| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,105,994 | T→C | 100% | T12T (ACT→ACC) | pdhD → | Dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,105,994 | 0 | T | C | 100.0% | 232.7 / NA | 68 | T12T (ACT→ACC) | pdhD | Dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (34/34); total (34/34) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TTGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCATT > USA300TCH1516_ALE/1105858‑1106131 | ttGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACcatcg > 1:732824/1‑139 (MQ=255)ttGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAg < 1:597018/141‑1 (MQ=255)ttGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAg > 1:782039/1‑141 (MQ=255)ttGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAAGTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAg > 1:609874/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) gATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATAACTCAGATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAACCAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGCCCt > 2:807300/1‑141 (MQ=255) gATGGTGCAACTGGCAAACCGGTAATTAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTccg > 2:809385/1‑140 (MQ=255) aTGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCtg < 2:834387/141‑1 (MQ=255) tGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCtgg > 2:719620/1‑141 (MQ=255) gTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCtggtg < 1:549862/141‑1 (MQ=255) gTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCtggtg < 1:550033/141‑1 (MQ=255) gCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTCATCGGAGCAGGACCTGGTGGa < 2:701388/141‑1 (MQ=255) gCAACTGGCCAAAATCCAATGAATAACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGa < 1:37462/141‑1 (MQ=255) aCTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGGTACCATGGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGAtcc > 2:366539/1‑139 (MQ=255) gcaaaaaTGTAATTAATAACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTg < 2:671180/138‑1 (MQ=255) gCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGATGTGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTg < 2:733801/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tctaTTAAACGTTTATGAAAGAATCCAGAATTAATATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAGTTGAAACATATACCATAGTATTCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCt < 2:199421/138‑1 (MQ=255) caTTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCCGCAATTCGTGCAGCtga < 2:768892/141‑3 (MQ=255) aCGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAgg > 1:349259/1‑141 (MQ=255) gTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATATCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAc < 2:299013/141‑1 (MQ=255) tttATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACa < 2:787204/141‑1 (MQ=255) tattaAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACaaa > 2:659579/1‑141 (MQ=255) attaAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATGCGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCCATTCGGACaaca > 1:117265/1‑139 (MQ=255) aataatCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTa < 1:783989/141‑1 (MQ=255) ataatCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTaa > 1:243595/1‑141 (MQ=255) ataatCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTaa > 1:481464/1‑141 (MQ=255) ccAGAATTATTATTAATGGGGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGGGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGGAAAACAGTacgaatg > 1:143315/1‑135 (MQ=255) 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(MQ=255) ttaATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGt < 1:167189/141‑1 (MQ=255) tGGAGGCGTAAAACATGGGAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATc < 1:212251/141‑1 (MQ=255) gTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTtggtgg > 1:750150/1‑141 (MQ=255) tAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGTTACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTAGAGAAAGGCAATCTTggtggt < 1:433937/141‑1 (MQ=255) tAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTggtggt < 2:349259/141‑1 (MQ=255) aaaaCATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAGCAATCGTTGCGAAAGGTAATCTTGgtggtg > 1:459855/1‑141 (MQ=255) aaaCATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGgtgt > 1:617228/1‑141 (MQ=255) aaCATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGtt < 1:816229/141‑1 (MQ=255) ggTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCtt > 1:617373/1‑141 (MQ=255) aGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTaaa > 2:686432/1‑141 (MQ=255) aGTTGCAGAGTTCTCAATAGAGACAGATAACATAGTAATCGGAGCAGTTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTGGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACTATCGTTGAGAAAGGAACTTTTGGGGTTGTTTGCTTaaa < 2:181778/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaCAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCcaa > 1:585422/1‑141 (MQ=255) aaCAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCaaa > 2:474517/1‑141 (MQ=255) aaCAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCaaa > 1:335709/1‑141 (MQ=255) aaCAGATACCAAAGTAATCGGAGCAGGGCCCGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCGCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCaaa < 1:146109/141‑1 (MQ=255) aaCAGAAACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGAAGCGCAATAAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGAGGTATTCCTTCaaa > 2:464002/1‑141 (MQ=255) aaCACATATCATAGTAATCGGAGGAGGTCCTGGTGGGTATGTTGCAGCTATTCCTGCAGCTCAATTAGGTCGAAAAGCCTCAATCGTTCAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCaaa < 2:127366/141‑1 (MQ=255) aTACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCAt > 2:806967/1‑141 (MQ=255) tACCATAGTATTCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCTATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAGCAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCAtt < 2:683644/141‑1 (MQ=255) | TTGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCATT > USA300TCH1516_ALE/1105858‑1106131 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |