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATaa > 1:803320/1‑141 (MQ=255) aaTGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATaa > 1:407685/1‑141 (MQ=255) aaTGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATaa > 1:665714/1‑141 (MQ=255) aTGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATAGGCATaaa > 2:399732/1‑141 (MQ=255) gCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCCAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATaaaaa < 1:175841/141‑1 (MQ=255) gCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCCGCGTCGGTGCTAAATATGATCGGCATaaaaa > 1:70628/1‑141 (MQ=255) gCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATaaaaa < 1:705233/141‑1 (MQ=255) cAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGCATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAAt > 1:569982/1‑141 (MQ=255) cAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAAt < 2:56939/141‑1 (MQ=255) cAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAAt > 1:340970/1‑141 (MQ=255) cAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAAt > 2:481490/1‑141 (MQ=255) aataatATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATg > 1:231905/1‑141 (MQ=255) aaataTTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCGATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAg < 1:504214/140‑1 (MQ=255) atatTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACAAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTa > 2:314898/1‑141 (MQ=255) attattTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAg < 1:757636/141‑1 (MQ=255) ttattTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATAAAAAACAAAAAAATGAGTAAGc < 2:675119/141‑1 (MQ=255) tattTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCGTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCa < 1:176005/141‑1 (MQ=255) gTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGACACAACGTCTATCCTAAATATGATCGGCATAAAAATAAGTAAGCATAttttt > 2:712658/1‑141 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1:726650/1‑141 (MQ=255) aaaTTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTAt > 2:687281/1‑141 (MQ=255) aaTTGTCTAACTTGCTCACTGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTAtt < 1:525605/141‑1 (MQ=255) ttCTAACTCGCTCAATGCCTCCTCCTTTATTTATACCAAGTTTTACAATTTCCCTGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTAc < 1:174083/140‑1 (MQ=255) gTCTAAATTACGCAATGACTCTCGGTTTATTAATCGCCAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCTGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTTATTTCAGGTATTTTAc < 2:500543/141‑1 (MQ=255) cTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACtt > 2:18865/1‑141 (MQ=255) aCTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTttct < 1:597925/141‑1 (MQ=255) ttGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTttcttc < 2:718799/141‑1 (MQ=255) ttGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTAAGGTATTTTACTttcttc > 1:68310/1‑141 (MQ=255) tGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCg < 2:174715/141‑1 (MQ=255) cTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGc < 1:327326/141‑1 (MQ=255) aaTGCCTCCTGCTTCATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGCCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTc < 1:159384/141‑1 (MQ=255) aTGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCa < 1:111775/141‑1 (MQ=255) gCCTCGTGCTTTATTGCTGGCAAGGTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGGTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAAt < 2:627924/141‑1 (MQ=255) ctTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTaaa > 2:451662/1‑141 (MQ=255) attaATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGt < 1:729062/141‑1 (MQ=255) taATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAg < 2:102192/141‑1 (MQ=255) aTACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAggg > 1:327836/1‑141 (MQ=255) tACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAgggg < 2:669610/141‑1 (MQ=255) aCCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCATGTATTTAACATTCTCCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGa > 2:522966/1‑141 (MQ=255) tcAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGAt < 2:378093/140‑1 (MQ=255) gTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCtt < 2:451172/141‑1 (MQ=255) gTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATACGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCtt < 2:274548/141‑1 (MQ=255) tttACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTc > 2:353433/1‑141 (MQ=255) tACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAGAATTGAGGTAGGGGGTTCTTTCag > 2:654978/1‑140 (MQ=255) aCAATTTCAATGACAGGGCATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAg > 2:776829/1‑141 (MQ=255) tttCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGa < 1:545477/141‑1 (MQ=255) tCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACa < 1:649191/141‑1 (MQ=255) tCAATGACAGGGAATGGTGCCCCCCAGCCTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGAGTCTTTCAAGTGGACa < 1:623300/141‑1 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1:314898/141‑1 (MQ=255) ggAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAGGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTATTTCAAGTGGACAAGTAAATTAc > 2:234069/1‑141 (MQ=255) tGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTGCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGt < 2:340970/141‑1 (MQ=255) ggTGCGCCCCAGCGTCGATGCTTAATAAGATCGGAATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGtt < 2:702448/141‑1 (MQ=255) ggTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTGCTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACGAGtt > 1:47164/1‑141 (MQ=255) gTGCGCCCCTGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATAGTTTTGAGTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCCTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGttt < 2:14870/141‑1 (MQ=255) cgcCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGaa < 1:481490/141‑1 (MQ=255) aGCGTCGATTCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGTGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTg < 2:486817/141‑1 (MQ=255) aGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTATTg > 1:265376/1‑141 (MQ=255) gTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTGGAt < 1:380007/141‑1 (MQ=255) | ATCTTCATCACCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTCAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTGGAT > USA300TCH1516_ALE/973076‑973344 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |