| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 117,845 | A→T | 6.2% | E261V (GAA→GTA) | norB_1 → | Quinolone resistance protein NorB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | USA300TCH1516_ALE | 117,845 | 0 | A | T | 6.2% | 309.5 / 8.2 | 101 | E261V (GAA→GTA) | norB_1 | Quinolone resistance protein NorB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/57); new base T (3/3); total (39/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
TGTCATTACTAAAGGTGCAGCACTTGGTTACACATCATTATGGTTCTTTGGTTTGATTGCAATCGTAATTGTAGCATTCTTTATTTTCTTAAATGTTGAGAAAAAAGTAGATAATCCACTTATTGATTTTAAATTATTTGAAAATAAACCATATACAGGTGCAACGATTTCGAACTTCTTATTAAACGGTGTTGCAGGTACATTAATTGTAGCGAATACATTCGTGCAACAAGGTTTAGGTTATACAGCATTGCAGGCAGGATACTTATCAATTACT > USA300TCH1516_ALE/117705‑117981 | tGTCATTACTAAAGGTGCAGCACTTGGTTACACATCATTATGGTTCTTTGGTTTGATTGCAATCGTAATTGTAGCATTCTTTATTTTCTTAAATGTTGAGAAAAAAGTAGATAATCCACTTATTGATTTTAAATTATTTGa > 2:139562/1‑141 (MQ=255) ttaaTTACTAAAAGGTCAGCACTGAGTTACAAATCATTATTTTTCTATGCCTTGATTGCAAACGTAATTGTAGCCTTCTTTATTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAGTAGATAATCCACTTATTGATTTTAAATTATTTGaa < 2:791993/138‑1 (MQ=255) cATTACTAAAGGTGCAGCACTTGGTTACACATCATTATGGTTCTTTGGTTTGATTGCAATCGTAATTGTAGCATTCTTTCTTTTCTTAAATGGTGAGAAAAAAGTAGATAATCCACTTATTGATTTTAAATTATTTGaaaa < 1:364294/141‑1 (MQ=255) cATTACTAAAGGTGCAGCACTTGGTTACACATCATTATGGTTCTTTGGTTTGATTGCAATCGTAATTGTAGCATTCTTTATTTTCTTAAATGTTGAGAAAAAAGTAGATAATCCACTTATTGATTTTAAATTATTTGaaaa > 2:435755/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) attattTGAAAATAAACCATATACAGGTGCAACGATTTCGAACTTCTTATTAAACGGTGTTGCAGGTACATTAATTGTAGCGAATACATTCGTGCAACAAGGTTTAGGTTATACAGCATTGCAGGCAGGATACTTATCAAt > 1:654044/1‑141 (MQ=255) tattTGAAAATAAACCATATACAGGTGCAACGATTTCGAACTTCTTATTAAACGGTGTTGCAGGTACATTAATTGTAGCGAATACATTCGTGCAACAAGGTTTAGGTTATACAGCATTGCAGGCAGGATACTTATCAATTa > 2:264082/1‑141 (MQ=255) attTGAAAATAAACCATATACAGGTGCAACGATTTCGAACTTCTTATTAAACGGTGTTGCAGGTACATTAATTGTAGCGAATACATTCGTGCTACATGGTTTAAGTTATTCATCATTGCTGTCAGGATACTTAtttagtac > 2:728362/1‑134 (MQ=255) tttGAAAATAAACCATATACAGGTGCAACGATTTCGAACTTCTTATTACACGGTGTTGCAGGTACATTAATTGTAGCGAATACATTCGTGCAACAAGGTTTAGGTTATACAGCATTGCAGGCATGATACTTATCAATTACt < 1:617169/141‑1 (MQ=255) tttGAAAATAAACCATATACAGGTGCAACGATTTCGAACTTCTTATTAAACGGTGTTGCAGGTACATTAATTGTAGCGAATACATTCGTGCAACAAGGTTTAGGTTATACAGCATTGCAGGCAGTATACTTATCAATTACt < 1:417245/141‑1 (MQ=255) | TGTCATTACTAAAGGTGCAGCACTTGGTTACACATCATTATGGTTCTTTGGTTTGATTGCAATCGTAATTGTAGCATTCTTTATTTTCTTAAATGTTGAGAAAAAAGTAGATAATCCACTTATTGATTTTAAATTATTTGAAAATAAACCATATACAGGTGCAACGATTTCGAACTTCTTATTAAACGGTGTTGCAGGTACATTAATTGTAGCGAATACATTCGTGCAACAAGGTTTAGGTTATACAGCATTGCAGGCAGGATACTTATCAATTACT > USA300TCH1516_ALE/117705‑117981 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |