Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA USA300TCH1516_ALE 1,539,250 C→G 100% intergenic (‑349/+37) aroC ← / ← USA300HOU_RS07505 Chorismate synthase/hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE1,539,2500CG94.6% 122.3 / ‑4.7 40intergenic (‑349/+37)aroC/USA300HOU_RS07505Chorismate synthase/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  major base G (19/18);  minor base A (0/3);  total (19/21)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

TGCATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGT  >  USA300TCH1516_ALE/1539116‑1539385
                                                                                                                                      |                                                                                                                                       
tGCATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTa                                                                                                                                   <  1:68871/141‑1 (MQ=255)
  catcatATAATTATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATATTCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaa                                                                                                                                 <  1:807807/141‑1 (MQ=255)
          aaTCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTAt                                                                                                                         <  1:598157/141‑1 (MQ=255)
          aaTCATTAATCAAAAATGATTAGCCGTTTTACAATAATCCTATAGCAACGATACTAAATAATATACTGATTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGGTTAAAAAAATTAt                                                                                                                         <  2:294799/141‑1 (MQ=255)
           aTCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATg                                                                                                                        >  2:16955/1‑141 (MQ=255)
           aTCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATg                                                                                                                        >  1:459835/1‑141 (MQ=255)
               ttaattaaAAATTATTAGCCGTTTTAATATAAACCGCTTTAGGTTTAATTTAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTCATCTGTGCGTCTTATTCTATTATGatat                                                                                                                    <  2:801484/141‑1 (MQ=255)
               ttaattaaAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGatat                                                                                                                    <  1:641268/141‑1 (MQ=255)
                taattaaAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATAtt                                                                                                                   <  1:812789/141‑1 (MQ=255)
                  attaaAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTaa                                                                                                                 <  1:323587/141‑1 (MQ=255)
                    taaAAATGATTAGACATTTAAATATAATAGTATAGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTGAATAAAAAAAAAAAAAAAAATTATGATATTaaaa                                                                                                               <  2:399850/141‑1 (MQ=255)
                     aaaaaTGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAat                                                                                                              >  2:43683/1‑141 (MQ=255)
                       aaaTGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAatat                                                                                                            <  1:177098/141‑1 (MQ=255)
                                  cGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCCTTTAAAAAAATTAAGATATTAAAATATACATATGTTaa                                                                                                 <  1:538629/141‑1 (MQ=255)
                                  cGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGGTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTaa                                                                                                 <  2:604023/141‑1 (MQ=255)
                                   gTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAg                                                                                                <  1:25520/141‑1 (MQ=255)
                                        aaTATAAGCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCtt                                                                                           >  2:76526/1‑141 (MQ=255)
                                         atatAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACCTATGTTAAGCGCttt                                                                                          >  1:241096/1‑141 (MQ=255)
                                                 ttATCGCAACTATAGCAAATAAAAAACTGACTACATTTCTCAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAAAAAATAAAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATAc                                                                                  <  2:216854/140‑1 (MQ=255)
                                                   aTCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACtt                                                                                >  1:305456/1‑141 (MQ=255)
                                                   aTCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACtt                                                                                >  1:740005/1‑141 (MQ=255)
                                                               gCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCaaaaa                                                                    >  1:685979/1‑141 (MQ=255)
                                                                  aagtatatGCTTATTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATACAGTTAATCCGTGCGTTTATACATAGTGTGTTATTAAAACATGCATATGCTGAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAatat                                                                 <  2:138699/137‑1 (MQ=255)
                                                                    taataTACTGACTACAGTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATaa                                                               <  1:81819/141‑1 (MQ=255)
                                                                     aataTACTGACTACATTTCTTAATACAAGAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATGATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAAt                                                              >  1:540236/1‑141 (MQ=255)
                                                                     aataTACTGACTACATTTCCTAAGACAAAAGAACGAAATTTTAATTATTAATAAAGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAAt                                                              <  2:271489/141‑1 (MQ=255)
                                                                                  cATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACt                                                 >  2:506653/1‑141 (MQ=255)
                                                                                     ttCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTCATAAt                                              >  2:235780/1‑141 (MQ=255)
                                                                                      tCTTACTACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATa                                             <  1:309231/141‑1 (MQ=255)
                                                                                      tCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTATTa                                             >  1:758176/1‑141 (MQ=255)
                                                                                        ttAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACa                                           <  2:675430/141‑1 (MQ=255)
                                                                                           aTACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACCAATACATaa                                        >  1:123325/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                    aacgaacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATAAATAAAAAATATaa                               >  2:431886/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                      agaacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAAt                             <  2:744833/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                       gaacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATg                            >  2:534301/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                               aaTTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAGTTATGATGTTAAATTATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTAAg                    >  1:197988/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                               aaTTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACAAAAAAAATATAAATGAGAGACAg                    >  1:304779/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                   attaAGAAAGTTAATCGGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATCAAACGATACAAGTGTGAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACAGCAAAAATATAATCAATTCTATTACTAAAGCATAAAAAATGTAAAAGAGAGTCAgaaca                >  2:551375/1‑137 (MQ=255)
                                                                                                                               aaTCAGTGCGTTAAAAAAAATTATGATATAAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAACATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATAGAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAAttttt    <  1:357997/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                 tCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGt  >  2:516039/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                      |                                                                                                                                       
TGCATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGT  >  USA300TCH1516_ALE/1539116‑1539385

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑