| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,343,438 | C→T | 26.5% | intergenic (+114/+250) | USA300HOU_RS11955 → / ← aldC_1 | 65 kDa membrane protein/Alpha‑acetolactate decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,343,438 | 0 | C | T | 26.5% | 129.7 / 50.2 | 80 | intergenic (+114/+250) | USA300HOU_RS11955/aldC_1 | 65 kDa membrane protein/Alpha‑acetolactate decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/37); new base T (10/11); total (32/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.99e-01 | |||||||||||
CAGATACAAATTGTAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACTTAGACGTAATTAT > USA300TCH1516_ALE/2343301‑2343576 | cAGATACAAATTGTAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCATGCCCGGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAAt < 1:785040/141‑1 (MQ=255)cAGATACAAATTGTAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAAt < 2:787076/141‑1 (MQ=255) gATACAAATTGTAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAg < 1:424875/141‑1 (MQ=255) aaTACAAATTGGAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTACTGACCTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAg < 2:183271/140‑1 (MQ=255) aTACAAATTGTAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGt < 1:574246/141‑1 (MQ=255) aaaTTGTAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGTGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAAt < 2:73393/141‑1 (MQ=255) aaTTGTAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGAGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATATTAAAtt > 2:529758/1‑141 (MQ=255) tGTAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTta < 2:496030/141‑1 (MQ=255) tAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTtata < 1:778866/141‑1 (MQ=255) aGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTatat < 2:44218/141‑1 (MQ=255) ttAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGa > 1:106965/1‑141 (MQ=255) tAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAg > 2:163855/1‑141 (MQ=255) aaaTAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAgt < 2:182566/141‑1 (MQ=255) aataataatTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGCgtt > 2:375506/1‑140 (MQ=255) tttGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACcac > 1:66494/1‑141 (MQ=255) tGAAAATATTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACaa < 1:763246/141‑1 (MQ=255) aaaaTAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAAtt > 1:109003/1‑141 (MQ=255) aaaaTAGGTTTATAGGGCAAGCGCTTAAAACTTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTAGTGTTGATTGCCTCTCGTAGTAACACATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAAtt < 2:776273/141‑1 (MQ=255) aaaTAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAAttt < 1:45227/141‑1 (MQ=255) aaTAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTta < 1:351768/141‑1 (MQ=255) aTAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTTGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTtat < 1:698731/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATaa > 1:721744/1‑141 (MQ=255) gCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATaa > 2:811480/1‑141 (MQ=255) cAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAAc < 2:747922/141‑1 (MQ=255) aatgtcTGGAAAATTTGCTGTTGTTGTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGTTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATTAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACa < 2:346249/136‑1 (MQ=255) aaGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACa < 1:749960/141‑1 (MQ=255) taaaaaTTTGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTACTGTTGTCTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTACATAATAGTAAATTTTATATTAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAAtc < 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1:125213/141‑1 (MQ=255) tGAACTTGTAAATTATTGTTGTTAGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGCAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATTTGGAACCTAATAGATCCCCt < 1:527959/141‑1 (MQ=255) aCTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCac > 1:765475/1‑141 (MQ=255) ttGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCacta > 1:313180/1‑141 (MQ=255) tAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAACTTTATATGAGTGTGTACCACTATTGATTATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACTg < 2:546565/141‑1 (MQ=255) aaTTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGca > 2:305064/1‑140 (MQ=255) aaTTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCt > 2:288356/1‑141 (MQ=255) aaTTATTGTTGTTTGCTTCGCGTAGTAACAGTTTGGATGATAGAATAGTAAATTTTATTTGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACATCAAAACTCACATATCTGGAAACTAATAAATCCCTGCACTACTGCt > 2:303328/1‑141 (MQ=255) ttattGTTGTTTGCTTCCCGTAGTAACAGATTTTGCGATACAATTGTCATGAATATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTaa < 1:819426/141‑1 (MQ=255) tattGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAAt < 2:45425/141‑1 (MQ=255) tgttgtTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGt < 2:592952/141‑1 (MQ=255) gttgttTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTg < 2:431792/141‑1 (MQ=255) tctcGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCCCACTTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGTACCTAATAAATCCCCCCACTACTGCTAATAGTTAAGGGattta > 2:790471/1‑141 (MQ=255) tctcGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATCACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGattta < 2:506047/141‑1 (MQ=255) ctcGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGatttat < 2:66494/141‑1 (MQ=255) tcGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGatttatt > 1:298112/1‑141 (MQ=255) tcGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGatttatt < 2:106965/141‑1 (MQ=255) tcGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGAAGCCTAATAAGTCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGatttatt > 1:435186/1‑141 (MQ=255) ccGTAGTAATAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGGGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGatttatt < 1:375506/140‑1 (MQ=255) cGTAGTAACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGatttattt > 2:42333/1‑141 (MQ=255) cGTAGTAAAAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATGTATAATCTAAACATAAAAGCAAAGCTCAAAAATCTGTAACCTAATAAATATCCTAACTACTGCTAATATTGAAGGGatttattt > 2:322830/1‑141 (MQ=255) agtaACAGATTGGCCTATACAACAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGAtttattttat < 1:523732/141‑1 (MQ=255) taACAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGATTTATTttatta > 2:659275/1‑141 (MQ=255) taACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGATTTATTttatta > 2:741878/1‑141 (MQ=255) aaaCAGATTGGCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGATTTATTttatta < 2:646604/140‑1 (MQ=255) aCAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACt > 2:535052/1‑141 (MQ=255) ggCCTATATAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACTTAGACGt < 1:143496/141‑1 (MQ=255) ggCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACTTAGACGt < 1:414021/141‑1 (MQ=255) ccTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACTTAGACGTaa > 2:481395/1‑141 (MQ=255) tataCAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACTTAGACGTAAtt > 2:111750/1‑141 (MQ=255) taCAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACTTAGACGTAATtat > 2:666471/1‑141 (MQ=255) | CAGATACAAATTGTAGTTAAATAATAATTTGAAAATAGTTTTATAGGGCAAGCGCTGAAAAATTGGCGTTTGTCTTTTTAGTTATTGAACTTGTAAATTATTGTTGTTTGCTTCTCGTAGTAACAGATTGGCCTATACAATAGTAAATTTTATATGAGTGTGTACCACAATTTATAATCTAAACATAACAGCAAATCTCAAATATCTGGAACCTAATAAATCCCCTCACTACTGCTAATAGTGAAGGGATTTATTTTATTACTTAGACGTAATTAT > USA300TCH1516_ALE/2343301‑2343576 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |