| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,206,678 | T→A | 5.2% | L81* (TTA→TAA) | rodA → | Peptidoglycan glycosyltransferase RodA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,206,678 | 0 | T | A | 5.2% | 241.5 / 2.6 | 76 | L81* (TTA→TAA) | rodA | Peptidoglycan glycosyltransferase RodA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/31); new base A (2/2); total (43/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.10e-01 | |||||||||||
CTTATTAACTCGGCAATGGGCGGTGGTCAATACAGTGCTAATTTCGGTATCAGACAAATTTTTTATTACATTTTAGGTGCAATTTTTGCAGGTATCATCATGTTTATTTCACCTAAAAAGATTAAACATTATACATATTTATTGTATTTCTTAATCTGTCTATTATTAATAGGCTTGCTCGTTATTCCTGAGTCACCTATTACACCTATTATCAATGGTGCCAAAAGTTGGTACACGTTTGGCCCTATCAGTATTCAGCCATCTGAATTCATGAA > USA300TCH1516_ALE/2206539‑2206813 | cTTATTAACTCGGCAATGGGCGGTGGTCAATACAGTGCTAATTTCGGTATCAGACAAATTTTTTATTACATTTTAGGTGCAATTTTTGCAGGTATCATCATGTTTATTTCACCTAAAAAGATTAATCATTATACAtattta < 2:234024/141‑1 (MQ=255)cTTATTAACTCGGCAATGGGCGGTGGTCAATACAGTGCTAATTTCGGTATCAGACAAATTTTTTATTACATTTTAGGTGCAATTTTTGCAGGTATCATCATGTTTATTTCACCTAAAAAGATTAAACATTATACAtattta > 1:516136/1‑141 (MQ=255) ttaACTCGGCAATGGGCGGTGGTCAATACAGTGCTAATTTCGGTATCAGACAAATTTTTTATTACGTTTTAGTTGCAATTTTTGCAGGTCTCAGAATGTTTAATTCACCTAAAAAGATTAAACATTATACATATATATTGt > 2:625846/1‑141 (MQ=255) ttaACTCGGCAATGGGCGGTGGTCAATACAGTGCTAATTTCGGTATCAGACAAATTTTTTATTACATTTTAGGTGCAATTTTTGCAGGTATCATCATGTTTATTTCACCTGAAAAGATTAACCATTATACATATTTATTGt > 2:530620/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) gCAATGGGCGGTGGTCAATACAGTGCTAATTTCGGTATTAGACAAATTTTTTATTACATTTTAGGTGCAATTTTTGCAGGTATCATCATGTTTATTTCACCTAAAAAGATTAAACATTATACATATTTATTGTATTTCTTa < 2:333801/141‑1 (MQ=255) gCAATGGGCGGTGGTCAATACAGTGCTAATTTCGGTATCAGACAAATTTTTTATTACATTTTAGGTGCAATTTTTGCAGGTATCATCATGTTTATTTCACCTAAAAAGATTAAACATTATACATATTTATTGTATTTCTTa > 2:628363/1‑141 (MQ=255) gCAATGGGCGGTGGTCAATAAAGTACTAATTTAGGTATCAAACAAATTGTTTATTACATTTTAGGTGCAATTTTTGCAGGTAGCATAATGTTTAATTTAAGTAGAAAACATAAAAATTCTGCATATTTCTTGCATGTCTTa > 2:325152/1‑141 (MQ=255) gggCGGTGGTCAATACAGTGCTAATTTCGGTATCAGACAAATTTTTTATTACATTTTAGGTGCAAGTTTTGCAGGTATCATCATGTTTATTTCACCTAAAAAGATTAAACATTATACATATTTATTGTATTTCTTAATCTg > 1:403980/1‑141 (MQ=255) gggCGGTGGTCAATACAGTGCCAATTTCGGTATCAGACAAATTTTTTATTACATTTTAGGTGCAATTTTTGCAGGTATCATCATGTTTATTTCACCTAAAAAGATTAAACATTATACATATTTATTGTATTTCTTAATCtt > 1:436166/1‑140 (MQ=255) ggCGGTGGTCAATACAGTGCTAATTTCGGTATCAGACAAATTTTTTATTACATTTTAGGTGCAATTTTTGCAGGTATCATCATGTTTATTTCACCTAAAAAGATTAAACATTATACATATTTATTGTATTTCTTAATCTGt > 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(MQ=255) tgggggTACCAGACTAGTTTTCTTTTATATTTTAAGTGCAATTTTTTCACGTTTCATCTTGTTAAAAAAAAAAAAAAAGATTAAACATTATACATATTTATTGTATTTCTTAATCTGTCTATTATTAATAGGCTTGCTCGt < 2:621310/137‑1 (MQ=255) tCGGTATCAGACAAATTTTTTATTACATTTTAGGTGCAATTTTTGCAGGTATCATCATGTTTATTTCACCTAAAAAGATTAAACATTATACATATTTATTGTATTTCTTAATCTGTCTATTATTAATAGGCTTGCTCGTTa > 1:379501/1‑141 (MQ=255) cGGTATCAGACAAATTTTTTATTACATTTTAGGTGCAATTTTTGCAGGTATCTTCATGTTTATTTTACCTAAAAAGATTAAAAATAAAACATTTATATTGTAATTCTTAATCTGCCTATTTTTAATAGGGTTTTTTGTTAt > 2:163050/1‑141 (MQ=255) cGGTATCAGACAAATTTTTTATTACATATTAGGTGCAATTTTTGCAGGTATCATCATGTTTATTTCACCTAAAAAGATTAAACATTATACATATTTATTGTATTTCTTAATCTGTCTATTCTTAATAGGCTTGCTCGTTAt > 2:17585/1‑141 (MQ=255) ggTATCAGACAAATTTTTTATTACATTTTAGGTGCAATTTTTGCAGGTATCATCATGTTTATTTCACCTAAAAAGATTAAACATTATACATATTTATTGTATTTCTTAATATGTCTATTGTTAATAGGCTTGCTCGTTAtt > 2:61911/1‑141 (MQ=255) tATCAGACAAATTTTTTATTACATTTTAGGTGCAATTTTTGCAGGTATCATCATGTTTATTTCACCTAAAAAGATTAAACATTATACATATTTATTGTATTTCTCACTCTGTCTATTATTAATAGGCTTGCTCGTTATTcc < 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(MQ=255) attaCATTTTAGGTGCAATTTTTGCAGGTATCATCATGTTTATTTCACCTAAAAAGATTAAACATTATACATATTTATTGTATTTCTTAATCTGTCTATTATTAATAGGCTTGCTCGTTTTTCCTGAGTcacctattacac > 1:674824/1‑141 (MQ=255) ttaCATTTTAGGTGCAATTTTTGCAGGTATCATCATGTTTATTTCACCTAAAAAGATTAAACATTATACATATTTATTGTATTTCTTAATCTGTCTATTATTAATAGGCTTGCTCGTTATTCCTGAGTcacctattacacc < 1:26438/141‑1 (MQ=255) taCATTTTAGGTGCAATTTTTGCAGGTATCATCATGTTTATTTCACCTAAAAAGATTAAACATTATACATATTTATTGTATTTCTTAATCTGTCTATTATTAATAGGCTTGCTCGTTATTCCTGAGTcacctattacacct < 2:145665/141‑1 (MQ=255) taCATTTTAGGTGCAATTTTTGCAGGTATCATCATGTTTATTTCACCTAAAAAGATTAAACATTATACATATTTATTGTATTTCTTAATCTGTCTATTATTAATAGGCTTGCTCGTTATTCCTGAGTcacctattacacct < 2:702885/141‑1 (MQ=255) cccaggttAGGTGCAATTTTTGCAGGTATCATCATGTTTATTTCACCTAAAAAGATTAAACATTATACATATTTATTGTATTTCTTAATCTGTCTATTATTAATAGGCTTGCTCGTTATTCCTGAGTcacctattacacct < 1:392004/135‑1 (MQ=255) aCATTTTAGGTGCAATTTTTGCAGGTATCATCATGTTTATTTCACCTAAAAAGATTAAACATTATACATATTTATTGTATTTCTTAATCTGTCTATTATTAATAGGCTTGCTCGTTATTCCTGAGTcacctattacacctt > 1:428223/1‑140 (MQ=255) aCATTTTAGGTGCAATTTTTGCAGGTATCATCATGTTTATTTCACCTAAAAAGATTAAACATTATACATATTTATTGTATTTCTTAATCTGTCTATTATTAATAGGCTTGCTCGTTATTCCTGAGTcacctattacaccta < 1:668572/141‑1 (MQ=255) cATTTTAGGTGCAATTTTTGCAGGTATCATCATGTTTATTTCACCTAAAAAGATTAAACATTATACATATTTATTGTATTTCTTAATCTGTCTATTCTTAATAGGCTTGCTCGTTATTCCTTAGCtacctattacacctat > 1:7965/1‑141 (MQ=255) cATTTTAGGTGCAATTTTTGCAGGTATCATCATGTTTATTTCACCTAAAAAGATTAAACATTATACATATTTATTGTATTTCTTAATCTGTCTATTATTAATAGGCTTGCTCGTCATTCCTGAGTcacctattacacctat < 2:519591/141‑1 (MQ=255) aTTTTAGGTGCAATTTTTGCAGGTATCATCATGTTTATTTCACCTAAAAAGATTAAACATTATACATATTTATTGTATTTCTTAATCTGTCTATTATTAATAGGCTTGCTCGTTATTCCTGAGTcacctattacacctatt > 1:817468/1‑141 (MQ=255) aGGTGCAATTTTTGCAGGTATCATCATGTTTATTTCACCTAAAACGATTAAACATTATACATATTTATTGTATTTCTTAATCTGTCTATTATTAATAGGCTTGCTCGTTATTCGTGAGACACCTATTAAACCTATTGTCaa > 1:804842/1‑141 (MQ=255) 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1:2634/1‑141 (MQ=255) tCACCTAAAAAGATTAAACATTATACATATTTATTGTATTTCTTAACCTGTCTATTATTAATAGGCTTGCTCGTTATTCCTGAGTCACCTATTACACCTATTATCAATGGTGCCAAAAGTTGGTACACGTTTGGCCCTATc < 2:726519/141‑1 (MQ=255) ccTAAAAAGATTAAACATTATACATATTTATTGTATTTCTTAATCTGTCTATTATTAATAGGCTTGCTCGTTATTCCTGAGTCACCTATTACACCTATTATCAATGGTGCCAAAAGTTGGTACCCGTTTGGCCCTATCAGt > 1:713206/1‑141 (MQ=255) ccTAAAAAGATTAAACATTATACATATTTATTGTATTTCTTAATCTGTCTATTATTAATAGGCTTGCTCGTTATTCCTGAGTCACCTATTACACCTATTATCAATGGTGCCAAAAGTTGGTACACGTTTGGCCCTATCAGt > 2:427904/1‑141 (MQ=255) aaCATTATACATATTTATTGTATTTCTTAATCTGTCTATTATTAATAGGCTTGCTCGTTATTCCTGAGTCACCTATTACACCTATTATCAATGGTGCCAAAAGTTGGTACACGTTTGGCCCTATCAGTATTCAGCCATCTg > 2:543430/1‑141 (MQ=255) aCATTATACATATTTATTGTATTTCTTAATCTGTTTATTATTAATAGGCTTGCTCGTTATTCCTGAGTCACCTATTACACCTATTATCAATGGTGCCAAAAGTTGGTACACGTTTGGCCCTATCAGTATTCAGCCATCTGa < 2:40276/141‑1 (MQ=255) ataCATATTTATTGTATTTCTTAATCTGTCTATTATTAATAGGCTTGCTCGTTATTCCTGAGTCACCTATTACACCTATTATCAATGGTGCCAAAAGTTGGTACACGTTTGGCCCTATCAGTATTCAGCCATCTGAATTCa > 1:75564/1‑141 (MQ=255) ataCATATTTATTGGATTTCTTAATCTGTCTATTATTAATAGGCTTGCTCGTTATTCCTGAGTCACCTATTACACCTATTATCAATGGTGCCAAAAGTTGGTACACGTTTGGCCCTATCAGTATTCAGCCATCTGAATTCa > 1:457351/1‑141 (MQ=255) cATATTTATTGTATTTCTTAATCTGTCTATTATTAATAGGCTTGCTCGTTATTCCTGAGTCACCTATTACACCTATTATCAATGGTGCCAAAAGTTGGTACACGTTTGGCCCTATCTGTATTCAGCCATCTGAATTCATGa < 1:611505/141‑1 (MQ=255) cATATTTATTGTATTTCTTAATCTGTCTATTATTAATAGGCTTGCTCGTTATTCCTGAGTCACCTATTACACCTATTATCAATGGTGCCAAAAGTTGGTACACGTTTGGCCCTATCAGTATTCAGCCATCTGAATTCATGa > 2:828031/1‑141 (MQ=255) atatTTATTGTATTTCTTAATCTGTCTATTATTAATAGGCTTGCTCGTTATTCCTGAGTCACCTATTACACCTATTATCAATGGTGCCAAAAGTTGGTACACGTTTGGCCCTATCAGTATTCAGCCATCTGAATTCATGaa > 1:289204/1‑141 (MQ=255) atatTTATTGTATTTCTTAATCTGTCTATTATTAATAGGCTTGCTCGTTATTCCTGAGTCACCTATTACACCTATTATCAATGGTGCCAAAAGCTGGTACACGTTTGGCCCTATCAGTATTCAGCCATCTGAATTCATGaa > 2:68769/1‑141 (MQ=255) | CTTATTAACTCGGCAATGGGCGGTGGTCAATACAGTGCTAATTTCGGTATCAGACAAATTTTTTATTACATTTTAGGTGCAATTTTTGCAGGTATCATCATGTTTATTTCACCTAAAAAGATTAAACATTATACATATTTATTGTATTTCTTAATCTGTCTATTATTAATAGGCTTGCTCGTTATTCCTGAGTCACCTATTACACCTATTATCAATGGTGCCAAAAGTTGGTACACGTTTGGCCCTATCAGTATTCAGCCATCTGAATTCATGAA > USA300TCH1516_ALE/2206539‑2206813 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |